Движение староверов-мусульман практически с первых лет своего существования привлекало внимание современников, а затем и профессиональных историков. Первыми о нем стали писать ученые-исламоведы, которые в силу профессиональных обязанностей и в государственных интересах осуществляли экспертизу идей и оценивали практические действия членов ваисовской секты. Одному из них, Николаю Федоровичу Катанову, принадлежит категоризация ваисовцев как мусульманской секты. В советское время ваисовцы также подлежали "экспертизе" советских исламоведов (М. Сагидуллин, Л. Климович), которые в духе времени уделяли преимущественное внимание социальным аспектам движения.
Новая волна публикаций о ваисовцах приходится на конец 1980-х - 1990-е годы, когда была предпринята попытка их идеологической реабилитации. Появляется большое количество публикаций об альянсе Г. Ваисова с революционным движением и большевиками, о контактах лидера секты с Львом Толстым. Признание ваисовцами большевистской власти и переписка их лидера с великим русским писателем должны были облегчить процесс легитимации сектантов.
В последнее десятилетие (со второй половины 1990-х годов) историографический вектор меняется: к истории движения обращаются не только апологеты булгаризма или историографы революционной эпохи, но и представители классического исламоведения; историками татарского национального движения ваисовцы рассматриваются в контексте истории национализма; благодаря публикациям новых документов существенно расширяется и обновляется источниковая база исследований; интерес историков перемещается от Гайнана к личности основателя и главного идеолога движения Багаутдину Ваисову; появляется осознание сложности и неоднозначности ваисовского движения. Альтернативная версия "истории" движения содержится в текстах лидеров ваисовского движения, отца и сына Багаутдина и Гайнана Ваисовых, прежде всего - в их многочисленных прошениях и "святых заявлениях", подаваемых в адрес местных и центральных властей. Эти самоописательные тексты крайне интересны, ибо являются образцами сложнейшего диалога внутри собственно мусульманской традиции и между поколениями внутри ваисовского движения и культурного перевода на язык обращений к светской (в том числе судебной) власти в империи. Понятно, что содержащаяся в этих текстах информация не может рассматриваться как безусловно достоверная с фактологической точки зрения.
Особую группу самоописательных текстов ваисовцев составляют литературные произведения Багаутдина Ваисова нравственно-религиозного содержания, как изданные самим автором в середине 70-х годов XIX века, так и оставшиеся по цензурным причинам неопубликованными при его жизни. Последние были частично изданы сыном Багаутдина в начале XX века, а отчасти сохранились лишь среди архивных материалов. Они изучены фрагментарно, преимущественно литературоведами (М. Гайнетдинов) и исламоведами (М. Кемпер). Литературное наследие отца и сына (Багаутдина и Гайнана) Ваисовых представляет большую ценность для анализа особенностей религиозных воззрений основателя секты, ваисовской эсхатологии, для понимания соотношения религиозных и социальных составляющих ваисовского учения.
В 1907–1908 годах Гайнан Ваисов издал поэтическое наследие отца, подвергнув его определенным переработкам и дополнениям. Какова была степень обработки и кому, в конечном счете, принадлежит авторство этих произведений, остается предметом дискуссий и различных трактовок. Наконец, в условиях бесцензурной России 1917 года впервые появилась возможность опубликовать собственную версию истории "национальных героев"-ваисовцев, что и было незамедлительно осуществлено Гайнаном.
Другой комплекс источников, на сегодняшний день в недостаточной степени привлекавшийся исследователями, представлен публикациями в татарской периодической печати. Пресса - прекрасный индикатор реального отношения различных слоев населения к представителям ваисовского движения. Тот факт, что татарские издания охотно предоставляли свои страницы противникам и критикам ваисовцев (начиная от обличений А. Килдишева и заканчивая гневными выпадами муллы С. Иманкулова) и почти никогда не являлись трибуной для самих ваисовцев, свидетельствует о маргинальном положении этой "секты" в татарском обществе, о слабом влиянии ваисовцев на формирование мусульманского дискурса не только в масштабе Российской империи, но даже и в Поволжье.
Богатейший пласт источников представлен архивными документами. Архивные материалы, собранные в Национальном архиве РТ и Российском государственном историческом архиве, как частично опубликованные, так и неизданные, в свою очередь, включают следующие группы документов:
- Материалы уголовного судопроизводства (следственные дела, протоколы допроса обвиняемых и свидетелей, вещественные доказательства, резолюции и протоколы судебных процессов и прочее). Использование подобного рода документов позволяет не только реконструировать фактическую историю движения, но и выявить круг наиболее активных и деятельных ваисовцев (не секрет, что сведения о персональном составе ваисовской общины ограничиваются обычно двумя-тремя именами), определить преобладающие идеи религиозного, социального и/или политического характера и проследить их эволюцию на разных этапах развития движения. Материалы медицинских освидетельствований могут помочь составить психологический портрет движения и оценить дискурсивную политику властей по отношению к "секте".
- Материалы гражданского судопроизводства (различного рода имущественные споры) содержат весьма любопытную информацию об имущественных конфликтах, нередко являвшихся подоплекой и предвестниками уголовного преследования ваисовцев.
- Прошения, ходатайства, "святые" заявления и разъяснения, поданные в адрес местных и центральных властей (канцелярию казанского губернатора, императорскую канцелярию), в представительные органы власти (Государственную думу) и другие содержат уникальную информацию для изучения и анализа идеологии ваисовцев в содержательном плане.
- Неизданное поэтическое наследие Ваисова-старшего отчасти сохранилось в фондах цензурных комитетов с весьма любопытными и красноречивыми комментариями цензоров.
- Материалы, связанные с ваисовским движением в 1917–1918 годах, не говоря уже о более позднем периоде, сосредоточенные в архиве КГБ-ФСБ, представляют наиболее закрытую и менее всего вовлеченную в научный оборот группу архивных документов.
Можно предположить, что региональные и зарубежные архивы (Поволжские региональные архивы, книгохранилища и архивы в Средней Азии, Сибирском регионе и др.) хранят неизвестный и практически еще не введенный в оборот пласт архивных материалов по истории ваисовского движения. Также, в силу объективных причин, ограничено использование материалов частных и ведомственных (например, КГБ/ФСБ) архивов.
Первая публикация архивных документов, освещающих историю ваисовского движения, была предпринята в середине 30-х годов XX века в сборнике "Материалы по истории Татарии второй половины XIX века". Однако включение в сборник этих материалов мотивировалось однозначной интерпретацией ваисовского движения как формы социального протеста.