Четко осознав значение Эчмиадзина для армян, Петербург стал вмешиваться в выборы католикоса уже в конце XVIII века. Тогда Эчмиадзин еще находился в Персии, но в выборах католикоса также был заинтересован турецкий султан, имевший под своей властью многочисленное армянское население. Обычно эчмиадзинская община и представители персидско-армянской общины избирали одного или нескольких кандидатов на вакантный престол. Затем константинопольская община от имени турецких армян выбирала одного из предложенных кандидатов, которому султан вручал берат, признавая его духовную власть над армянами Османской империи. В силу влияния Порты и константинопольской общины, а также ослабления Персии католикосом обычно становился турецкий подданный, а часто и сам константинопольский патриарх.
Вначале главная забота России состояла в упрочении своего влияния на процесс избрания и утверждения католикоса и по возможности в проведении на престол российских подданных. В 1800 году Петербургу удалось добиться избрания католикосом армянского архиепископа в России, Иосифа Аргутинского, активного участника российской военной кампании против Персии в 1796 году. Иосиф умер по дороге в Эчмиадзин, и поэтому не смог занять престол. Однако Россия приобрела для себя право участвовать в выборах и, как казалось Петербургу, даже утверждать католикоса в его сане. Россия попыталась воспользоваться этой привилегией сразу же после смерти Иосифа, когда развернулась борьба между двумя новыми претендентами на патриарший престол. В 1807 году его занял ставленник Петербурга Даниил, а в 1809 году российский император уже не только утверждал нового католикоса (Ефрема), но и заставил его приехать в Петербург для личного свидания. На следующие полвека России удалось монополизировать престол для своих подданных, а аннексия Восточной Армении в 1828 году лишь упрочила влияние Петербурга в Эчмиадзине.
Однако этот успех был достигнут ценой снижения авторитета католикоса за границей. Поскольку на патриаршем престоле находился подданный государства, враждебно настроенного к Турции и Персии, армяне этих стран опасались слишком открыто признавать свою духовную подчиненность Эчмиадзину. К тому же, войны России с Турцией и Персией в 1826–1829 годах нарушили связи между Эчмиадзином и армянами к югу и западу от него. Турецкие армяне оказались отчуждены еще больше в 1831 году, когда клубок сложных обстоятельств вынудил Россию организовать выборы нового католикоса Иоаннеса (Карпеци) без их участия и с нарушением еще нескольких установленных порядков. Вместе с тем константинопольский патриарх пытался сохранить свою уже приобретенную самостоятельность, а сисский католикос временами был готов принять под свое духовное покровительство тех, кто больше не желал признавать Эчмиадзин. Таким образом, из-за прерванных отношений с Эчмиадзином и соперничавших с ним духовных учреждений восстановление авторитета католикоса требовало от России значительных усилий.
Интронизация в 1831 году католикоса Иоаннеса была обставлена российским правительством с особой торжественностью. В церемониальных речах униженность армянской церкви при персидских ханах противопоставлялась ее вновь приобретенной свободе под русским патронажем. Для того чтобы "придать сему празднеству более пышности и блеска", местные власти доставили в Эчмиадзин батальон пехоты и артиллерию, чтобы ритуальное помазание нового католикоса сопровождалось не только пением хора и звоном церковных колоколов, но и громкими выкриками "Да здравствует патриарх!", оружейным салютом и сто одним выстрелом из пушек. Официальное сообщение гласило: "Все это, многократно повторенное эхом церковных сводов, придало сей минуте нечто столь торжественное, столь величественное, что трудно словами выразить". Вечером торжества завершились обильным ужином и фейерверком. Таким образом, заключил В. Г. Вартанян, "правительство хотело показать всем армянам, особенно зарубежным, как высоко в России чтут главу Церкви". В 1837 году Николай I посетил Эчмиадзин, подтверждая своим визитом имперское покровительство.
В то же время такие проявления покровительства были недостаточны для того, чтобы гарантировать подчинение константинопольской общины. То ли из страха возбудить подозрения Порты, то ли из желания сберечь собственную власть армянские патриархи Константинополя и Иерусалима сопротивлялись планам Иоаннеса послать в Османскую столицу делегацию с официальным документом, провозглашавшим его избрание католикосом. В ответ на это Иоаннес запросил помощь российского правительства в получении соглашения турецких армян на ряд требований, включавших помещение в Константинополе постоянного нунция. Российский посол семь лет вел переговоры от лица Эчмиадзина и наконец в 1838 году добился компромисса, включавшего признание первенства Эчмиадзина, но не помещение в Османской столице нунция.