Несмотря на то что эскадра не успела участвовать в боевых действиях, в 1774 году Грейга наградили орденом Святой Анны I степени.
В этот период моряку довелось оказать Императрице услугу особого рода. По Европе разъезжала молодая особа, которая называла себя Елизаветой, дочерью Императрицы Елизаветы Петровны. В литературе ее часто именуют княжной Таракановой, хотя этот титул и фамилию ей приписали значительно позднее. Самозванка находила людей, которые поддерживали ее деньгами, позволяя жить на широкую ногу. Но все меньше оставалось добровольных спонсоров, и авантюристка в 1774 году обратилась к графу Алексею Орлову с предложением помочь ей, как наследнице престола, овладеть властью. Основной расчет был на флот, находившийся в распоряжении графа. Орлов доложил о подобных притязаниях Императрице и получил приказ захватить претендентку, даже если придется стрелять из пушек. Используя свою агентуру, Орлов уверил Елизавету, что он влюблен в нее. Когда же "княжна" прибыла на эскадру, ее арестовали 12 февраля 1775 года. Так как Орлов намеревался доставить пленницу в столицу живой и здоровой, то изобразил дело так, что и он арестован, но надеется помочь своей любимой.
Неприятные обязанности по аресту и доставке авантюристки в Россию легли на Грейга. Во-первых, среди тех, с кем Орлов ее познакомил у английского консула в Ливорно, была мадам Грейг. Вероятно, это входило в ловушку. "Великая княжна" со спутниками оказалась на палубе "Святого Исидора", куда ее пригласил граф Орлов. Пока она наблюдала учения, "возлюбленный" исчез, а гвардии капитан Литвинов со стражей объявил об аресте ее со спутниками именем Императрицы и по приказу господина контр-адмирала и кавалера Грейга. Граф Орлов в письме после ареста доказывал "великой княжне", что Грейг своевременно поможет ей. 14 февраля 1775 года граф Орлов докладывал Императрице о выполнении деликатного поручения:
"Я же ее привез сам на корабли на своей шлюпке и с ее кавалерами и препоручил над нею смотрение контр-адмиралу Грейгу с тем повелением, чтоб он все возможное попечение имел о ее здоровье и приставлен один лекарь, берегся бы, чтоб она при стоянии в Портах не ушла бы… Контр-адмиралу же Грейгу приказано от меня и при приезде его в Кронштадт никому оной женщины не вручать без особливого Имянного Указа Вашего Императорского Величества".
14 февраля эскадра из пяти кораблей и фрегата снялась с якоря, 4 марта миновала Гибралтар, 4–10 апреля простояли в Диле. До Англии пленница вела себя спокойно, но, поняв обман, предалась такому отчаянию, что привлекла внимание публики, и Грейгу пришлось поторопиться отправиться в Россию. Контр-адмирал жаловался графу Орлову, что он не имел в жизни более трудной комиссии. 11 мая эскадра достигла Красной Горки. Ожидая указаний Екатерины II, что делать с претенденткой, Грейг не торопился возвращаться в базу. Получив донесение о прибытии эскадры, Императрица приказала ее разоружить и 16 мая 1775 года из села Коломенского, что под Москвой, послала Грейгу благодарственный рескрипт:
"Господин контр-адмирал Грейг! С благополучным вашим прибытием с эскадрою в наши порты, о чем я сего числа уведомилась, вас поздравляю и весьма вестию сей обрадовалась. Что же касается до известной женщины и до ея свиты, то об них повеление от меня послано г-ну фельдмаршалу кн. Голицыну в С. П.бург, и он сих вояжиров у вас с рук снимет. О протчем будьте уверены, что службы ваши во всегдашней моей памяти и не оставлю вам дать знаки моего к вам Доброжелательства.
Екатерина II".
24 мая Грейг, получив указания, как быть с пленницей, привел эскадру на Кронштадтский рейд, а 26 мая все арестованные (госпожа, при ней двое господ, служанка, шесть служителей и скороход) были помещены на адмиралтейскую яхту. Яхта пошла к столице, а эскадра 29 мая втянулась в гавань.
В указе от 23 мая Императрица по просьбе графа А. Г. Орлова пожаловала контр-адмиралу по триста рублей на стол за каждый месяц его пребывания с последней отправленной в Архипелагскую экспедицию эскадрой. 10 июля 1775 года, в день празднования годовщины Кючук-Кайнарджийского мира, Грейга произвели в вице-адмиралы. 10 августа он был назначен на должность главного командира Кронштадтского порта.
Этим не ограничилась благосклонность Императрицы. Сарра ждала ребенка, и Екатерина II обещала, что дочь будет фрейлиной, а сына произведут в мичманы. 6 сентября 1775 года родился Алексей. При крещении его от купели восприяли Императрица и граф А. Г. Орлов. Через месяц последовал рескрипт:
"Ея И. В. всемилостивейше пожаловать изволила новорожденного сына вице-адмирала Грейга во флот мичманом. О сем благоволит Адмиралтейская коллегия объявить его отцу".
Участие в Чесменском сражении, награды, благоволение Императрицы дали Грейгу необходимый авторитет, который позволил ему, как главному командиру Кронштадтского порта, внести ряд усовершенствований, полезных Российскому флоту.
Главный командир Кронштадтского порта
7 июля 1776 года, после возвращения всех эскадр со Средиземного моря, Екатерина II устроила у Красной Горки смотр Балтийского флота. По указу Императрицы командовал флотом вице-адмирал Грейг. Екатерину II встретили члены Адмиралтейств-коллегии, четыре флагмана (С. К. Грейг, А. Н. Сенявин, И. Я. Барш, И. А. Борисов) и портовые власти; их шлюпки сопровождали самодержицу до борта "Ростислава". Команды, посланные по вантам и реям, приветствовали ее одиннадцатикратными криками "ура"; звучали музыка оркестров и барабанный бой. На "Ростиславе" Императрица приняла рапорты. Под гром пушек окрики "ура" на мачте развернулся императорский штандарт. По приказу Екатерины II были собраны флагманы и командиры кораблей. Вице-президент Адмиралтейств-коллегии зачитал указ о награждении чинов флота. Императрица по указу от 7 июля 1776 года щедро одарила моряков призовыми деньгами и орденами, лично возложила на Грейга орден Святого Александра Невского "за его труды и усердную службу". Нижним чинам раздали медали в честь победы в турецкой войне. После обеда Императрица, обойдя на шлюпке оставшуюся часть судов, наблюдала маневры флота.
Когда праздник завершился, Грейг перешел на корабль "Исидор". На нем моряк возглавил учебное плавание у Красной Горки с 9-го по 31 июля, в ходе которого корабли проводили различные экзерсиции. 3 августа 1776 года последовал указ о разоружении эскадры, прибывшей к порту 1 августа. 8 августа вице-адмирал спустил флаг, а эскадра вошла в гавань.
После этого плавания Грейг надолго расстался с морем, ибо в должности главного командира Кронштадтского порта он был занят преимущественно делами административными. Этот период ознаменован внедрением на флоте многочисленных улучшений.
В России традиционно сохранялись штаты парусного вооружения кораблей, принятые еще при Петре I. Основой для проектирования служил спущенный в 1715 году корабль "Ингерманланд". Однако за границей конструкцию корабля усовершенствовали, и Грейг внес соответствующие предложения. Нам уже известно, что до Архипелагской экспедиции нововведения капитан смог использовать лишь на тех кораблях, которыми командовал. Однако у лично известного Императрице главного командира Кронштадтского порта возможностей оказалось больше.
В 70-х годах Грейг добился разрешения Екатерины II ввести новшества на корабли "Исидор" и "Ингерманланд". 5 августа 1776 года коллегия всем составом и все флагманы решили провести депутатский смотр вернувшихся из Архипелага кораблей и окончательно решить вопрос о преимуществе усовершенствований Грейга. 8 августа коллегия, рассмотрев рапорт Грейга и результаты депутатского смотра, "…нашла в оном [вооружении] против прежняго немалое в удобности преимущество, а сверх того паруса так в своей пропорции расположены, что не токмо один от другого паруса не отнимает ветра, но и от ударения в оные ветра нималого препятствия задний переднему не делает; пропорции мачт и стеньги не более прежних, следовательно, и опасности никакой нет. А потому коллегия сие и утверждает; что же принадлежит до прочих частей вооружения, то оное не инако узнать можно, как по самой практике, но понеже флагманы все уже по оной испытали и генерально удобность и пользу нынешнего вооружения предпочитают прежнему, на чем коллегия и основывается. А по всем сим обстоятельствам приказали: впредь корабли вооружать так, как вышеописанные корабли "Исидор" и "Ингерманланд" вооружены были". Грейгу предписали создать комиссию, снять точные размеры парусов, рангоута, такелажа и "оное росписать со штатным положением". 1 марта 1777 года коллегия рассмотрела представленные штаты и постановила корабли вооружить по представленным Грейгом пропорциям. Коллегия приказала "положение о такелаже и прочих принадлежащих тому вещах" издать в шестистах экземплярах и разослать. Штат был распространен в виде опыта на другие классы судов. В марте 1778 года по утвержденному штату парусов, рангоута и такелажа для кораблей, "для точнейшего положения на самой практике и узнания способностей", было решено вооружить фрегат, бомбардирский корабль, прам и полупрам. 25 июня Адмиралтейств-коллегия предложила Грейгу подобрать для экспериментальных судов командиров, способных после плавания представить свои замечания и отчеты.
Штаты 1777 года существовали до конца столетия, когда были заменены новыми (1799-го и 1806 годов).
Грейг предложил для более удобного управления парусами удлинить на кораблях и фрегатах шканцы фальшпалубой до грот-мачты, а ют выдвинуть на два-три фута за бизань-мачту. Он предложил понизить на четыре-пять футов резные украшения кормы, мешающие управлению кораблем (уваливающие его под ветер), делать ростры не выше шести футов (полутора метров) над палубой, ибо они мешали управлять гротом и замедляли ход в бейдевинд, убрал излишние переборки на палубе.