Итак, павликиане были явно христианской сектой, если учение их основателя было вдохновлено каноническими христианскими текстами. Действительно, выяснилось, что Христос был центральной фигурой в их религии, но, как впоследствии катары и богомилы, они совершенно отказывались признать, что Он был рожден "во плоти" и что Мария была Его матерью. Поскольку Он не обладал физическим телом, как Он мог иметь мать? Подобно катарам и богомилам, они считали Его нефизической эманацией Бога Добра, эмиссаром духовного царства. Подобно катарам и богомилам, они отвергали крест и все материальные таинства официального христианства, а также культ святых и иконы. Подобно катарам и богомилам, они полностью отвергали Ветхий Завет и принимали лишь некоторые части Нового Завета. И наконец, они называли свое учение единственной истинной церковью, происходящей непосредственно от первых христианских общин, и называли римскую католическую и православную церковь узурпаторами.
Верховный лидер павликиан, обладавший абсолютной духовной и светской властью, носил титул дидасколос (didascolos). По словам Петра Сицилийского, его последователи относились к нему как к "апостолу Христа". Константин из Мананалиса в VII веке почитался как первый дидасколос, но все его преемники носили такой же титул, и каждый считался "авторитетным учителем христианского откровения в своем собственном поколении".
Хотя мы не знаем точной даты начала служения Константина из Мананалиса, историки обычно относят ее примерно к 655 году. По словам историков Джанет и Бернарда Гамильтон, он с самого начала действовал так, как если бы:
"… восстанавливал истинную церковь, основанную св. Павлом… Следующие didascaloiследовали примеру Константина и брали имена учеников св. Павла; они также называли свои церкви в честь тех мест, которые посещал Св. Павел. В результате они как бы восстанавливали истинную апостольскую церковь".
Разумеется, эти еретики называли себя просто "христианами" (эта черта была у них общей с богомилами и катарами, которые тоже называли себя "добрыми христианами"). Название "павликиане", очевидно, не имело ничего общего с их преданностью учению св. Павла, но вошло в употребление спустя долгое время после образования секты и использовалось другими людьми. Скорее всего оно происходит от дидасколоса Павла, который привел полукочевую секту обратно в Армению в VIII веке.
Хотя павликиане считали себя истинными христианами, православная церковь и Византийская империя придерживались иного мнения. Константина из Мананалиса в конце концов казнили за ересь по приказу императора Константина IV (668–685). По мнению историков, его скорее всего сожгли на костре, хотя сами павликиане распространяли историю о том, что он был забит камнями до смерти. Возможно, это было сделано с целью "провести аналогию между их первомучеником и первым христианским диаконом Стефаном".
Второй павликианский дидасколос, который взял себе имя Тит, тоже был казнен за ересь; на этот раз смерть на костре не вызывает сомнений.
В VIII веке н. э. павликиане довольно долго пользовались официальной терпимостью со стороны церкви, хотя Иоанн ("Философ") Отцунский, который стал католикосом Армении в 717 году, говорил о них как о "злокозненной секте "отбросов", которые называют себя павликианами". Больше всего его возмущал тот факт, что они презирали служителей официальной церкви как "идолопоклонников из-за их преклонения перед крестом", но, по-видимому, он не прибегал к поддержке светских властей для того, чтобы изменить такое положение вещей.
Лишь при византийском императоре Михаиле I (811–813) для сторонников павликианского вероучения была восстановлена смертная казнь. За этим последовал период массовых гонений, за время которого, согласно официальным летописцам, погибло около 100 000 еретиков. Такой масштаб резни был сопоставим с побоищем, учиненным над катарами из Лангедока 400 лет спустя. В 840-х годах в ответ на непрестанные гонения часть павликиан, включавшая боевой отряд численностью 5000 человек, отступила на арабские территории. В 850-х годах они основали свое независимое мини-государство со штаб - квартирой в укрепленном городе Тефрик на византийской границе. Именно туда, ко двору павликианского лидера Хрисохира в Тефрике, отправилось посольство Петра Сицилийского в 869–870 годах. Два года спустя Хрисохир был убит в бою с византийской армией, а Тефрик окончательно капитулировал в 877 году.
Однако это поражение павликиан еще не стало концом для них. Около 975 года они все еще доставляли достаточно неприятностей православной церкви в Византийской империи, чтобы она приняла решение о депортации большого количества павликиан из восточных провинций. Их послали на Балканы, где уже существовала старинная община павликиан, а Богомил начал распространять собственную ересь всего лишь несколько лет назад. Павликиане, почти несомненно, завещали богомилам свою веру в противоположность материального и духовного царства Бога Зла и Бога Добра. Более того, павликиане считали этот аспект своей системы верований главным фактором, отличавшим их от римско-католической и православной церкви. Они говорили Петру Сицилийскому:
"Мы говорим, что небесный отец - это истинный Бог, который не имеет власти в этом мире, но имеет власть в мире грядущем, и что есть другой Бог, который создал этот мир и наделен властью над ним. Римляне же верят в то, что небесный отец и творец этого мира - один и тот же Бог".
Доктрина о существовании двух противоположных богов четко отражает позицию богомилов и катаров. Они также разделяли с павликианами представления о космосе как о поле боя между добром и злом, где решается судьба человечества.
Однако в других отношениях сходство было гораздо менее явным. Хотя павликиане приписывали создание мира и всех материальных вещей Богу Зла, они не практиковали аскетизм в какой-либо форме, не являлись вегетарианцами и не придавали особенной ценности целомудрию и воздержанию. Они были, людьми насильственной природы, которые часто сражались и пользовались репутацией грозных воинов. В этом отношении мы можем считать их сообществом неофитов, называемых среди катаров credentes, или "верующие", которые могли сражаться, вступать в брак, заниматься любовью, есть и пить по своему желанию и в целом жить по законам этого мира. Кроме того, павликиане, судя по всему, не пользовались церемониями инициации и, таким образом, не имели категории адептов (или "совершенных"), как катары и богомилы.