Некоторые пограничные отряды почти целиком участвовали в борьбе против диверсантов в составе отдельных оперативно-разведывательных групп и нарядов численностью от 6 до 70 человек. Только в декабре 1939 года 26 таких групп, сформированных из личного состава 73-го Ребольского погранотряда НКВД, провели 37 боевых операций. А уже к концу войны этим погранотрядом было осуществлено 47 боевых операций, из которых 38 было произведено на территории противника. Одним из важнейших результатов боевой деятельности погранотряда, по мнению командующего опергруппой ребольского направления комдива Никишева, являлось то, что "не было ни одного случая безнаказанного прорыва противника через границу, и этим самым было предотвращено нападение банд противника на тыловые учреждения РККА в нашей пограничной полосе". Согласно нашим данным, финны в боях с отрядом понесли следующие потери: 70 убитых, 20 раненых и 2 пленных. Сам отряд потерял убитыми 9 человек, ранеными - 17 человек и пропавшими без вести - 1 человек.
В январе 1940 года для усиления охраны и обороны государственной границы было сформировано 111 взводов станковых пулеметов и 12 отдельных пограничных батальонов общей численностью 11631 человек. В короткий срок новые части были переброшены из центральной части СССР в пограничные отряды Мурманского и Карельского пограничных округов и распределены по заставам.
После появления на фронте добровольческих лыжных батальонов советское командование начало активно использовать отдельные подразделения этих частей для борьбы с маневренными отрядами финских диверсантов. Лыжник-доброволец 99-го батальона В. И. Удалов вспоминал об этом следующее:
"15 января наша 2-я рота получила первое боевое задание: очистить от финских лыжников несколько хуторов, расположенных в районе между Райволой (Рощино) и Териоками (Зеленогорск). С рассветом двумя колоннами двинулись к первому хутору, обходя его слева и справа. Почти сразу попали под ружейно-пулеметный и минометный огонь противника. Двое лыжников получили ранения и были на волокушах (специальные саночки) отправлены в тыл. Ведя ответный огонь и приближаясь к хутору короткими перебежками на лыжах, мы вынудили финнов поспешно отступить в лес. Несколько дней продолжался рейд нашей роты по заданному маршруту. Взаимодействуя с нами, активно вели наступление 1-я и 3-я роты батальона. Финны избегая открытых боев, оставляя хутор за хутором, отступали".
Кроме того, в частности, на Карельском перешейке на охране фронтовых коммуникаций были задействованы конные разъезды с приданными им легкими бронемашинами из состава нескольких кавалерийских дивизий, направленных на фронт. По свидетельствам бывших кавалеристов, под городом Териоки одним из разъездов в конном строю была атакована и уничтожена группа финских диверсантов.
Сотрудники особых отделов НКВД и приданные им воинские подразделения, также вели активную борьбу с финскими разведчиками и диверсантами. Большую помощь в выявлении вражеских групп оказывали местные жители, оставшиеся на финской территории, занятой Красной Армией. Так, в декабре 1939 года в полосе наступления 14-й армии жители деревни Пышка сообщили, что в ночное время на хуторе Песонена по световому сигналу из окна собираются неизвестные подозрительные лица. Несколько ночей армейские контрразведчики сидели в засадах на подходах к хутору, бесшумно задерживая лиц, направляющихся на хутор после светового сигнала оттуда. Задержанные оказались связниками, которые таким образом поддерживали связь между двумя разведывательно-диверсионными группами, действующими в тылу 14-й армии. Через задержанных связников контрразведчикам удалось выяснить местонахождение самих диверсантов и организовать их ликвидацию.
В начале февраля 1940 года сотрудники особых отделов и войска НКВД по охране тыла провели масштабную операцию с целью обезвреживания широкой сети разведывательной агентуры противника, находившейся в тылу советских войск. Все финское население, проживающее в прифронтовой полосе, было выселено в глубинные районы Советской Карелии. К примеру, из Суоярви эвакуировали 1768 человек. Стоит добавить, что выселению подлежало и советское гражданское население, живущее в 20–40 километровой полосе от государственной границы. Принятые меры привели к заметному улучшению оперативной обстановки.
Всего за время войны армейские контрразведчики только в полосе военных действий выявили и обезвредили свыше 40 агентов финской, английской и других разведок. И, кроме того, уже после окончания войны особистами было выявлено среди бывших советских военнопленных 74 агента, завербованных финской разведкой за период их пребывания в плену.
Необходимо также добавить, что с началом военных действий войсками НКВД было принято под охрану на Октябрьской, Кировской и Ленинградских железных дорогах 154 объекта (мосты, главные водокачки основного водоснабжения, тепловые электростанции и т. д.). Охрану и оборону объектов осуществляли пять полков 2-й дивизии НКВД по охране железных дорог. Им были приданы два легких бронепоезда и 12 мотоброневагонов. На бронепоездные подразделения возлагались задачи по охране железнодорожных участков, а также прикрытию головных станций снабжения, армейских складов и сопровождение воинских эшелонов. Были также усилены взводы управления связистами и созданы прожекторно-звуковые взводы. На железнодорожном мосту через реку Свирь установлено три счетверенных зенитно-пулеметных установки. Для охраны головных восстановительных эшелонов сформировано четыре оперативные группы в составе 257 человек.
В ходе войны личным составом внутренних войск было предотвращено 40 крушений поездов, обнаружено 3264 неисправности пути и задержано 103 нарушителя запретных зон. Ни один из охраняемых объектов не был выведен финнами из строя, что отразилось на бесперебойной работе магистралей.