Пришло известие, что персидские войска разбиты под Шамхором и что Мадатов взял Елизаветполь.
Воспользовавшись этой суматохой, и Вани, и Саркис, и Мелик-Бегляров ночью бежали из лагеря: разыскивать их было некогда, и персияне, сняв блокаду Шуши, поспешно двинулись к Елизаветполю. Там, как известно, 13 сентября 1826 года произошло памятное Елизаветпольское сражение, и Аббас-Мирза, разбитый наголову, бежал за Аракс. Паскевич готовился преследовать его, но в войсках не было продовольствия и достать его в окрестностях не было возможности. Тогда Паскевич вспомнил о Вани и 18-го сентября послал ему следующее предписание: «Господину подпоручику мелику Вани. Непобедимые российские войска, недавно прогнавшие нагло вторгнувшихся персиян с вероломным предводителем Аббас-Мирзою, обеспечили не только имущество мирных поселян, но даже спасли им жизнь. Непоколебимая верность и усердие армян известны уже Государю Императору. Я же, будучи уверен в вашей расторопности и всегдашней готовности к пользам службы, посылаю с сим Минас-бека Мелик-Беглярова с денежной суммой в 800 рублей серебром и предписываю вашему благородию искупить у подвластных вам армян и татар рогатый скот для порции войскам. Исполнив сие, вы приобретете право на новую признательность начальства».
Вани успешно и быстро исполнил это поручение, но благодарность ждала его впереди, а теперь над ним внезапно разразился громовой удар. По наветам недоброжелательных людей, пребывание мелика Вани и архиепископа Саркиса в персидском стане представлено было в превратном виде, как явная измена, и так как время было горячее, разбирать было некогда, то Вани без суда и следствия административным порядком был выслан в Баку, а архиепископ Саркис, привезенный под конвоем в Тифлис, подвергнут суду как гражданскому, так и духовному, который предварительно должен был снять с него архиепископский сан. Но самое строгое и тщательное раселедование обнаружило только гнусную клевету, возведенную на обоих, и оба они были совершенно оправданы: Вани был возвращен из Баку и обласкан Паскевичем, а архиепископ Саркис отправлен обратно на прежнюю свою кафедру в Карабах; тогда же, через некоторое время, когда Эриванское и Нахичеванское ханства были присоединены к России, управление этой новой, обширной епархией поручено было ему с саном митрополита, а на его место в Карабах назначен был родной племянник, митрополит Багдасар. Так рассеялись черные тучи, и Вани, и Саркис стали пользоваться в народе еще большим уважением, чем прежде.
В памяти народа живет и до сих пор предание о том, как Воронцов, назначенный наместником Кавказа, при первом посещении Шуши в 1849 году вызвал к себе Вани, которого он лично знал со времен Цицианова, и обошелся с ним, как со старым боевым сослуживцем, самым дружеским образом. Вани представил ему одного из своих сыновей – Михаила и внуков брата своего Акопа, тогда уже умершего (Акоп-бек скончался в 1844 г.): Нерсеса и Моисея. Воронцов, сам свидетель и участник подвигов Карягина и Котляревского, знал всю семью Атабековых и, выразив грубокое сожаление по поводу ранней кончины Акопа, обласкал детей и щедро одарил их подарками; когда же через три года их привезли в Тифлис для определения в какое-либо учебное заведение, Воронцов приказал принять их в благородный пансион при Тифлисской гимназии, где они воспитывались за счет сумм наместника.
Вани дожил до маститых лет и скончался в 1854 г. в своем имении Касапет 75 лет от роду. Так сошли со сцены первые великие борцы Карабаха за русское дело, но память о заслугах братьев Атабековых долго будет жить в народе.