Даже эти относительно умеренные предложения встретили отпор со стороны наместника и министра иностранных дел. Оба чиновника отмечали, что требование о знании русского языка католикосом фактически устраняет от выборов иностранных кандидатов и тем самым нивелирует вселенское значение престола. Будучи вынужденными голосовать не за лучшего кандидата, но за русскоязычного, иностранные армяне вряд ли считали бы такого католикоса вполне легитимным. Воронцов-Дашков и Извольский также возражали против каких-либо изменений в системе выборов сразу после смерти старого католикоса и непосредственно перед избранием нового. Министр иностранных дел согласился в принципе, что следует стремиться к уравновешению голосов российских и зарубежных армян, но он указал на принцип Римско-католической церкви sede vacante nihil innovatur - когда престол не занят, никаких нововведений не допускается - и предположил, что армянское духовенство с этим принципом хорошо знакомо.
Выслушав эти аргументы на своем заседании в августе 1908 года, Совет министров решил отложить любые нововведения и сосредоточить свое внимание на избрании следующего католикоса, который впоследствии мог бы содействовать наместнику в выработке изменений к Положению 1836 года. Главное достижение Столыпина заключалось в согласии Совета с его высказыванием: соображения внешней политики "не могут служить основанием, чтобы оставлять без внимания требования политики внутренней". Единственное конкретное изменение, на которое Совет согласился, заключалось в установлении закрытой подачи голосов на последней стадии выборов для увеличения свободы выборщиков. По сути, МВД вынуждено было пожертвовать своей программой и получило взамен лишь смутное обещание предпринять какие-то реформы, когда обстоятельства это позволят.
С одной стороны, решение Совета отражало противоречия, сформировавшиеся за все время отношений между государством и католикосом. С другой - оно стало результатом сложившихся на тот момент противоречий между Столыпиным, Извольским и Воронцовым-Дашковым, касающихся распределения власти в государственном аппарате. Петербургская бюрократия была недовольна восстановлением в 1905 году наместничества, которое вывело из ее распоряжения закавказские дела. Преданный принципам "объединенного правительства" и критически относившийся к проармянской позиции наместника, Столыпин в целом разделял это недовольство. Одновременно он разошелся во взглядах с Извольским - в данном случае, по вопросам формирования внешней политики России. Как председатель Совета министров, Столыпин решительно пытался включить внешнюю политику в свое "объединенное правительство", чтобы не допустить возникновения внешнеполитических осложнений, пока не завершилась программа внутренней перестройки. Извольский, со своей стороны, стремился решить вопрос о проливах Дарданеллы и Босфор в пользу России и создать для Петербурга возможность решительных действий на Ближнем Востоке. Когда в январе 1908 года размах планов Извольского стал очевиден, Столыпин принялся энергично отстаивать прерогативы Совета в формировании внешней политики. Однако Боснийский кризис 1908 года показал, что Извольский не принял точку зрения Столыпина и хватался за любой инструмент, позволявший ему влиять на османское правительство. Таким образом, стечение внутриполитических обстоятельств, с одной стороны, и решимость Извольского вести активную политику на Ближнем Востоке, несмотря на внушения Столыпина, - с другой, явились существенными факторами в желании МИД активно поддерживать католикоса. В той же логике Столыпин рассматривал внешнюю политику как компетенцию своего ведомства. Когда он выступал против наличия в империи "должностного лица, облеченного экстратерриториальной властью, не подчиняющегося велениям закона и открыто не исполняющего законных распоряжений Правительства", он указывал на связь между внутренней и внешней политикой.
Не добившись желаемого результата в Совете министров, Столыпин все же попытался ввести некоторые изменения в ходе утверждения следующего католикоса. В конце 1908 года без особых пререканий константинопольский патриарх Матевос (Измирлян), пользовавшийся подавляющим преимуществом на собрании в Эчмиадзине, был избран католикосом. Ввиду еще не ясного значения младотурецкой революции для османских армян Петербург счел нужным утвердить этот выбор. Но в докладе императору Столыпин выступил против наград и других значительных почестей, обыкновенно сопровождавших утверждение католикоса в сане. Вместо этого он предложил ограничиться Высочайшей грамотой с большой государственной печатью, как предписывал закон, а предоставление других наград поставитъ в зависимость от отношения нового католикоса "к интересам государства и правительственной власти". Столыпин также настаивал на том, чтобы Матевос приехал сразу в Петербург (вместо Тифлиса, как это делалось обычно) для личного свидания с императором, на котором ему бы разъяснили обязательность соблюдения имперских законов, а не только церковного канона. Появились даже слухи о том, что МВД готовит законопроект об увеличении числа российских армян на будущих выборах.