В течение первых пяти или шести лет своего правления Аменхотеп IV, вероятно в результате умелого руководства своей матери, почти не вносил изменения в состав правительства своей страны. Но его действия в последующие годы доказали, что, даже будучи еще совсем ребенком, он изучал религию с большим рвением и отнюдь не детским пониманием. Должно быть, рано повзрослев, он был не по возрасту умен, очень быстро соображал и, в дополнение к этому, обладал твердыми религиозными убеждениями и смелостью. Также ясно, что он не выносил оппозицию и искренне верил в правоту своих действий. Однако, несмотря на большое число положительных качеств, юному фараону не хватало практических знаний людей и вещей. Он так никогда и не понял истинную природу обязанностей, которые, будучи царем, должен был исполнять ради своей страны и людей, реальности жизни оставались очень далекими от него. Юноша никак не мог освоить искусства быть фараоном и не видел, что только воин может удержать то, что завоевали для него другие воины. Вместо того чтобы держаться людей дела, он сидел у ног жреца Эйи и занимал свой ум религиозными проблемами. В конце концов, с помощью обожающей сына матери и ее приближенных Аменхотеп IV стал несгибаемым фанатиком, каким его изображают рисунки в гробницах и на памятниках Египта. Таким его сделали его физическое состояние и окружение. В последние годы его описывали такими словами, как "великий идеалист", "великий реформатор", "первый в мире революционер", "первая личность в человеческой истории" и т. д. Но ввиду известных исторических фактов, а также памятуя о заключении доктора Элиота Смита относительно деформированного черепа фараона, мы вместе с доктором Холлом вполне обоснованно можем задать вопрос: не был ли этот фараон наполовину безумен? Только безумный человек может не замечать очевидных фактов и быть настолько слепым, чтобы попытаться свергнуть Амона, уничтожив его культ, вокруг которого была сосредоточена вся социальная жизнь страны. Наконец, он был религиозным фанатиком, и духовное высокомерие и самодостаточность делали его невнимательным ко всему, кроме собственных чувств и эмоций.
Решив, что Амона и всех остальных богов Египта следует отмести в сторону, Аменхотеп IV, не теряя времени, начал действовать. Проведя годы в размышлениях, он пришел к выводу, что только солнечные боги - Тем, Ра и Гор двух горизонтов - достойны почитания и что некая форма поклонения этим богам должна занять место культа Амона. Солнечным богом, которого Аменхотеп IV выбрал для поклонения, стал Атон, то есть солнечный диск, который был жилищем Тема, а позднее и Ра из Гелиополиса. Однако диск для него был не только обителью солнечного бога, он был самим богом, который излучал телом свет и тепло, дающие жизнь всему живому на земле. Именно Атону Аменхотеп IV приписал все черты старых богов - Тема, Ра, Гора и даже Амона. Он объявил Атона Единственным. Правда, то же самое провозглашали все жрецы о древних богах, Теме, Хепри, Хнуме, Ра, а позднее и об Амоне. Поклонники каждого великого бога в Египте с незапамятных времен объявляли своего бога Единственным. Представляется, что "единственность" была качеством всего, чему поклонялись в Египте, так же как и в некоторых частях Индии. Невозможно, чтобы Аменхотеп IV знал о существовании других солнц, кроме солнца, которое он видел: было очевидно, что Атон, как солнечный диск, был единственным, у него не было ни равных, ни "коллег". О взглядах Аменхотепа на природу этого бога можно судить по тому, как он именовал Атона. Его титул написан в двух картушах и звучит следующим образом:
"Живой Гор двух горизонтов, превозносимый в восточном горизонте своим именем Шу-кто-в-Диске".
Далее следуют слова "всегда живущий, вечный, великий живой Диск, он, кто в празднике заката , господин Круга (то есть всего, на что светит Диск во всех направлениях), господин Диска, повелитель небес, господин на земле". Аменхотеп IV поклонялся Гору двух горизонтов как "Шу-кто-в-диске". Если мы будем рассматривать Шу как обычное существительное, его следует перевести как "тепло" или "тепло и свет", поскольку слово имеет именно эти значения. В этом случае Аменхотеп IV поклонялся солнечному теплу, или теплу и свету, которые были заключены в Диске. Сегодня мы знаем из текстов пирамид, что Тем, или Тем-Ра, создал бога и богиню из излучения или вещества своего собственного тела и они получили имена Шу и Тефнут. Первый был теплом, исходящим из тела бога, а вторая - влагой. Шу и Тефнут создали Геба (землю) и Нут (небо), которые, в свою очередь, произвели на свет Осириса, божество реки Нил, Сета, бога упадка и смерти, а также Исиду и Нефтис. Но если мы будем рассматривать слово "Шу" в титуле бога Аменхотепа как имя собственное, результат получится тем же. Иными словами, этот фараон поклонялся солнечному теплу и обожествлял его, как единственную вечную, созидательную, оплодотворяющую и сохраняющую жизнь силу. В древнем предании Гелиополиса был Тем, или Тем-Ра, или Хепри, творец Диска Атона, но этот взгляд Аменхотеп отвергал. Он утверждал, что Диск начал существовать, создав себя сам. Обычным символом солнечных богов был диск, обвитый змеей, но, когда Аменхотеп сделал диск символом бога, он отказался от змеи и стал осмыслять диск по-новому. От диска, с окружностью которого иногда соседствуют символы "жизнь" - 
, он протянул ряд лучей, причем на конце каждого из них была рука. Получалось, что диск руками дарует "жизнь" земле. Этот символ никогда не был популярным в стране, и в целом народ предпочитал верить, что солнечный бог путешествует по небу в двух ладьях - Сектет и Атет.
Насаждение старого гелиополитанского культа солнечного бога Аменхотепом не могло понравиться египтянам, поскольку было слишком философским по характеру и, вероятнее всего, основывалось на эзотерических, имевших иностранное происхождение доктринах. Архитекторы Гер и Сути, надзиравшие за строительством храмов Амона в Фивах, соглашались следовать примеру своего хозяина Аменхотепа III, преклонявшего колена перед Атоном, и, как и многие другие официальные лица, воспевать его в гимне. Но для них не была тайной религиозная терпимость их хозяина, по крайней мере внешне вполне лояльного к Амону, кровь которого, как утверждали жрецы, текла в царских жилах. Для Аменхотепа III было не принципиально - богом больше или богом меньше, и он считал естественным то, что каждый жрец преувеличенно восхваляет могущество своего бога. Он не возражал против того, чтобы считаться "двойником" Амона и, в качестве такового, стать объектом поклонения. Но его сын был иным. Тепло Атона дало ему жизнь, и поддерживало ее в нем, и, пока в нем теплилась жизнь, Атон был в нем. Жизнь Атона была его жизнью, и его жизнь была жизнью Атона: следовательно, он был Атоном. Духовное высокомерие позволило ему поверить, что именно он является воплощением бога Атона, иными словами, что он и есть бог, причем не просто "местный бог" или один из "богов" Египта, и что его деяния священны. Посему он считал, что нет необходимости посещать храм Амона, чтобы получить ежедневную порцию "воды жизни", которая не только поддерживала физическое здоровье египетских фараонов, но давала им мудрость и проницательность, необходимые для управления страной. Не был он склонен и приближать к себе высших жрецов Амона. В конце концов он решил, что с Амоном и прочими богами следует покончить, а догмы и доктрины их жречества ликвидировать, после чего провозгласить Атона Единственным богом, сотворившим себя и поддерживающим свое существование, сыном и заместителем которого являлся египетский фараон.
Очевидно, что, не обдумав возможных последствий такого решения, Аменхотеп приступил к делу и начал строительство храма Гем-Атон в Пер-Атон 
в Фивах. В нем находился ковчег, в который был помещен бен или бенбен, то есть таинственный "солнечный камень". Так он последовал примеру жрецов Гелиополиса. Для храма фараон выбрал место примерно на полпути между храмами Карнака и Луксора. Он решил, что этот храм станет центром поклонения Атону и его культ впредь станет единственной религией страны. Реакцию жрецов Амона и жителей Фив на действия фараона легко себе представить, с падением Амона все они лишались средств к существованию. Тем не менее Аменхотеп был царем, в его жилах текла кровь солнечного бога, и он был повелителем и хозяином Египта, всех живущих в нем людей и вещей. Поэтому и жрецы, и народ не могли противиться его воле. Они проклинали Атона и его фанатичного приверженца, но были не в силах предотвратить конфискацию "доходов" Амона и ликвидацию его культа. Не удовлетворенный этим, Аменхотеп приказал стереть имя Амона со всех памятников, даже если для этого приходилось стереть имя его собственного отца, да и слово "боги" 
нередко стесывалось. Не только Амон должен был прекратить свое существование, впредь не должно было быть и других богов. Атон становился единственным божеством, которому следовало поклоняться.