В научном труде М. А. Дробова "Малая война. Партизанство и диверсии" отмечено, что в годы гражданской войны красная сторона имела "совершенно самостоятельные партизанские отряды нескольких типов с различными задачами и формами своих действий". Автор подразделяет их следующим образом: партизаны войскового типа и стихийные партизаны. Первые организовывались армией, которая "задействовала их в ближайшем тылу или на флангах войск противника для поддержки и обеспечения собственных фронтовых операций; армия снабжала партизан боевой техникой, оружием, взрывчатыми веществами, боеприпасами, деньгами и пр. Партизаны придерживались уставов и наставлений, имели войсковые организационно-штатные структуры типа: отделение, взвод, батальон, эскадрон, дивизион и т. п.". Вторые организовывались "вне армии и без ее помощи, самим населением или партией (нелегально). Повстанцы сами творили свою технику или с боем отбирали ее у врага. Они действовали всюду и имели свою особую организацию и тактику". При этом Дробов подчеркивает, что в период боевой деятельности отряды обоих типов могли взаимно дополнять действия друг друга или сливаться в одно целое, образуя единый фронт борьбы.
Общее руководство партизанской и разведывательно-диверсионной деятельностью осуществлялось Особым разведывательным отделением в контакте со специальными партийными органами:
1). Центральным бюро коммунистических организаций оккупированных областей при ЦК РКП(б), созданным в Москве 15 сентября 1918 года на совещании представителей партийных организаций Белоруссии, Украины, Польши, Латвии, Литвы, Эстонии и Финляндии под руководством Я. М. Свердлова. Центральное бюро было упразднено в январе 1919 года;
2). Донским бюро ЦК РКП(б), созданным в сентябре 1918 года в Курске для руководства подпольем и партизанским движением на Донбассе, Дону, Кубани, Северном Кавказе. В сентябре 1919 года по постановлению ЦК РКП(б) Донбюро было реорганизовано в выборный Донской комитет партии;
3). Сибирским бюро ЦК РКП(б), созданным в декабре 1918 года. В январе 1919 года в Вятке для координации действий подполья и партизан на Северном и Среднем Урале было организовано Северное отделение Сиббюро; в Уфе для руководства подпольем и партизанским движением на Южном Урале, в Сибири и частично на Дальнем Востоке создано Южное отделение Сиббюро. Некоторое время Северное отделение называлось "Особой комиссией Вятского губернского РВК"; Южное отделение - "Особой организацией" при политотделе Восточного фронта. 14 февраля 1919 года для руководства Северным отделением было образовано Северо-Уральское бюро РКП(б). В связи с отступлением советских армий Восточного фронта постановлением Оргбюро ЦК РКП(б) от 26 марта 1919 года деятельность Южного отделения была приостановлена, а члены Сибирского бюро - работники аппарата - направлены в армейские политуправления. Северное отделение продолжало функционировать, распространив свое влияние на Южный Урал, Сибирь и Северный Казахстан. В мае 1919 года работа Южного отделения и Сиббюро возобновилась. После освобождения Урала советскими войсками Северное отделение было упразднено. Основной задачей Сибирского бюро стало развертывание партизанского движения в Сибири. К концу 1919 года объем военно-боевой работы бюро значительно сократился. В марте 1920 года по указанию ЦК партии Сиббюро создало Дальбюро РКП(б) (летом оно было преобразовано в Дальневосточное бюро) для руководства партийной работой в Дальневосточной республике и партизанским движением в Приморье.
В 1921–1922 годах Сиббюро занималось вопросами оказания помощи дальневосточным партизанам, ведущим борьбу против белогвардейцев и интервентов. В 1924 году Сибирское бюро было упразднено;
4). Дальневосточным бюро ЦК РКП(б), созданным в августе 1920 года для руководства большевистскими организациями на территории Дальневосточной республики. Бюро было разделено на две группы: Верхнеудинскую и Владивостокскую. В мае 1921 года Дальбюро создало подпольный Приморский облревком, а в октябре издало директиву о возобновлении партизанской борьбы в Приморье. Осенью 1922 года после освобождения Дальнего Востока от белогвардейцев и интервентов Дальбюро образовало Дальревком, который позднее заменил Далькрайком РКП(б).
Точную цифру красных партизан, действовавших в годы гражданской войны в тылу белогвардейцев и интервентов, назвать, к сожалению, невозможно. В зависимости от множества факторов их количество то уменьшалось, то увеличивалось. Так, например, летом 1918 года на Украине против германских и австро-венгерских войск действовало до 200 тыс. человек, а к моменту изгнания оккупантов численность партизан выросла до 300 тыс. бойцов. Тогда как осенью 1919 года в тылу Деникина, на той же Украине и в Крыму, сражалось порядка 120 тыс. партизан.
Своими действиями красные партизаны наносили противнику значительный урон. К примеру, летом 1918 года несколько советских частей, окруженных в районе Оренбург - Уфа - Челябинск, объединились в сводный Уральский отряд и перешли к партизанским действиям в тылу белогвардейцев. В августе Уральский отряд под командованием В. К. Блюхера двинулся на соединение с Красной Армией по маршруту Белорецкий - Серменево - Узянский завод - Кагинский завод - Верхнее-Авзянопетровский завод - Петровское - Богоявленский завод - Табинск - Архангельское - Иглино - Красный Яр - Явгильдино - Аскин - Тюйно-Озерская. За время похода Уральский отряд, за счет присоединившихся частей и групп партизан, вырос в армию, насчитывающую 10,5 тыс. штыков и сабель. Партизаны с боями прошли 1,5 тыс. км, разгромив Стерлитамакский гарнизон и 7 полков белогвардейцев, в том числе чехословацкий полк и полк польских легионеров. В сентябре Уральская армия Блюхера, дезорганизовав тылы противника, в районе села Тюйно-Озерская соединились с передовыми частями 3-й советской армии Восточного фронта.
В 1918 году партизанское, или повстанческое, движение охватило значительные территории Украины и Белоруссии, занятые германскими и австро-венгерскими войсками. Крупнейшими событиями повстанческого движения на Украине летом 1918 года стало восстание в Киевской губернии в июне-июле и августовское восстание в Черниговской губернии, нанесшие сильный удар по устойчивости оккупационного режима. В частности, уже в первые дни восстания партизанам, которых насчитывалось до 15 тыс. человек, удалось блокировать и захватить важный центр коммуникаций противника - уездный город Звенигородку, где был захвачен в плен германский батальон. Против украинских партизан германским командованием были брошены значительные военные силы (до 35 тыс. штыков и сабель, при поддержке артиллерии, бронеавтомобилей и авиации).
В конце июля основным силам киевских повстанцев (около 6 тыс. человек) удалось прорвать кольцо неприятельского окружения и переправиться на левый берег Днепра в Переяславский уезд Полтавской губернии. Исходя из тактических соображений, партизаны разделились на несколько отрядов и с боями, продвигаясь в разных направлениях по территории Полтавской, Харьковской и Черниговской губерний, в конце августа - начале сентября 1918 года вышли на территорию РСФСР. В целом, общая численность партизанских отрядов в Киевской губернии составляла около 40 тыс. человек, имевших 12 орудий и 200 пулеметов.
В Белоруссии партизанские действия также приобрели широкий размах. По разработанному Северо-Западным обкомом РКП(б) в начале июня "Плану организации партизанских действий в тылу германских войск", вся территория Белоруссии была разделена на 12 зон - районов дислокации партизанских отрядов. В качестве основной задачи перед ними ставилось: нарушение коммуникаций противника, непрерывные и внезапные удары по нему, создающие обстановку, при которой "жизнь и пребывание германских войск в данном районе сделались бы в моральном и физическом отношениях невозможными". В результате, к осени 1918 года против немецкой армии в Белоруссии действовало уже до 100 партизанских отрядов. К примеру, в Полоцком уезде их насчитывалось до 13 тыс. человек. Также партизанское движение широко развернулось в Литве, Латвии, Эстонии и оккупированной немцами Псковской губернии.
Летом 1919 года красными партизанами Амурской области были созданы специальные диверсионные группы для нарушения водных и железнодорожных перевозок противника. В конце августа - начале сентября диверсанты провели операцию под названием "Капитальный ремонт Амурки" (так называли Амурскую железную дорогу). На железной дороге от ст. Ерофей Павлович до разъезда Ольгохта одновременно были выведены из строя многокилометровые участки железнодорожного полотна и разрушено 146 мостов. Много позже один из участников этой операции, И. Безродных, вспоминал: