Современно учреждению Туркестанского генерал-губернаторства, шли переговоры между эмиром и оренбургским генерал-губернатором о заключении мирного трактата, который, в общих чертах, удостоился Высочайшего одобрения и так как политическое полномочие на право ведения войны и заключения мира было передано новому начальнику туркестанского края, то трактат этот предоставлено было подписать генералу Крыжановскому, но только по совместном обсуждении и соглашении с генералом фон-Кауфманом. Проектированный трактат состоял из десяти статей, но генерал фон-Кауфман счел необходимым включить еще две: о свободном допуске во все города Бухарии и покровительстве русским торговым людям, а также о порядке будущих сношений эмира исключительно только с туркестанским генерал-губернатором. Кроме того, право приобретения русскими подданными недвижимых имуществ в Бухарии было оговорено необходимостью иметь для этого разрешение от туркестанского генерал-губернатора. Наконец, по вопросу о границах, генерал фон-Кауфман счел возможным, и даже необходимым, уступить бухарцам только что взятую у них крепость Яны-Курган, расположенную по ту сторону Нуратынских гор, в 7 верстах впереди выхода из Джизакского ущелья. Нисколько не обеспечивая Джизак водою, крепость эта, выступающим из линии положением своим, как бы вызывала эмира на борьбу. Так как эмир прямо объявил нашим властям в Джизаке и повторял это в письмах к Крыжановскому, что он до тех пор не распустит войска, пока мы не очистим Яны-Кургана, то, не желая подавать повода к столкновениям и в видах упрочить давно желанный мир, генерал фон-Кауфман решился на эту уступку тем охотнее, что в письмах к эмиру, он обусловил эту уступку подписанием и исполнением со стороны эмира, заключенного нами договора, и потому отступление наше не могло бы быть истолковано как признак нашей слабости. Перечисленные выше изменения были приняты генералом Крыжановским и, подписанный им 14 сентября 1867 г., трактат был вручен Бухарскому послу. В статье 1-й устанавливалась новая граница Российской империи с Бухарою по хребту Кашгар-давану, со включением ущелья Джилан-уты, далее по Нуратынским горам до песков Кизыл-кум, оттуда к горам Букан-тау и наконец к устью Сырь-дарьи. В статье 2-й договаривающиеся стороны предоставляли себе право командировать доверенных лиц для точнейшего определения границ на месте; статья 3-я обязывала обе стороны принимать все меры для взаимного обеспечения против самовольных вторжений и набегов пограничных беков, шаек грабителей и т. п. статьею 4-ю подданным обеих договаривающихся сторон разрешался свободный пропуск во все города России и Бухарии; статья 5-я обязывала эмира уравнять наших подданных в платеже караванных и других сборов с подданными ханства; статья 6-я определяла право Русских подданных заводить, где пожелают, караван-сараи, ни для кого неприкосновенные; статья 7-я обязывала эмира допускать русских караван-башей во всех городах, где это признается нужным; статья 8-я касалась права русских подданных селиться и приобретать недвижимые имущества в бухарских владениях, с разрешения туркестанского генерал-губернатора; статьею 9-ю требовалось, чтобы суд и расправа над русскими подданными, совершившими преступления в Бухаре, принадлежали не бухарским властям, а туркестанскому генерал-губернатору; статья 10-я обязывала эмира принять меры к обеспечению русских караванов от разбойнических нападений; статья 11-я определяла порядок будущих сношений, письменных и личных между договаривающимися сторонами; статья 12-я заключительная, касалась обоюдного обязательства хранить свято и ненарушимо подписанный трактат.
Тому же послу генерал фон-Кауфман вручил письмо к эмиру, которого уведомлял о своем назначении и о желании поддерживать мирные отношения с соседями, но при этом счел необходимым прибавить следующее: "война противна моему Государю, но она, по воле Его, неизбежна, если соседи не соблюдают святости договоров и неприкосновенности границ и несправедливо поступают с Его подданными. Недавнее прошлое да послужит тому примером и да удержит оно каждого от вражды с Россиею". Вместе с письмом, послу была вручена копия с Высочайше дарованного генерал-адъютанту фон- Кауфману (в 17 день июля 1867 г.) полномочия: к решению всяких политических, пограничных и торговых дел, к отправлению в соседния владения доверенных лиц и к подписанию трактатов. Так как посол отправился в сентябре, то можно было рассчитывать, что ответ эмира поспеет в Ташкент к концу октября; в этом смысле было и писано эмиру. На деле это однакоже не оправдалось. Прибыв в Ташкент 7 ноября, генерал фон-Кауфман не нашел там бухарского посла, а между тем, с передовой линии были получаемы тревожные известия о наводнении окрестностей шайками разбойников, организованными пограничными беками. В начале сентября одною из таких шаек были захвачены артиллерии поручик Служенко и три солдата, отделившиеся от оказии на пути из Чиназа к Джизаку. Офицер этот, разными истязаниями и угрозами смерти, вынужден был принять мусульманство и обучать войска эмира. В декабре 1867 года прибыл наконец, бухарский посол с письмом эмира, в котором, между прочим, было написано: "посланные, с поверенным мирахуром Мусабеком, условия получены; предложения, ему высказанные, доставлены. Все эти предложения соответствуют дружбе. Посылаю вышеназванного (Мусабека) с надеждою, что он доставит ответ; посылаю также и условия". Условий однако же никаких доставлено не было. Приписывая это обстоятельство какому-нибудь недоразумению, генерал губернатор написал эмиру новое письмо, от 19 декабря, и просил ратификовать мирные условия, а поручика Служенко и трех солдат выдать немедленно. Однакоже с первого слова переговоров с послом, видно было, что эмир далеко не так чистосердечно желает мира, как того, казалось, требовали бы его собственные интересы; очевидно было, что бухарцы нарочно затягивают дело, точно с намерением выиграть время для более успешной борьбы с нами. Посол не высказывал никаких желаний, не возражал ни на какие требования и соглашался со всем, что ему ни говорили; но во всех его словах просвечивалось то пассивное противодействие, о которое могли разбиться самые лучшие намерения. Не смотря на полную свободу, предоставленную послу в его сношениях, он предпочитал посылать своих курьеров тайно, выбирая для этого темные ночи. 2 марта 1868 года получено было письмо от Кушбеги, извещавшего об освобождении Служенко и его товарищей по несчастию. Что касается до мирных условий, то о них был дан уклончивый и темный ответ, нисколько не разяснивший положения дел и наших отношений. Желая во чтобы то ни стало, поддержать мир с соседями и сделав уже распоряжение об отъезде своем в С.-Петербург, генерал-губернатор отпустил посла, надеясь, что, под влиянием примера коканского хана, заключившего уже с нами торговый трактат, он доведет до конца свою миссию. В письме к эмиру, пришлось разъяснить ему порядок и значение обмена, утвержденных подписями и печатями трактатов, потому что все предъидущие действия эмира ясно доказывали, что он совершенно не знаком даже с первыми приемами общепринятых международных сношений.
С отъездом посла, положение дел не только не улучшилось, но на всей нашей границе с Бухарою появились еще более многочисленные шайки, грабившие наших подданных. Для прекращения разбоев отправлены были на передовую линию, шесть сотен казаков, а эмир был извещен о действительных причинах такой меры и предупрежден, что вдоль северного склона Нуратынских гор, то есть, вдоль наших границ и по нашей земле, пройдет отряд от Джизака до Ухума, для введения между новыми нашими поддаными должного порядка и нашего управления. Отряд имел кроме того целью выбор пункта для предполагавшегося укрепления. В Ухумском ущельи отряд наш был однакоже остановлен войсками катты-курганского и чилекского беков, которых и разбил, но не последовал на южный склон хребта и следовательно, не перешел границы.
Даже и это нападение не было поставлено в вину эмиру бухарскому, а приписано самоволию пограничных беков. На политику генерал-губернатора имело влияние, конечно, желание довершить в мире гражданскую реформу а также - намерение отравиться в Петербург, где оставалось его семейство. Отъезд этот назначен был 9 апреля.
Накануне этого числа получены были известия о провозглашении, вследствие интриг бухарского духовенства, священной войны газата - против русских, а также о сосредоточении бухарских войск у крепости Кермине и намерении начать военные действия тотчас после отъезда генерал-губернатора. Донесения лазутчиков о сношениях эмира с правителями Кашгара, Кокана, Авганистана и Хивы, с целью составления огромной мусульманской коалиции, сделали ясным - почему, в течении семи месяцев, эмир уклонялся от ратификации трактата и старался затянуть переговоры. Генерал-губернатор отложил свой отъезд, тем с большею решимостью, что экстренные донесения с Нарына и с передовой линии ясно указывали на связь, существовавшую между приготовлениями бухарского эмира и движением войск в Алтышаре, отразившемся беспорядками в кочевьях дикокаменных киргиз.