И что же "топорного" в сравнении результатов логарифмического и линейного методов? Они приведены и сравнены выше, совпадение практически полное. Что здесь "математически необосновано"? И это говорит человек, который столько статей заполнил мусором в отношении расчетов, который датировку для субклада R1a-M458 вместо правильных 4200±350 лет назад (http://pereformat.ru/2015/03/veneti-2/) или 4500±800 лет назад (данные YFull, http://www.yfull.com/tree/R1a/), опубликовал как 10712±3914 лет назад – кстати, обратите внимание на бессмысленную точность "возраста" субклада при огромной погрешности, и это – окончательная датировка, которая пошла в статью. Ну, не лаборант ли он по стилю и по духу?
Математическое обоснование сопоставления логарифмического и линейного методов расчета я давал в научной печати много раз. Любая реакция в химических или биологических системах, описываемая константой скорости первого порядка, есть "обычные молекулярные часы", поскольку связана с хронологией процесса на молекулярном уровне. Динамика любого такого процесса связана с временем согласно формуле с = сое где со – исходное состояние системы (например, начальное количество или концентрация изучаемого вещества; количество гаплотипов Y-хромосомы в изучаемой выборке, и т. д.), с – состояние системы в определенный момент времени t (где t – время прошедшее с начала реакции, t-to), или количество базовых, то есть исходных гаплотипов в изучаемой выборке в настоящее время, спустя время t, прошедшее со времени жизни общего предка изучаемой серии гаплотипов), к – константа скорости реакции (мутаций, в данном случае). Эту же формулу можно переписать в виде ln(co/c) = kt, и она становится выражением логарифмического метода анализа выборок гаплотипов в ДНК-генеалогии. Берем, скажем, сто или тысячу гаплотипов, или любое другое их число, делим на число базовых (то есть одинаковых, идентичных друг другу гаплотипов, суть предковых гаплотипов, которые не успели мутировать за время t, прошедшее со времени жизни общего предка), берем натуральный логарифм (ln), и получаем произведение kt, то есть константу скорости мутации, помноженную на число лет, прошедшее со времени жизни общего предка, или на число условных поколений, опять же прошедших после общего предка – в зависимости от того, выражали константу скорости в годах, или в поколениях.
Иначе говоря, и линейный, и логарифмический метод определяют время, прошедшее со времени жизни общего предка анализируемой выборки гаплотипов. Но Балановский даже простую математику не воспринимает, или просто прикидывается. Задача его ясна – "ниспровержение" любой ценой. Даже "ниспровержение" абсурдное, показывающая его собственную некомпетентность.
Продолжаем цитировать откровения Балановского: Подход (сравнение результатов логарифмического и линейного методов)… пользы от него немного. Он показывает, в каких случаях можно применять логарифмическую формулу. Но применять ее незачем. Валерий уже описывал подробно, что эта формула ничем не лучше стандартной "линейной".
Опять патологическое невосприятие науки Балановским. Сравнение результатов логарифмического и линейного методов показывает не только, "в каких случаях можно применять логарифмическую формулу". Он совершенно симметрично показывает, в каких случаях можно применять линейный метод. Как рассказывалось выше, если результаты линейного и логарифмического метода заметно различаются, то кинетика накопления мутаций в выборке не подчиняется закономерностям первого порядка, и выборка гаплотипов "кривая". У нее несколько общих предков, и расчет в предположении только одного ведет к принципиально неверным результатам. Поэтому то, что "Валерий" Запорожченко, тоже малограмотный попгенетик, "описывал подробно, что (логарифмическая) формула ничем не лучше стандартной "линейной", тоже указывает на его фундаментальное непонимание азов анализа мутаций в гаплотипах. Логарифмический подход не может расматриваться в терминах "лучше" или "хуже" линейного, они друг друга дополняют, и должны применяться вместе там, где это возможно, или где нужно проверить, происходит ли выборка от одного общего предка. Есть много разных ситуаций – много гаплотипов в выборке или мало, протяженные гаплотипы или короткие, древний общий предок или относительно недавний, и для каждой ситуации тот или иной метод является более или менее предпочтительным. Поэтому "применять ее (логарифмическую формулу) незачем" – это опять вопиющая безграмотность Балановского и Запорожченко, непонимание ими азов расчетного аппарата ДНК-генеалогии, ревность середнячков в науке по отношению к тем, кто знают и понимают больше них. Ущербность, одним словом. Не должен настолько безграмотный Балановский работать в академической системе, и, надеюсь, это будет услышано теми, кто "принимают решения".
Продолжаем, опять Балановский, и опять про логарифмический метод, описывая, как рассчитать время до общего предка: "Расчет числа мутаций от условно реконструированного предкового гаплотипа – например, ASD-статистика (БендирЬа et al, 2006), суда же относится и логарифмический метод Кле-сова".
Опять Балановский ничего не понял. Нет в логарифмическом методе "расчета числа мутаций", там мутации вообще не считаются, и тем более от "реконструированного предкового гаплотипа". Ничего "реконструированного" в логарифмическом методе нет, там базовый гаплотип наблюдается напрямую, и число его повторов вносится в логарифмическую формулу. Не странно ли, что Балановский, не имея понятия, о чем говорит, все время ударяет лицом в грязь? Неужели ему не надоело и не совестно? Хотя опыт показывает, что нет, не надоело и совсем не совестно.
В дискуссию опять вступает некий "Alex", который опять сомневается в логарифмическом методе расчетов, в частности, в использовании понятия "число поколений" – "Какой же смысл имеет это число поколений, если базовый гаплотип – не настоящий предковый". Ну, "Алексу" простительно, он время от времени сообщает, что не разбирается ни в генетике, ни в ДНК-генеалогии. Правда, зачем-то комментирует. На самом деле в логарифмическом методе базовый гаплотип – это именно предковый. В примерах выше мы приводили реальные данные – в одной выборке гаплотипов было 249 базовых гаплотипов, в другой – 114, в третьей – 88 базовых гаплотипов. Это те гаплотипы, которые были идентичны друг другу в выборке. Чем ближе общий предок выборки жил к нашему времени, тем больше пропорция базовых гаплотипов в выборке. Никакой "реконструкции" базовых гаплотипов там не требуется, они – непосредственно предковые.
Слово получает Валерий Запорожченко, попгенетик, ученой степени нет: "логарифмический способ нам показывает дистанцию между КАКИМ-ТО гаплотипом в выборке, и всеми прочими гаплотипами в ней". Я, признаться, не знаю, как можно так исказить смысл логарифмического метода. Еще раз – в выборке находится серия базовых гаплотипов, это те, которые в выборке повторяются несколько или много раз, и это число подставляется в логарифмическую формулу, приведенную выше. Примеры расчетов даны выше. Как можно при этом писать, что "логарифмический способ нам показывает дистанцию между КАКИМ-ТО гаплотипом в выборке, и всеми прочими гаплотипами в ней"? Не "какой-то" гаплотип, а тот, который в данном случае повторяется, в рассмотренном выше примере, 249 раз.
Еще комментарий, каким-то участником "без лица", что "в логарифмическом методе идет "простое вымывание базового гаплотипа"
Я прокомментировал: это относится к любому процессу в химии или биохимии, там или "простое вымывание" исходного материала, или "простое накопление" продукта. В радиохимии идет "простое вымывание" исходного изотопа. А когда есть смесь изотопов, то идет "простое вымывание" их всех, одних быстрее других, других медленнее. Мудро. Осталось только кинетику процесса посчитать. Да на вклад отдельных изотопов (или гаплотипов) разделить. Да поправку на возвратные мутации (в гаплотипах) внести. Да решить, какие маркеры для расчетов использовать. Да константы скоростей мутации откалибровать по генеалогиям и историческим событиям. То-то попгенетики уже 20 лет с этим "простым вымыванием" справиться не могут.
Уже на склоне "дискуссии" некто Сергей воскликнул: "Клёсову по существу кто-нибудь будет возражать содержательно? Возьмём его логарифмическую формулу, что в ней неправильно?". Ответа ни от кого не последовало.
Alexei Kassian – лингвист, "подписант" письма 24-х: "для Клесова генеалогия МакДональдов – это и есть основная калибровочная шкала, по которой он выкручивает свою логарифмическую формулу".
На это я и отвечать не стал. Касьян и понятия не имеет, о чем пишет. И при таком "понятии" он подписывает коллективное письмо против ДНК-генеалогии. Про ДНК-генеалогию МакДоналдов я расскажу при ответе на следующий вопрос.