3 декабря 1564 года Иван Грозный со своей второй женой царицей Марьей Темрюковной, «из черкасских девиц», царевичами, боярами, дворянами с семьями, вооруженной стражей, захватив всю казну и дворцовую святыню, выехал сначала в Коломенское, откуда тронулся в путь по различным монастырям. Путешествие закончилось в Александровой слободе (ныне — город Александров Владимирской области). Оттуда в Москву пришли две грамоты. Первая, адресованная митрополиту Афанасию, перечисляла вины боярства перед царем, начиная с раннего его детства, и заканчивалась заявлением, что царь оставляет свое государство и уезжает «поселиться, где Бог ему укажет». Вторая была обращена к москвичам, в отношении которых Иван Васильевич заявлял, что «гнева не имеет».
В возникшей сумятице и бояре, и простые москвичи одинаково просили царя вернуться с тем, что изменников он волен казнить как ему заблагорассудится. Это было условие, которого Иван и добивался. Когда в начале февраля 1565 года царь возвратился в Москву, он еще раз подтвердил свои данные ему народом полномочия и принялся за реформы, перевернувшие и всю страну, и тем более Москву. Из государства и города Грозный выделяет себе часть, которую называет опричниной. В опричнину была отделена часть бояр, дворян, служилых и приказных людей. Весь царский «обиход» стал особым: последовало назначение нового штата, во дворцах Сытном, Хлебенном и Кормовом — особый штат ключников, поваров, псарей, набраны особые отряды стрельцов. На содержание опричнины назначены двадцать городов с соответствующими волостями. В самой Москве в опричнину ушли улица Чертольская (ныне Пречистенка), Арбат, Сивцев Вражек, часть Большой Никитской и некоторые другие. Прежние жители были переселены на другие улицы.
В опричнину было набрано около тысячи князей, дворян и детей боярских. Рекруты должны были отличаться удалью. Им ставилось условием отречься от семьи, отца-матери, служить только и исключительно государю. Внешним их отличием служили прикрепленные к седлам собачьи головы и метлы как символ того, что они грызут и выметают всех изменников царю.
При этом все остальное государство и часть Москвы составляли «земщину» и подчинялись Боярской думе во главе с князем Иваном Дмитриевичем Вельским и князем Иваном Федоровичем Милославским. За свою былую поездку в Александрову слободу царь взыскал с Земщины неслыханную сумму в сто тысяч рублей.
Александровская слобода стала второй столицей Московского государства. Грозный вскоре переехал туда со своими опричниками. Слобода была превращена в укрепленный город, где существовал род монастыря. Царь отобрал около трехсот самых лихих и доверенных опричников — «братии», себя определил их игуменом, князя Вяземского — келарем, Малюту Скуратова — параклисиархом. Вместе с Малютой Грозный поднимался на колокольню звонить, отстаивал все службы, что не мешало ему широко пировать и вести постоянные розыски изменников с допросами, жесточайшими пытками и непременными смертными казнями. Имущество казненных и сосланных отбиралось «на государя» и раздавалось опричникам, число которых быстро возросло до 6 тысяч.
В самом начале Арбата-Воздвиженки сооружается Опричный двор (между Моховой, Воздвиженкой, Большой Никитской и Романовым переулком). Строительство его велось с 1565 по 1567 год. Прямоугольный в плане Опричный двор был окружен стеной. С юга, востока и севера он имел ворота. Внутри находились два дворцовых здания, соединенных крытым переходом. Снаружи, у внешней стены, располагались опричные приказы. В 1571 году, во время нашествия крымского хана Девлет-Гирея, двор сгорел, но был отстроен.