Дунайская военная флотилия (командующий контр-адмирал Н.О. Абрамов) вместе с подчиненным дивизионом морской пограничной охраны насчитывала дивизион мониторов (5 мониторов), дивизион бронекатеров (22 катера), 4 катера "морской охотник", отряд катеров-тральщиков (7 катеров), отряд полуглиссеров (6 единиц), 1 минный заградитель, 1 штабной корабль, 1 плавмастерскую, 1 госпитальное судно, 2 колесных буксира, 36 различных катеров. В составе флотилии были пулеметная и стрелковая роты, 46-й зенитный артдивизион, 6 батарей, 14 истребителей 96-й авиаэскадрильи.
Полевое управление Южного фронта было сформировано из кадров, выделенных штабом Московского военного округа. Этот штаб оказался абсолютно незнаком с молдавским театром военных действий и с войсками. Начальник штаба Московского округа генерал-майор Г.Д. Шишенин был недоволен новым фронтовым назначением. Генерал И.В. Тюленев, став командующим Южным фронтом, считал назначение своим "понижением".
Иван Тюленев, бывший начальник разведотдела 1-й конной армии С.М. Буденного, выдвиженец К. Ворошилова в июне 1940 г., с введением в РККА генеральских званий стал одним из трех первых советских генералов армии, наряду с Г.К. Жуковым и К.А. Мерецковым. Само прибытие штаба на фронт и прием войск под новое командование неоправданно затянулись. Только 24 июня управление фронта прибыло в Винницу, где по указанию Ставки развернуло командный пункт. Но Винница была далеко от Прута, где проходил фронт, да и в курс дела штаб входил больше недели. Вот как об этом напишет И. Тюленев: "Вечером 24 июня специальным поездом я прибыл в Винницу. Изумлению моему и огорчению не было границ: командный пункт фронта оказался совершенно неподготовленным – ни одного телефонного и телеграфного аппарата, ни одной радиостанции".
Все это отрицательно сказалось на руководстве войсками – из-за неразберихи в советском командовании румынские войска сумели значительно расширить плацдарм в районе Скулян и до 30 июня захватить два новых плацдарма.
В первой директиве фронта (от 25 июня) значилось: "Оборонять госграницу с Румынией… и быть готовым к решительным наступательным действиям". Командующий фронтом И.В. Тюленев полагал, что немецко-румынское наступление начнется позже и на 100 км севернее начавшегося 1 июля наступления – на Могилев-Подольском направлении. К концу июня немецкие войска молниеносно продвинулись в глубь СССР. Ставка Главного командования отдала приказ на отвод советских войск на линию укрепленных районов вдоль старой государственной границы 1939 г. Генералу Тюленеву было приказано прикрыть отход Юго-Западного фронта и отвести правый фланг 18-й армии с границы в Каменец-Подольский укрепленный район, который упорно оборонять. Наступление немецко-румынских войск в Молдавии совпало с передислокацией советских войск, что усугубило неблагоприятное развитие событий.
Командование 18-й армии так же имело ряд недостатков, идентичных недостаткам командования фронта. Командование и штаб 18-й армии были сформированы накануне войны из штатов командования и штаба Харьковского военного округа. Командующий Харьковским округом генерал-лейтенант А.К. Смирнов, начальник штаба генерал-майор В.Я. Колпакчи, начальник авиации округа генерал-майор С.К. Горюнов заняли в новой 18-й армии аналогичные должности и к началу войны не успели войти в курс дел новой армии.
29 июня 1941 г. Гитлер в письме к румынскому командованию обратился с требованием форсировать Прут и начать наступление восточнее от Ботошан, направляя главный удар в северо-восточном направлении. До 1 июля боевые операции в районе реки Прут носили локальный характер. Румынским войскам отводилась скромная роль: защита нефтяных районов от налетов советской авиации, создание плацдармовых укреплений на восточном берегу Прута, а по мере продвижения немецких войск – организация преследования и уничтожение отступающих советских частей в междуречье Прута и Днестра. Формально все войска, находившиеся на территории Румынии, подчинялись румынскому диктатору И. Антонеску. Фактически же планированием их боевых действий занимался командующий 11-й армией генерал-полковник Риттер фон Шоберт, которому И. Антонеску поручил разработку "всех директив и приказов, касающихся совместного ведения войны".
Противник начал переправу на восточный берег реки Прут в районах Стефанешти, Скулян, Валя-Мааре. Наступление велось силами 7 немецких дивизий и 22 румынских дивизий и бригад. Основной удар осуществлялся силами 11-й немецкой армии и румынского кавалерийского корпуса на Могилев-Подольский, 1-й румынской бронетанковой дивизией. 198-я пехотная дивизия из района Скулян начала развивать наступление в направлении Чоропкани. Командующий немецкой группой армий "Юг" генерал-фельдмаршал Г. фон Рундштедт 24 июня отдал приказ командующему 11-й армией вермахта (командующий – генерал Р. фон Шоберт) готовиться к операции "Мюнхен". Операция "Мюнхен" предполагала молниеносный удар в направлении от Скулян на Кишинев – Тирасполь – Николаев и Винницу, при поддержке сил 4-го германского воздушного корпуса и 1-й румынской бронетанковой дивизии. Впоследствии 11-я армия во взаимодействии с 17-й армией должна была окружить и уничтожить основные силы Южного и левого крыла Юго-Западного фронта. Операция планировалась на случай удержания советскими войсками рубежа вдоль Прута и возникновения необходимости прорыва обороны.
4-й румынской армии (командующий – генерал Н. Чуперкэ; состав – 5, 3 и 11-й корпуса), остававшейся в подчинении румынского командования, при поддержке румынской воздушной группировки (GAL), ставилась задача: наступать на южном направлении по линии Измаил – Болград– Белгород-Днестровский – Одесса, сковав советские войска южнее полосы главного удара немецко-румынских войск. В дельте Дуная был расположен 2-й румынский корпус под командованием генерал-майора Н. Мачича. На 22 июня 1941 г. общее количество румынских солдат на первой линии наступления насчитывало около 326 тыс. бойцов.
Наступательная сила румынских Королевских ВВС была сконцентрирована в Боевой авиационной группе (GAL), которая насчитывала в боевом состоянии 205 самолетов. Их целью было достичь превосходства в воздухе над Бессарабией и Северной Буковиной и затем поддерживать наступление румынской 4-й армии. Авиационная группа состояла из четырех бомбардировочных групп (1, 2, 4 и 5-я) и двух независимых бомбардировочных эскадрилий (82-й и 18-й), трех истребительных групп (5, 7 и 8-й), четырех эскадрилий наблюдателей (11, 12, 13 и 14-й), одной эскадрильи дальней разведки (1-я). 3-я и 4-я румынские армии имели своих собственных наблюдателей, легкие бомбардировщики и связные эскадрильи: 3-я и 5-я эскадрильи были определены к 3-й армии и четыре эскадрильи к 4-й. Одна эскадрилья наблюдателей (15-я) была прикреплена к бронетанковой дивизии. За пределами линии фронта территория Румынии была разделена между 2-м авиационным районом: две истребительные группы (3-я и 4-я) и одна эскадрилья связи (112-я) – и 3-м авиационным районом (6-я истребительная группа и 113-я эскадрилья связи). В Добрудже базировались две эскадрильи гидросамолетов (101-я и 102-я), одна эскадрилья наблюдателей (16-я) и одна истребительная эскадрилья (53-я). Силы люфтваффе в Румынии в целом насчитывали 420 самолетов.
2 июля войска 11-й немецкой и 3-й румынской армий нанесли удар по правофланговым соединениям 9-й армии в направлении на Бельцы. 4 июля прорыв был углублен до 40 км, 5 июля румынские войска заняли Черновцы. 9-я армия пыталась контрударом 2-го мехкорпуса совместно с 74-й стрелковой дивизией остановить и уничтожить вражескую группировку, наступавшую на Бельцы, но безуспешно.
Фронтовая разведсводка убеждала советское командование, что противник нанесет удар из района Стефанешти, где якобы сосредоточились главные силы противника в составе 10 дивизий и 900 танков. Но там находилось лишь пять пехотных дивизий и пять бригад с 60 танками. Исходя из этих данных наиболее сильная и глубоко эшелонированная группировка советских войск создана на Каменец-Подольском направлении в полосе 18-й армии (шесть стрелковых дивизий и механизированный корпус). А вот на правом фланге 9-й армии осталось лишь две стрелковые дивизии. Именно против них противник направил шесть пехотных дивизий и две кавалерийские бригады. В составе главной ударной группировки из района Ясс наступали две немецкие и две румынские дивизии, в стык между 30-й стрелковой и 95-й стрелковой дивизиями. В полосе обороны 176-й стрелковой дивизии атаковали две немецкие пехотные дивизии и две румынские кавбригады. На узких участках прорыва на фронт одного советского полка наступали две пехотные дивизии и кавбригада. Советская оборона на реке Прут была прорвана на глубину 8–10 км. Главный удар наносили 54-й и 30-й армейские корпуса в направлении Яссы – Бельцы, а второй удар –11-й немецкий и румынский кавалерийский корпуса из района Стефанешти на Могилев-Подольский. В дальнейшем обе группировки должны были действовать в общем направлении на Винницу для соединения с 17-й армией, наступавшей из района Львова. 3-я румынская армия, переданная в подчинение командующего 11-й армией, обеспечивала развертывание и фланги наступательных группировок.