Но старый хитрый генерал тоже не терял время. В свою очередь он направляет Эспиносу в новую экспедицию на тихоокеанское побережье Верагуа и близлежащий остров Себако. В поисках своей удачи в ней приняли участие де Сото и Франсиско Писарро, который тоже переместился в Панаму. В Верагуа конкистадоры обнаружили очень привлекательные и богатые земли, но столкнулись с ожесточенным сопротивлением индейцев во главе с влиятельным касике Уррака. Положение испанцев становилось настолько затруднительным, что де Сото был направлен за скорой помощью в Панаму. Отряд помощи возглавил лично Педрариас, которому не терпелось самому обрести военную славу, и он вовремя предотвратил почти неизбежный разгром Эспиносы со стороны многочисленного войска Урраки. Испанцам пришлось вести немало боев с индейцами, в течение которых конкистадоры потеряли ряд людей, а часть из них попала в плен. В одной из схваток такая участь чуть было не постигла самого губернатора Война Урраки с Педрариасом продолжалась еще девять лет, но постепенно превосходящее оружие европейцев и их чудовищная жестокость по отношению к индейцам взяли верх. Губернатору удалось также основать в этих землях новый город Ната и даже поселить там группу индейцев за обещание защитить их от бесчинств... испанцев.
Вернувшись с победой в Панаму, Педрариас страшно расстроился, когда ему сообщили, что удачливый Давила при поддержке могущественного епископа Фонсеки, ведавшего делами Совета Индий, снова приготовился в экспедицию в Никарагуа из Санто-Доминго. Разгневанный губернатор решает опередить Давила в Никарагуа и спешно снаряжает свой отряд во главе с Франсиско де Кордобой, в который среди других вошли также де Сото, его друг Кампаньон, Бенальаксар, Рохас и Гаравито. Эта экспедиция достигла огромного озера Никаро (Никарагуа) и обследовала окружающие его земли, где обнаружила высокоразвитую культуру индейцев, схожую с ацтеками. Местные природа и климат вызвали восхищение конкистадоров, которые, торопясь утвердить свой приоритет перед Давила, основали здесь поселения: сначала была построена деревня Бруселас, а затем заложен город Гранада.
Де Сото было поручено тщательно исследовать озеро Никарагуа с целью поиска возможного пролива в Атлантику. Де Сото обнаружил на противоположном берегу озера реку Сан-Хуан, которая действительно соединяла его с Карибским морем. Находясь в этом месте, де Сото узнал, что с севера к их району приближается экспедиция Давила, и он немедленно направился к де Кордобе с этим тревожным сообщением, которое было сразу передано Педрариасу. Де Сото был отправлен с отрядом в 40 человек остановить продвижение соперника. На его долю сейчас выпала наиболее неприятная миссия-выступать против соотечественников. Пришельцы совершили нападение на его отряд глубокой ночью, но Эрнандо принял заранее все меры предосторожности, приказав отряду устроиться на ночлег во всеоружии и выставив часовых. Схватка, в которой сам де Сото и руководимые им люди проявили немалое мужество и одержали полную победу, закончилась мольбой Давила о мире и пощаде. Он заявил, что соберет своих раненых и сдастся. Неопытный в подобных делах де Сото поверил слову идальго и отпустил его, несморя на совет своего друга Понсе де Леона не поддаваться обману. Часа через три, когда группа де Сото была на победном отдыхе, Давила напал на нее с подошедшими подкреплениями и нанес ей поражение, в результате которого часть ее людей спаслась, а сам командир был взят в плен и передан в руки Давила. После своей самой первой самостоятельной победы де Сото теперь испытал горечь первого поражения, которая была особенно для него сильной из-за проявления аристократического рыцарского благородства и вероломства противника, нарушившего закон тогдашней боевой чести.
Лагерь де Сото был полностью разграблен, а все его значительные многолетние накопления в размере 134 000 песо были присвоены циничным Давила, а меч Эрнандо был позорно отобран. Три дня спустя Давила решил уйти на атлантическое побережье, сказав де Сото, возвращая ему его меч, что с севера в эти земли идет войско капитана Олида, которого послал Кортес, считавший их своими. Эрнандо вернулся к отряду де Кордобы, который довольно добродушно отнесся к его поражению и посоветовал ему не быть столь рыцарски доверчивым и не полагаться на слово противника. Де Кордоба продолжил свой путь на север и за озером Манагуа заложил еще один новый город под названием Леон. Отсюда Эрнандо совершил собственный поход в поисках золота и вернулся в Гранаду не только с большим его приобретением, но и с важной новостью, что река Сан-Хуан, по которой он прошел за это время, выходит в Атлантический океан.
Пока он отсутствовал, среди воинского отряда в Гренаде произошел раскол, вызванный намерением Фернандеса де Кордобы отделиться от губернатора Панамы и объявить себя губернатором Никарагуа, запросив поддержку Кортеса и согласие короля через Санто-Доминго. Это намерение превратилось в факт после проведения встречи совета города, который поддержал план де Кордобы. Несколько капитанов выступили в поддержку своего командира, но де Сото отказался предать Педрариаса, и, ко всеобщему удивлению, был посажен в тюрьму. Но его верные друзья Понсе де Леон и Кампаньон с тридцатью своими солдатами без особого труда смогли освободить Эрнандо и уйти в Панаму.
Борьба между испанцами за богатые и живописные земли Центральной Америки стала превращаться в жестокую междоусобную бойню. Гонсалес Давила столкнулся в Никарагуа с войском Кристобаля де Олида и был взят им в плен. Сам Олид, окрыленный собственными успехами, поднял восстание против власти Кортеса, но был разбит и обезглавлен. Кортес в свою очередь в это время занялся исследованием Гондураса, все ближе приближаясь к Никарагуа, но восстание в столице Мексики заставило его повернуть обратно.
Для де Сото и его товарищей путь в Панаму оказался очень трудным, но одновременно и полезным, так как он проходил частично по новым землям, ценность которых они приняли к сведению на будущее. Взбешенный предательством де Кордобы, Педрариас, радостно встретивший группу своих лояльных командиров и солдат, сообщил им, что новый поход в Никарагуа уже почти подготовлен и что он поведет его сам. Он тем более торопился подчинить себе Никарагуа, поскольку получил сообщение, что новый губернатор Золотой Касталии Педро де лос Риос должен был прибыть в Дариен со дня на день и тем самым лишить его возможности учредить свой контроль над новыми территориями.
Перед отправлением в новый поход де Сото, Понсе де Леон и Кампаньон провели серьезное деловое обсуждение своих планов на будущее и с учетом извлеченных уроков из своего опыта заключили между собой юридически оформленное соглашение об организации собственного дела по исследованию и освоению новых земель. Они договорились внести в это предприятие все свои личные средства, которые при смерти кого-либо из них переходили по наследству к оставшимся в живых партнерам, если в завещаниях не предусматривалось иного. На эти средства они планировали приобрести два или больше судна и при необходимости даже финансировать экспедиции других. Их планы включали ведение шахтных работ по добыче золота и организацию сельскохозяйственных ферм. Все доходы должны были делиться между ними, а соглашение предусматривалось выполнять во всех деталях.
Первым полем применения их плана должна была стать Никарагуа, куда они отправлялись с Педрариасом после короткого отдыха в Панаме. 80-летний губернатор по-прежнему наводил страх повсюду, где он появлялся, так как его страшная репутация опережала его приезд. При его въезде в Гренаду перепуганный де Кордоба явился к нему по своей инициативе и тут же был брошен в тюрьму. Все рассчитывали, что за этим последует суд над повстанцем, но правосудие Педрариаса было гораздо более быстрым и решительным; через несколько минут после ареста де Кордобы из тюрьмы был вынесен кол с его кровоточащей головой. Так завершилась карьера одного из главных первооткрывателей, исследователей и конкистадоров Никарагуа, где Фернандес де Кордоба заложил несколько городов, которые продолжают существовать и сегодня.
Вновь овладев Гранадой, Педрариас приступил к организации управления во всей Никарагуа, а в это же время его капитаны вели борьбу с отрядами Кортеса и восстаниями индейских племен. Совет по делам колоний в Санто-Доминго тем временем назначил Диего Сальседу губернатором Гондураса, который прибыл туда в 1526 году и принудил находившихся там людей Кортеса подчиниться ему. Очень скоро он вступил в конфликт и с железным Педрариасом, объявив Никарагуа своей территорией под названием Королевство Леон.
Это произошло в очень непростое для старого генерала время, так как тогда новый губернатор Золотой Кастилии прибыл в Панаму, а вместе с ним туда приехали королевский аудитор и старший судья Сальмерон и королевский контролер Овьедо. Первое, что сделали вновь прибывшие сановники, было наложение ареста на все имущество и всю прислугу Педрариаса, но последний решил защищаться всеми доступными средствами. Оставив вместо себя тройку верных людей для управления Никарагуа и ведения войны с претендентами на эту территорию, губернатор прибыл в Панаму. Шел 1527 год.
Приехав в Панаму, Педрариас постепенно установил дружеские отношения с де лос Риосом и даже стал его советником. Он умело уговорил нового губернатора совершить поездку в Никарагуа, чтобы познакомиться с проблемами этой территории, где ему предоставлялась также прекрасная возможность обменять на золото большой обменный товар, который, как узнал ловкий генерал, был привезен им из Испании. За время отсутствия нового губернатора Педрариас рассчитывал подорвать планировавшийся над ним суд резиденции и одновременно ожидать ухудшения дел в Никарагуа без его жесткой руки в назидание его сменщику.