Понеся большие потери в столкновениях с русскими с осени 1707 года (более 10 тыс. солдат и офицеров с начала похода, причем первый бой шведского авангарда с разведкой противника произошел уже в сентябре 1707 года в Польше, в районе Калиша (Kalisch)), шведский король рассчитывал компенсировать их привлечением вспомогательных сил и союзников – оставленного им в Польше корпуса генерала Эрнста Крассау (Ernst Detlof Krassow), отрядов польского короля Станислава I Лещинского (Stanislaw I Leszczynski, ранее воевода в Познани), крымского войска хана Девлет-Гирея II. В связи с этим движение шведов на юг и осада важнейшего в этом районе стратегического пункта – укрепленного и хорошо снабженного полкового города Полтавы, являлись естественным стремлением обеспечить операционную базу по линии реки Ворсклы. Занимая эту линию, шведы поддерживали связь с запорожцами и сохраняли возможность соединиться с подкреплениями и союзниками из Польши и Крыма.
Однако сам царь Петр, опасаясь, что действия запорожцев приведут к выступлению крымского хана, а также активизации колеблющихся польских сторонников короля Станислава I Лещинского и Карла XII, прилагал серьезные дипломатические усилия и активно руководил своими военачальниками, стремясь оставить шведов в изоляции. В течение марта-апреля он вел непрерывную переписку с Меншиковым и Шереметевым, требуя "… а наипаче тщитца каналию запорожскую и сообщникоф их искоренять", и угрожая, что "А ежели допустите и по сему не учините, тогда собою принуждены будите платить".
Следуя указаниям Меншикова, отряд из трех пехотных полков под командованием полковника Петра Яковлева (Петр Иванович Яковлев начинал службу в частях Лейб-гвардии, являлся доверенным лицом царя Петра, в феврале 1706 года в звании поручика гвардии сумел доставить указания царя командованию русской армии, блокированной шведами в Гродно, в 1708 году уже командовал драгунским полком из рекрутов, сформированным и использовавшимся для подавления восстания донских казаков во главе с "сообщниками гетмана Мазепы" атаманами Кондратием Булавиным и Игнатом Некрасовым, после чего полк был расформирован и поротно обращен на комплектование других драгунских частей, а Яковлев участвовал в Полтавской битве в качестве командира Московского драгунского полка) и драгуны дивизии генерала Григория Волконского (князь Григорий Семенович Волконский), возглавляемые бывшим компанейским полковником Игнатием (Гнатом) Галаганом (Калаганом), двинулись в апреле из Киева вниз по Днепру, атаковали укрепленные пункты запорожцев (Келеберда, Решетиловка, Переволочна, Новый и Старый Кодак (Кудак)) и по очереди разгромили их, включая Запорожскую Сечь, которая пала 14 мая (полковник Галаган вначале присоединился к шведам вместе с гетманом Мазепой, но затем, оценив положение шведской армии и ее перспективы, в декабре 1708 года перешел на царскую сторону и привел с собой отряд из 500 казаков, которые служили личной охраной Мазепы; за измену запорожские воины-волхвы ("характерники") прокляли род Галаганов до седьмого колена и записали проклятие своей кровью (имеется соответствующий документ), и хотя царь Петр вознаградил Игнатия Ивановича Галагана, сделав Прилуцким и Чигиринским полковником, но его седьмой потомок – Павел Галаган, умер в 16-летнем возрасте от тифа, не оставив наследников).
Петр, по его словам в письме Меншикову от 23 мая 1709 года: "Сего дня получили мы от вас писмо, в котором объявляете о разорении проклятого места, которое корень злу и надежда неприятелю была, что мы, с превеликою радостию услышав, господу, отмстителю злым, благодарили с стрелбою" (в другом письме, написанном в тот же день к царевичу Алексею Петровичу: "… изменничье гнездо, Запорожскую Сечь, штурмом взял и оных проклятых воров всех посек и тако весь корень отца их, Мазепы, искоренен"). Наряду с истреблением запорожцев, русские солдаты беспощадно выжигали украинские поселки и местечки, убивая их жителей так же, как и при взятии гетманской столицы – города Батурин в ноябре 1708 года. Оставшиеся в живых казаки частью укрылись в днепровских лиманах, где их продолжал преследовать Галаган; частью разбежались, начав партизанскую войну с царским ставленником, новым гетманом Иваном Скоропадским и русскими; частью вновь примкнули к шведской армии.