Вместе с тем исследователи Европы раннего Нового времени советуют не преувеличивать силу централизующихся государств. Это предостережение особенно актуально для историков России. Описанная выше картина осложняется целым рядом нюансов в том, что касается местного управления. Р.В. Скрибнер в исследовании об охране правопорядка в Германии XVI века, например, предостерегает от того, чтобы сосредотачивать внимание "на наблюдаемых структурах государственной власти и ее прескриптивном законодательстве в ущерб детальному рассмотрению реальных трудностей, с которыми государство сталкивалось в преследовании своих целей". Он показал, что "на низовом уровне, где охрана правопорядка имела действительно жизненное значение", раннемодерное государство "было гораздо уязвимее". Джон Брюэр и Экхарт Хелльмут приходят к сходным выводам там, где это менее всего ожидаемо, а именно пересматривая представления об Английском и Прусском государствах раннего Нового времени. Они указывают, что слишком по-веберовски концентрироваться на том, что Майкл Манн назвал "деспотической" (по форме и по закону) властью раннемодерных государств, означает только затемнять проблемы, встававшие перед такими государствами, когда они занимались созданием "инфраструктурной" власти, то есть построением административных институтов и отношений с обществом в целях удовлетворения потребностей государства. Государства раннего Нового времени часто полагались в проведении своей политики на посредующие звенья, такие как дворянство, бюрократия, муниципальные гильдии и городские советы. Таким образом, подобно Скрибнеру, Брюэр и Хелльмут рекомендуют подход, при котором "взгляд направлен не сверху вниз и не снизу вверх, а на точки контакта… Ключевым понятием является не принуждение, а переговоры". Сходным образом Майкл Брин провозглашает, что во Франции раннего Нового времени закон не был ни "автономным в современном, веберианском смысле", ни просто "декорацией", а являлся "частью более широкой правовой системы разрешения споров, которая включала посредников, третейских судей и другие стороны, занимавшиеся сделками, переговорами или другими путями, способствовавшими неформальному урегулированию конфликтов". Иными словами, раннемодерные государства превращались в модерные благодаря органичному сочетанию таких свойств, которые в социальной теории часто рассматривают как полярные категории: централизация/децентрализация, персонализм/публичность, власть закона/власть обычая. Обнажая способность таких теоретических бинарных оппозиций вводить в заблуждение, правовые культуры раннего Нового времени черпали силу в подручном материале социальных и политических взаимодействий.
Изучение внутренней организации государств ставит под вопрос представление, что государственное строительство раннего Нового времени вело к образованию национальных государств. В перспективе, возможно, так и происходило, но в XVI–XVIII веках в государственном устройстве сохранялось определенное многообразие. Среди европейских государств наблюдался континуитет от достаточно унитарных монархий, в которых все же королям приходилось сотрудничать с парламентскими, дворянскими и другими социальными институтами (Англия и Франция), до, по Чарльзу Тилли, государств с "фрагментированным суверенитетом" (Швейцария, Северная Италия и часть Священной Римской империи), где власть была распределена по рыхлым конфедерациям городов, княжеств и т. п. Многие другие страны были континентальными империями: Османская, выгнувшаяся аркой на юг, Речь Посполитая, Россия, простершаяся от Балтийского моря до Сибири, империя Габсбургов от Испании до Нидерландов и Венгрии. Правители поликонфессиональных, полиэтничных империй были вынуждены, согласно Карен Борки, "делить контроль с разнообразными опосредующими организациями и с местными элитами, религиозными структурами и органами местного управления, а также с другими многочисленными привилегированными институтами" как в центральном ядре державы, так и на периферии. Эти государи в основном объединяли свои империи за счет наднациональной религиозной идеологии; они осуществляли контроль при помощи разнообразных стратегий – от терпимости к различиям и интеграции элит до предотвращения складывания центров власти вокруг местных элит и использования принуждения. Имперские власти были настолько связаны необходимостью вести постоянные переговоры с местными сообществами для получения средств и осуществления контроля, что исследователи называют имперский суверенитет "многослойным", "разделенным" и "делегированным": "Суверенитет часто был больше мифом, чем реальностью, больше тем, что политики говорили об организации своей власти, чем действительным качеством этой организации".
В иной исследовательской перспективе изучение государственного строительства в раннее Новое время оказывается направлено на отношение власти к насилию. Мишель Фуко доказывал, что раннемодерные властители Европы управляли за счет террора, осуществляемого через "зрелища страдания" – массовые публичные казни и экзекуции, пока в течение XVII и XVIII веков они не были постепенно заменены дискурсами конформизма, которые были интериоризованы индивидами благодаря улучшенным средствам коммуникации и таким институтам, как тюрьмы, дома для сумасшедших и государственные школы. Но эти новые дискурсы, настаивал Фуко, подразумевали не меньшее насилие. Параллельно существовавшая школа, сформировавшаяся под воздействием идей Норберта Элиаса, напротив, развивала видение тех же процессов "снизу": Питер Спиренбург, Рихард ван Дюльмен, Ричард Эванс и другие противопоставляли театрализованным казням возникновение "цивилизующих" тенденций, постепенно оттеснивших необходимость в управлении посредством террора. Для индивидов и групп, стремившихся к повышению своего статуса, стандарты поведения теперь задавали этикет, образцы учености и придворная культура, в результате чего социальное насилие снижалось и общество стабилизировалось изнутри.