Глава 3. Ферменты. Механизм действия ферментов
Ферментами или энзимами называют специфические белки, входящие в состав всех клеток и тканей живых организмов и выполняющие роль биологических катализаторов.
Общие свойства ферментов и неорганических катализаторов:
1. Не расходуются в процессе реакции.
2. Оказывают свое действие при малых концентрациях.
3. Не оказывают влияния на величину константы равновесия реакции.
4. Их действие подчиняется закону действующих масс.
5. Не ускоряют термодинамически невозможных реакций.
Отличия ферментов от неорганических катализаторов.
1. Термолабильность ферментов.
2. Зависимость активности ферментов от рН среды.
3. Специфичность действия ферментов.
4. Скорость ферментативных реакций подчиняется определенным кинетическим закономерностям.
5. Активность ферментов зависит от действия регуляторов – активаторов и ингибиторов.
6. Ряд ферментов при формировании третичной и четвертичной структуры подвергаются постсинтетической модификации.
7. Размеры молекулы ферментов обычно намного превышают размеры их субстратов.
Структура молекулы ферментов
По строению ферменты могут быть простыми и сложными белками. Фермент, являющийся сложным белком называют холоферментом. Белковая часть фермента называется апоферментом, небелковая часть – кофактором.
Различают два типа кофакторов:
1. Простетическая группа – прочно связана с апоферментом, часто ковалентными связями.
2. Кофермент – небелковая часть, легко отделяемая от апофермента. Часто коферментами служат производные витаминов.
К коферментам относятся следующие соединения:
1. производные витаминов;
2. гемы, входящие в состав цитохромов, каталазы, пероксидазы, гуанилатциклазы, NO-синтазы и являющиеся простетической группой ферментов;
3. нуклеотиды – доноры и акцепторы остатка фосфорной кислоты;
4. убихинон или кофермент Q, участвующий в переносе электронов и протонов в цепи тканевого дыхания;
5. фосфоаденозилфосфосульфат, участвующий в переносе сульфата;
6. глутатион, участвующий в окислительно-восстановительных реакциях.
Таблица 3.1. Коферментные функции витаминов
| Витамин | Коферментная форма | Фермент |
|---|---|---|
| В1-тиамин | тиаминдифосфат | транскетолаза |
| пируватдегидрогеназа | ||
| В2-рибофлавин | ФМН | флавинзависимые дегидрогеназы |
| ФАД | ||
| В3-пантотеновая кислота | кофермент А (КоА) | реакции ацилирования |
| В6-пиридоксин | пиридоксаль-фосфат | аминотрансферазы |
| РР-никотинамид | НАД | НАД(НАДФ)-зависимые дегидрогеназы |
| НАДФ | ||
| Фолиевая кислота | ТГФК (тетрагидрофолиевая кислота) | перенос одноуглеродных групп |
Кофакторы – ионы металлов
Более 25 % всех ферментов для проявления полной каталитической активности нуждается в ионах металлов. Рассмотрим их роль в ферментативном катализе.
Роль металлов в присоединении субстрата в активном центре фермента.
Ионы металла выполняют функцию стабилизаторов молекулы субстрата, активного центра фермента и конформации белковой молекулы фермента, а именно третичной и четвертичной структур.
Ионы металлов – стабилизаторы молекулы субстрата.
Для некоторых ферментов субстратом служит комплекс превращаемого вещества с ионом металла. Например, для большинства киназ в качестве одного из субстратов выступает не молекула АТФ, а комплекс Mg-АТФ. В этом случае ион Mg не взаимодействует непосредственно с ферментом, а участвует в стабилизации молекулы АТФ и нейтрализации отрицательного заряда субстрата, что облегчает его присоединение к активному центру фермента.
Схематично роль кофактора при взаимодействии фермента и субстрата можно представить как комплекс E-S-Me, где Е – фермент, S – субстрат, Ме – ион металла.
Ионы металлов – стабилизаторы активного центра фермента.
В некоторых случаях ионы металлов служат "мостиком" между ферментом и субстратом. Они выполняют функцию стабилизаторов активного центра, облегчая присоединение к нему субстрата и протекание химической реакции. В ряде случаев ион металла может способствовать присоединению кофермента. Перечисленные выше функции выполняют такие металлы, как Mg, Mn, Zn2+, Co, Mo. В отсутствие металла эти ферменты активностью не обладают. Такие ферменты получили название "металлоэнзимы".
К металлоэнзимам относят, например, фермент пируваткиназу.
Роль металлов в стабилизации структуры фермента.
Ионы металлов обеспечивают сохранение вторичной, третичной, четвертичной структуры молекулы фермента. Такие ферменты в отсутствие ионов металлов способны к химическому катализу, однако они нестабильны. Их активность снижается и даже полностью исчезает при небольших изменениях рН, температуры и других незначительных изменениях внешнего окружения. Таким образом, ионы металлов выполняют функцию стабилизаторов оптимальной конформации белковой молекулы.
Иногда в стабилизации вторичной и третичной структуры принимают участие ионы щёлочноземельных металлов. Так, для поддержания третичной конформации пируваткиназы необходимы ионы К.
Для стабилизации четвертичной структуры алкогольдегидрогеназы, катализирующей реакцию окисления этанола, необходимы ионы цинка.
Роль металлов в ферментативном катализе
Не менее важную роль отводят ионам металлов в осуществлении ферментативного катализа.
Участие металлов в электрофильном катализе.
Наиболее часто эту функцию выполняют ионы металлов с переменной валентностью, имеющие свободную d-орбиталь и выступающие в качестве электрофилов. Это, в первую очередь, такие металлы, как Zn, Fe, Mn, Cu. Ионы щелочных металлов, такие так Na и К, не обладают этим свойством.
В ходе электрофильного катализа ионы металлов часто участвуют в стабилизации промежуточных соединений.
Участие металлов в окислительно-восстановительных реакциях. Ионы металлов с переменной валентностью могут также участвовать в переносе электронов. Например, в цитохромах (гемсодержащих белках) ион железа способен присоединять и отдавать один электрон.
Благодаря этому свойству цитохромы участвуют в окислительно-восстановительных реакциях.
Активный центр фермента
Участок молекулы фермента, который специфически взаимодействует с субстратом, называется активным центром. Активный центр – это уникальная комбинация аминокислотных остатков в молекуле фермента, обеспечивающая непосредственное взаимодействие её с молекулой субстрата и принимающая прямое участие в акте катализа. У сложных ферментов в состав активного центра входит также кофактор. В активном центре условно различают каталитический участок, непосредственно вступающий в химическое взаимодействие с субстратом и участок связывания, который обеспечивает специфическое сродство к субстрату и формирование его комплекса с ферментом.
Свойства активных центров ферментов:
1. На активный центр приходится относительно малая часть общего объема фермента.
2. Активный центр имеет форму узкого углубления или щели в глобуле фермента.
3. Активный центр – это трехмерное образование, в формировании которого участвуют функциональные группы линейно удаленных друг от друга аминокислот.
4. Субстраты относительно слабо связываются с активным центром.
5. Специфичность связывания субстрата зависит от строго определенного расположения атомов и функциональных групп в активном центре.
У некоторых регуляторных ферментов имеется еще один центр, называемый аллостерическим или регуляторным. Он пространственно разделен с активным центром.
Аллостерический центр – это участок молекулы фермента, с которым связываются определенные обычно низкомолекулярные вещества (аллостерические регуляторы), молекулы которых не сходны по строению с субстратом. Присоединение регулятора к аллостерическому центру приводит к изменению третичной и четвертичной структуры молекулы фермента и, соответственно, конформации активного центра, вызывая снижение или повышение ферментативной активности.