Вторая, по-видимому, строилась в камне еще при Дмитрии Донском.
В том же квартале, что и дворец, расположены подворье Александровой слободы, дом-представительство грузинского царевича Вахтанга Багратиона, Литовское подворье XIV века — самый ранний из известных в настоящее время памятников гражданского зодчества в Москве, Аптекарский двор царя Алексея Михайловича и многие другие памятники.
Однако Афанасий Щекатов в своем изданном в первые годы XIX века «Словаре географическом Российской империи» приводит иные сведения. Не называя источников, он утверждает, что Благовещенская церковь была здесь сооружена по указу великого князя Василия III в честь рождения сына — будущего Ивана Грозного и освящена в честь Николы с приделом Сергия Радонежского, попечениям которого особо поручалась судьба долгожданного великокняжеского наследника. Стоит вспомнить, что обряд крещения младенца Ивана Васильевича, совершавшийся в Троице-Сергиевой лавре, сопровождался тем, что новорожденный был положен в раку святителя, обок его мощей. Если А. Щекатов прав, очевидно, играло Ваганьково в великокняжеском обиходе немалую роль. Ведь другая такая благодарственная церковь была возведена в Коломенском. Правда, стал тогда именоваться нынешний Ваганьковский переулок не Никольским, а Благовещенским. Только называли его еще и Воздвиженским — по соседнему монастырю, и Шуйским — по находившемуся напротив Опричного двора двору боярина князя Ивана Ивановича Шуйского. Эта смена названий говорила о стремительно переворачивавшихся страницах истории.
Ни один уголок старой Москвы так не связан со Смутным временем, как Арбат и его окрестности. Иван Шуйский, один из братьев царя Василия Шуйского, народом выбранного, народом и отрешенного от власти. Это они — три брата Шуйских, Василий, Дмитрий и Иван, по прозвищу Пуговка, — приветствовали приход Самозванца, иначе — Лжедмитрия I. Они готовились к торжественной встрече, а на десятый день после прихода в Москву нового самодержца были тем же Лжедмитрием осуждены и начали борьбу против него.
Борьба закончилась убийством Самозванца, уже после его торжественного венчания на царство в Успенском соборе, и избранием на престол Василия Шуйского. Только ничем полезным не отметил своего правления царь Василий. Ни одной победы не одержал поставленный им во главе армии брат Дмитрий. Зато завидовать и ненавидеть умели оба.
По убеждению современников, оба они причастны к гибели талантливого полководца, младшего их родственника Михайлы Скопина-Шуйского, готовившего поход против польского короля Сигизмунда III. Скопин неожиданно для всех в одночасье умер, вернувшись с пира у князя Дмитрия Ивановича и его супруги Катерины Григорьевны, дочери знаменитого своими зверствами Малюты Скуратова. И ворвавшийся к царю во главе разъяренной толпы Захар Ляпунов бросит в лицо Василию Шуйскому: «Долго ли за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление: сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе промыслим».
Шуйский согласия не давал, медлил, придумывал увертки, пока не пришло решение собравшегося в Замоскворечье — так велик был сход москвичей, что не хватило на Красной площади места, — народа. Русскому выбранному царю бояре предпочли польского королевича Владислава. Но начало и конец недолгого царствования Шуйского тоже связаны с Ваганьковом.
«На Ваганьковом переуле», у Государева двора, стал во главе отряда ополчения в мае 1608 года дворянин и воевода Валуев. Он же, когда восстала Москва против Лжедмитрия, вместе с московским дворянином Воейковым убили Самозванца.