Кризис доклассической модели европейского университета в XVII, и особенно в XVIII веке, побудил католические, протестантские и кальвинистские университеты к поискам выхода из стагнации и путей и форм модернизации. В середине XVIII века происходило реформирование и иезуитских школ, и при этом трансформации на Западе оказывали влияние на философию и ход образовательных реформ в Российской империи, что особенно заметно при правлении Екатерины II. Роль Запада в "идейном наполнении" русской культуры в эпоху Просвещения, проблемы трансфера и адаптации западноевропейских идей в Российской империи в XVIII веке, взаимовлияние культур в рамках общеевропейского пространства сегодня активно исследуются. Подходы и решения, предложенные в ходе этих исследований, дают основания поставить вопрос о том, насколько трансформации средневекового университета повлияли на такой европейский по своей природе институт, как православные коллегиумы. Для этого прежде всего нужно установить, что именно и в каком направлении изменялось в модели православного коллегиума. Проведенное нами исследование позволяет сразу же констатировать, что появлявшиеся время от времени отдельные новшества в управлении и организации учебного процесса в коллегиумах не меняли модель по существу.
Из всех составляющих, которые в совокупности формировали модель коллегиума, значительные трансформации с середины XVIII века наметились только в содержательной части обучения. Претерпевает изменения наполнение курсов основной для первой половины XVIII века программы "Ratio Studiorum". Для выяснения сущности этих перемен попытаемся реконструировать содержательное наполнение учебных дисциплин и учебной практики, которой придерживались в Черниговском, Харьковском и Переяславском коллегиумах. Учитывая, что православные коллегиумы составляли значительный сегмент сферы образования Российской империи, считаем, что решение этой задачи может пролить дополнительный свет и на подобные процессы в других учебных заведениях, прежде всего духовных. Хотя об истории многих семинарий Российской империи написано немало, описание учебного процесса ограничивается перечислением учебных дисциплин при крайне скупой информации об их наполнении материалом. Неизученность этого вопроса в значительной мере порождена скудостью источников. Применительно к истории трансфера и адаптации европейских идей в Российской империи в XVІІІ веке Клаус Шарф отметил, что эта тема нуждается в особых источниках, в обращении к данным не столько фундаментальных работ, сколько специальных исследований по истории книги, журнального дела и библиотек, истории литературы, искусства и науки, истории персоналий, обществ, особенно авторов, переводчиков, издателей, публикаторов, покупателей, подписчиков, читателей, читательских сообществ и т. д. Исследователь обратил внимание на необходимость нового прочтения массива делопроизводственной документации, а также источников личного происхождения (писем, мемуаров). Историки европейского образования уже идут по этому пути, хотя, как показано Лоренц Броклис, исследования учебных планов даже западноевропейских университетов раннего Нового времени по-прежнему является важной, но непростой задачей.
Ставя задачи реконструкции "учебного плана" православных коллегиумов и выявления в них изменений, нельзя не сказать несколько слов о "Духовном регламенте", автором которого был Феофан Прокопович, один из зачинателей реформ, проводимых Петром I. Исследователи неоднократно подчеркивали близость теоретических оснований Духовного регламента с работами Самуила Пуфендорфа и других представителей школы естественного права, некоторые ученые назвали этот документ Программой русской реформации. Исследователи дают оценку Прокоповичу как просветителю и ученому-борцу, который сосредоточил свою критику на иезуитской схоластике, освободился от традиций латинско-иезуитского образования, что и нашло яркое проявление в Регламенте. Вместе с тем, еще Н. И. Кедров заметил, что хотя Феофан Прокопович мечтал построить внутреннее и внешнее устройство академии на началах, отличных от латинско-иезуитского образования, он не освободился от педагогических понятий, в которых воспитывался и которые господствовали в Киевской коллегии. Игорь Смолич пришел к очень важному выводу о том, что учебный план, составленный Феофаном, в целом ориентировался как на образец на программу Киевской академии. То есть "Духовный регламент" по сути не вел к смене содержательного наполнения учебных курсов. К слову, термин "академия" употреблен в Регламенте как наименование учебного заведения, а "семинария" понималась как бурса-интернат (то есть помещение) при ней. Название "семинария" для духовных школ в Российской империи начали применять с 1731 года.
Видоизменения внутреннего наполнения учебного процесса в православных коллегиумах, перемены в содержании курсов и их статуса можно заметить начиная с 1750–1770-х годов. Нововведения фиксируют начавшуюся переориентацию на иные образовательные парадигмы, которые воплощались в это же время в немецких протестантских университетах и гимназиях. Конечно, поиски нового можно заметить и ранее, не случайно исследователи философских курсов Киево-Могилянской академии обратили внимание на то, что отказ от схоластического аристотелизма в преподавании философии, конечно, не произошел в одночасье. Нужно обязательно отметить, что и сама иезуитская философия развивалась, и в XVІІІ веке в ней прослеживаются "картезианские и вольфианские элементы".