Нового митрополита поставили лишь в 1308 г., и Петр на первых порах остановился в Киеве. Далее последовала его поездка в Орду за получением ярлыка на занимаемую кафедру. На иные дела у него, видимо, времени пока не было. Ана Руси было время трудное и беспокойное. 1308 и 1309 гг. - неурожай и голод, татары разоряют рязанские земли, а в Орде был убит рязанский князь Василий Константинович. В 1308 г. Михаил Тверской вторично подступил к Москве "и много зла сотвори", но города взять ему не удалось.
В 1309 г. Петр впервые появляется во Владимире, где рукополагает новгородского епископа Давыда. Но отношения с великим князем у нового митрополита не складываются - Михаил Тверской фактически стал проводить по отношению к митрополиту политику совершенного неприятия. Инициатором кампании за отстранение Петра от митрополичьего стола явился тверской епископ Андрей, явно поддержанный великим князем. В 1310 г. в Переяславле был проведен специальный Собор для разбора претензий к митрополиту. К патриарху были направлены "словеса тяжка" с обвинениями Петра в мздоимстве "от ставления" (т. е. при посвящении епископов в сан), а также разрешении браков близких родственников (четвертой степени родства). Патриарх прислал на Русь своего клирика, который и председательствовал на Соборе. На Соборе присутствовали тверской и ростовский епископы, представители белого и черного духовенства, князья (в том числе сыновья Михаила) и бояре. Ни великого князя Михаила, ни его соперника Юрия на Соборе не было: оба находились в это время в Орде. Но Москву представлял Иван Данилович, сближение с которым станет важным фактором для митрополита Петра, вынужденного защищаться от тяжелых обвинений.
В летописях, исключая Никоновскую, в которой воспроизводится изложение Жития митрополита Петра, нет никакой информации о Соборе 1310 г., но у Татищева есть развернутое сообщение о другом Соборе, якобы созванном в том же Переяславле в 1313 г. самим митрополитом. Речь на Соборе шла о еретике, протопопе новгородском, который увлек своей ересью, в частности осуждением монашества, многих иноков, покидавших монастыри и "оженяхуся". Существенно, что еретикам помогал тверской епископ Андрей. Сюжет этот, как пояснил А.Е. Пресняков, Татищев взял из Жития митрополита Петра. В Никоновской летописи упоминается еретик Сеит, судя по имени, крестившийся мусульманин или несторианин. У Татищева (и, видимо, в его источнике) имя еретика - Вавила, но он зачеркнул его, вероятно, под влиянием указания Никоновской летописи.
Дата 1313 г., указанная у Татищева, явно не подходит, поскольку в это время и Петр, и многие другие заинтересованные чины были в Орде. Судя по всему, сюжет с еретиком относился все же к Собору 1310 г., а в Житие Петра этот сюжет мог попасть именно потому, что через него митрополит блокировал аргументы главного обвинителя - епископа тверского Андрея.
В изложении Никоновской летописи присланный константинопольским патриархом клирик огласил на Соборе текст послания епископа Андрея. "Велико же мятежу бывшу о лъживом и лестном клеветании на святаго Петра", - сообщает далее летопись. После страстных и бурных споров митрополит был оправдан, а епископ Андрей, не представивший доказательств, "пред всеми посрамлен и уничтожен бысть".
Но Михаил Тверской и епископ Андрей не отступили и направили в Константинополь монаха Акиндина в качестве свидетеля неправедных деяний Петра, а также послание самого великого князя. Новый патриарх Нифонт предложил отправить митрополита и свидетелей на суд в Константинополь, причем если бы митрополит не захотел ехать "волей", то рекомендовалось отправить его "нужею". В источниках, однако, нет сведений, состоялся ли такой суд, но торжество Петра проявилось уже в том, что вскоре оба епископа - тверской и ростовский оставили кафедры, уступая их лицам, поддерживавшим митрополита.
В 1312 г. митрополит Петр "сня сан с владыки с Ызмаила Сарскаго" и поставил на его место Варсонофия. Иметь в Сарае на епископской кафедре "своего" кандидата всегда было важно и для великих князей, и для митрополитов. Помимо прочего, требовалось также согласие на замену одного епископа другим со стороны великого хана. Возможно, что эта,замена произошла в условиях другой смены: в конце 1312 г. скончался хан Тохта, и великоханский стол занял его племянник Узбек (ум. 1341 г.). Кстати, именно Узбек, который был ярым приверженцем ислама, в конечном итоге сделал мусульманство официальной религией Орды.
Кто из ханов - Тохта или Узбек - содействовал в данном случае митрополиту Петру, остается неясным: Петр отправился в Орду еще при жизни Тохты и задержался там, чествуя нового великого хана, поздравлять которого приехали и русские князья. Тверской князь оставался в Орде целый год, что, может быть, свидетельствует об ухудшении отношения к тверскому князю в Орде при новом хане. Митрополит же, согласно летописному сообщению, был принят с "честью" и вскоре вернулся на Русь, видимо, в Киев или на Волынь. Во всяком случае, на развернувшуюся в Северо-Восточной Руси усобицу он никак не влиял. Но общий характер взаимоотношений Михаила Тверского и митрополита Петра предопределил тот факт, что Петр в большей степени начал поддерживать московских князей, а позиция церкви, как уже говорилось, играла важную роль в политическом противостоянии русских княжеств.
Сложные отношения у тверского князя складывались и с Великим Новгородом. Обычно новгородцы принимали на княжеский стол того, кто получал титул великого князя, но в данном случае Михаил Ярославич "сяде в Новгороде на столе" только в 1307 г. И уже в 1311 г. на "немецкую землю" новгородцы ходили с князем Дмитрием Романовичем, сыном смоленского князя Романа Глебовича, княжившим ранее в Брянске.
Под 1312г. новгородские летописи говорят о резком столкновении новгородцев с Михаилом Тверским, который вывел из Новгородской земли своих наместников и перекрыл пути доставки в Новгород "обилья". В Новгороде начался голод, и к Михаилу отправили просьбу о мире, за который было уплачено полторы тысячи гривен серебра. В 1314 г., воспользовавшись тем, что Михаил Тверской был задержан в Орде, новгородцы собрали вече и изгнали наместников великого князя. Взамен они пригласили Юрия Даниловича, который пришел в Новгород вместе с князем Федором Ржевским и своим братом Афанасием.
В 1315 г. Юрий Данилович был вызван Узбеком, причем хан требовал прибыть "без коснения", т. е. немедленно. Оставив в Новгороде брата Афанасия, московский князь отправился в Орду и на сей раз именно он был надолго здесь задержан. В свою очередь, Михаил Тверской осенью 1315 г. вернулся в Тверь вместе с татарским послом Таитемирем и, видимо, военачальниками Имархожой и Индрыем. Михаил сразу же организовал поход на Новгород, и под Торжком разбил рать Афанасия Даниловича. Князья Афанасий Данилович и Федор Ржевский бежали в Новгород. Тверской князь потребовал их выдачи, и новгородцы выдали Федора Ржевского, а также выкуп в пять тысяч гривен, но не согласились выдать Афанасия. Михаил же, пригласив московского князя и новгородцев на переговоры, пришел в ярость оттого, что новгородцы не соглашались взять на себя "крепость", "изыма всех и посла во Тверь, а прочих людей всех перепрода". Торжок был разорен, а в Новгороде князь дал посадничество своим приверженцам и посадил своих наместников. Новгородцы же направили посольство в Орду, очевидно, с жалобой, но их перехватили тверичи и привели в Тверь.
В 1316 г. новгородцы вновь изгнали наместников тверского князя. Антитверские настроения иллюстрируются фактами, приведенными в Новгородской Первой летописи: "Изимаша Игната Веска, и биша и на веце, и свергоша его с мосту в Волхово, творяща его перевет держаще к Михаилу; а Бог весть". Новый поход Михаила к Новгороду закончился для него неудачей: рать заблудилась в озерах и болотах, и, после того как закончились припасы, тверское войско вернулось домой.
В 1317 г. Юрий Данилович наконец вернулся из Орды, причем с ярлыком на великое княжение. Причину длительного его пребывания в Орде объясняет Никоновская летопись и "История" В.Н. Татищева: "Женився, у царя сестру его поняв именем Коньчаку; егда же крестися и наречено ей бысть имя Агафиа". Князь привел с собою татарских послов Кавгадыя, Астрабыла и Острева.
В дальнейшем рассказе Никоновской летописи заметно влияние тверской повести о Михаиле Ярославиче. Тверской князь встретил Юрия и его татарское сопровождение у Костромы. По тексту Никоновской летописи, Юрий уступил великое княжение Михаилу, но по Тверской летописи, великое княжение уступил Михаил Юрию. Достовернее в этом случае явно Никоновская летопись - к Костроме подтянулось большое войско, противостоять которому Юрий не мог. В решающем сражении Юрий потерпел поражение и бежал в Новгород, а его княгиня Кончака и брат Борис были захвачены ратью Михаила. Сторону тверского князя принял и Кавгадый с татарами, хотя летописец (с учетом последующих событий в Орде) не верит в искренность перебежчиков. В Твери княгиня Кончака умерла. И сразе же возникли слухи об ее отравлении, что нанесло большой урон авторитету Михаила Тверского. Кроме того, Кончаку похоронили в Ростове, а не в Москве, что еще больше утяжеляло вину тверского князя.