Скорая смерть Макария дала государству возможность продемонстрировать свое безразличие к выборам 1892 года. Судя по всему, правительство действительно воздерживалось от вмешательства в выборы, что подтверждается фактом избрания османского подданного. Новый католикос Мкртич (Хримиан) прежде служил архиепископом Ванским и патриархом Константинопольским, а также представлял армянские интересы на Берлинском конгрессе. В его правление противостояние Петербурга и Эчмиадзина достигло своего зенита. Проблемы возникли почти сразу же, так как сначала султан не пожелал снять с Мкртича османское подданство, вероятно, из-за его деятельности в Берлине, и дал свое согласие только после заступничества российского поверенного в Константинополе. Мкртич брал пример со своих предшественников, сопротивлялся Положению 1836 года и отказывался отменить приказ Макария о присягах. Мкртич открыто нарушил постановления, требовавшие коллегиального решения армянских брачных дел, а также устранил от церковных дел единственного оставшегося члена Синода, которого Петербург считал надежным. Далее без ведома правительства в 1890-е годы Мкртич признал учреждение двух зарубежных епархий, в Англии и Америке, имевших в принципе право принимать участие в выборах католикоса. МВД скоро пришло к выводу, что Мкртич стремился "к установлению полной независимости церковной власти от светской".
Бессилие имперских чиновников в этом деле поразительно. Они не только не обладали механизмом, способным заставить католикоса подчиниться, но даже не располагали законом, позволявшим сместить неугодного католикоса с его поста (это просто не предусмотрели при составлении Положения 1836 года). В итоге некоторые чиновники поддержали экстремальные меры воздействия на духовенство, гарантировавшие заодно и неиспользование церковных денег на революционные нужды, то есть конфискацию имущества армянской церкви. В то же время по данному вопросу в правительственных кругах единства не было. Многие утверждали, что эта мера будет как неэффективной, так и явно нарушающей права собственности. Когда дело обсуждалось в Комитете министров, 12 его членов во главе с Сергеем Витте (против пяти) выступили против конфискации. Меньшинство же утверждало, что государству не удается взять под контроль армянские начальные школы, поскольку духовенство объявило их собственностью приходских церквей. Перспектива длительных судебных разбирательств убедила меньшинство в том, что наиболее целесообразной была бы простая конфискация церковного имущества. Без каких-либо оговорок, несмотря на все сомнения большинства и на само Положение 1836 года, ясно закрепившее за армянской церковью право распоряжения своим имуществом, Николай II принял мнение меньшинства. Конфискация имущества армянской церкви началась в 1903 году.
Встреченная решительным объединенным сопротивлением армянского народа под руководством Армянской революционной федерации (Дашнакцутюн), конфискация закончилась полным крахом. Сам католикос Мкртич отказался подчиниться закону, заявив, что он был разработан без его участия. Активные волнения в Закавказье, так же как и общий кризис самодержавия, к началу 1905 года заставили правительство назначить более либерального Иллариона Воронцова-Дашкова на восстановленное Кавказское наместничество. Одним из его первых актов была приостановка конфискации для нейтрализации Дашнакцутюн. Таким образом, политика конфронтации оказалась не более эффективной, чем политика задабривания.
Нерешительность после 1905 года
Сам по себе отказ от конфискации армянского церковного имущества не мог решить основные противоречия между внутри-и внешнеполитическими приоритетами в отношении католикоса. Причины, побудившие наместника и МИД снова вспомнить о международном значении Эчмиадзина, следует искать, в частности, в переоценке российских внешнеполитических целей после неудачной войны с Японией, особенно при министре иностранных дел А. П. Извольском (1906–1910). На фоне растущей нестабильности на Балканах и проявления немецкого влияния в Турции имперское правительство старалось предотвратить "преждевременный" распад и раздел Османской империи и вместе с тем - возможность захвата проливов третьей державой, что нарушило бы статус кво . Извольский считал, что при необходимости Россия должна действовать в восточном вопросе решительно. Политические революции в Персии (1906–1911) и Османской империи (1908–1909) еще более усложняли ситуацию, и их влияние на зарубежных армян оставалось открытым вопросом. В этом контексте царские чиновники, занимавшиеся внешней политикой страны, старались не раздражать армян новыми посягательствами на права их церкви. К 1912 году Петербург даже хотел реактивизировать армянский вопрос, что было трудно, пожалуй, даже невозможно без содействия католикоса. Таким образом, сочетание факторов: меняющиеся внешнеполитические цели, политические события в Турции и Персии, назначение Воронцова-Дашкова - заставило Петербург отступить от конфронтационной политики двух предыдущих десятилетий.