Как часто бывает, люди безграмотные, типа Балановского или "Алекса", генерируют общий негативный шум, причем совершенно неконструктивный. Никто из них не сообщил, как надо рассчитывать, и почему логарифмический метод "неоптимальный". Что такое вообще "оптимальный"? Может, Балановский сообщит, даст пример "оптимального"? Понятно, что нет, он в подобных расчетах совершенно тёмный человек. Но ужас как хочется "критиковать", "подвергать сомнению", авось, кто нибудь, столь же темный, клюнет. Нет ничего более далекого от науки, хотя Балановский к науке имеет совершенно косвенное отношение. Это, скорее, лаборант от науки, как и Е. Балановская. Никакой научной критики от них никогда не было, были только общие инсинуации, к науке не имеющие отношения. Например, Е. Балановская с трибуны той же ноябрьской конференции в РАН оповестила: "Клёсов эксплуатирует собранную генетиками информацию, обрабатывает её неизвестными методами и получает красивые результаты на потребу публике". Так все-таки неизвестными методами, или "известными в популяционной генетике"? Мать и дитя Балановские уже настолько изолгались, что сами себе противоречат. Если действительно "неизвестными методами", и попгенетики настолько беспомощны в корректной и информативной обработке собранных ими гаплотипов, то надо заменить их некомпетентность и неумение на полученные корректными методами "красивые результаты", тут Балановская не ошиблась. А что до "неизвестных методов", то учиться надо. И придется учиться, деваться просто некуда. А уж "на потребу публике" – это ложь Балановской от беспомощности и отчаяния, от своей некомпетентности. Красивые результаты – это правильные результаты, что еще физики давно подметили.
Почему попгенетики переполошились в отношении логарифмического метода датировок общих предков выборок гаплотипов?
Забавно наблюдать переполох в стане попгенетиков, который (переполох) у них вызвал логарифмический метод. Давате рассмотрим причины этого явления, но так, чтобы это продвинуло наши знания. Характерно, что попгенетики своей "критикой" знания не продвигают, у них обычно голый и непродуктивный негативизм. Мы уже отметили выше безграмотные и неконструктивные высказывания Балановского, что логарифмический метод, по его мнению, "неоптимальный", и некого "Алекса", что этот метод ничего не дает, поскольку он, как и все остальные, определяется "временем и скоростью мутирования", а, значит, ничего нового. Опять безграмотность зашкаливает. По этой логике, любые методы и расчетный аппарат химической кинетики ничего нового не дают, поскольку все они определяются временем и скоростями реакций. Представляете "глубину" вот такого высказывания? И генетика по этой логике ничего не дает, там вообще всего четырьмя нуклеотидами все определяется. Узнал, какими, и вся генетика уже как на ладони, ничего нового. И вот так, такими "специалистами", проводилась вся дискусия на "Троицком варианте".
Вопрос – откуда такое нестерпимое желание дискредитировать новые методы и их авторов? Ведь действительно забавно это наблюдать.
Прежде чем ответить на этот вопрос, рассмотрим, в чем состоит новизна и полезность логарифмического метода при анализе скоростей мутаций и расчетов времен жизни до общего предка выборок гаплотипов. Сразу скажем, что ничего подобного в попгенетике не было. Никто логарифмические методы в расчетах до последнего времени, до моих публикаций в 2009 году, не применял. Так что вопрос о новизне в применении к мутациям в гаплотипах решается просто и однозначно.
Теперь посмотрим, откуда этот метод появился. По сути, это хорошо известный подход в химической кинетике, описывающий кинетику первого порядка, правда, мутации в гаплотипах привнесли некоторые особенности. Никто не делает в химкинетике поправки на возвратные мутации, потому что процессы, описываемые кинетикой первого порядка, обычно являются необратимыми процессами, и описываются константой скорости первого порядка, в том числе и тогда, когда включают элементы обратимости. Просто в последнем случае реакция доходит не до конца, по типу A → B, а до некоего равновесного процесса, при котором в системе "уравновешиваются" остатки химического соединения А и продукта его превращения В. Задачи обычно состоят в расчете константы скорости первого порядка, либо "элементарной", либо "кажущейся".
В ДНК-генеалогии ставится другая задача, а именно исходя из картины мутаций в серии гаплотипов, найти время, когда жил общий предок этой серии гаплотипов, которую имеют потомки. Там есть возвратные мутации, искажающие картину, и занижающие время до общего предка, поэтому там надо не рассчитать константу скорости мутации, она уже известна из других опытов, а найти время до общего предка, скорректированное на обратные мутации, причем корректировка зависит от того, когда жил общий предок выборки. Наверняка можно придумать аналогичную систему и в химической кинетике, но так вопрос обычно не ставится.
Тогда почему такая возня со стороны попгенетиков, с выраженным желанием отрицать значимость метода? Метод же очень удобный, для больших серий гаплотипов (где подсчет мутаций наиболее трудоемкий) задача решается буквально за минуту-две, вместо многих часов, а то и дней, на подсчеты тысяч мутаций, и что важно, он дает новый критерий однородности системы гаплотипов и, следовательно, корректности расчетов времени жизни общего предка. Предствляете, сколько нужно времени для подсчета числа мутаций в серии из 3466 гаплотипов в 111-маркерном формате, то есть в наборе из 384 726 аллелей, со временем жизни общего предка 3800 лет назад? Там – 92 120 мутаций. А логарифмическим методом – несколько минут. Берется файл в Excel, и используя известную функцию компьютера, аллели сортируются, выбирая только базовые гаплотипы. Это делается буквально в несколько касаний.
Иначе говоря, польза логарифмического метода в ДНК-генеалогии не только очевидна, она без преувеличений огромна. Так почему попгенетики так дергаются, изливая негативные комментарии? "Элементарно, доктор Ватсон". Одна причина – потому что попгенетики за двадцать лет так и не создали разумного метода расчетов времен жизни общих предков. Их результаты либо полностью неверны, либо кардинально противоречат друг другу. Приложения новых методов ДНК-генеалогии тут же покажет, что они всегда генерировали мусор. Статьи придется фактически дезавуировать, а за ними стоят гранты, диссертации…
Другая причина – банальная ревность, раздражение тем, что они так и не знают, как считать, а здесь "сторонний" специалист задачу решил. Ату его! И начинается – "лже-генетик" там, где никакой генетики нет, "провал ДНК-генеалогии в РАН", когда все наоборот – аплодисменты ДНК-генеалогии, а попгенетиков выгоняют из зала заседаний. После этого и их ставленники, типа некой "журналистки" Маркиной, строчат лживые пасквили в электронные СМИ, переворачивая там все с ног на голову. Об этом – ниже в этой книге.
Показательным в отношении логарифмического метода явилась форменная истерика на "дискуссии" в "Троицком варианте", которую начала Балановская, подписав свой авторский пасквиль, и продолжил Балановский. Там – больше десятка комментариев только о логарифмическом методе.
Взглянем на них, и поясним, к чему предъявляют претензии попгенетики и их приятели.
Начал претензии Балановский: "И уж простейший кинетикой первого порядка тут и не пахнет, порядок был бы скорее пятидесятый. А если речь идет просто о логарифмической формуле, которую Клесов взял из хим. кинетики и перенес в свою ДНК-генеалогию, то она позаимствована из формулы радиоактивного распада. Получается, в миграциях народов лучше всех должны разбираться ядерщики?
Можно спорить здесь только о том, чего больше в этом "комментарии" – откровенной глупости или полной безграмотности. Балановский, оказывается, так и не понимает, что мутации в гаплотипах и маркерах подчиняются именно кинетике первого порядка, в отношении "пятидесятого" тут уже буйное помешательство. Когда сами же попгенетики применяют печально известную "скорость Животовского", и делят число мутаций на число маркеров и на "популяционную скорость мутации" 0.00069, получая совершенно искаженное "время до общего предка", это тоже есть выражение кинетики первого порядка. Возможно, они (как и профессор Животовский), следуя известному герою пьесы Мольера, не подозревают, что говорят прозой, то есть отражением кинетики первого порядка.
Далее, нет никакой "формулы радиоактивного распада", если не считать "формулой" описание химического (или физического) превращения в ходе радиоактивного распада. Если же речи идет о кинетике первого порядка, то ни из какого "радиоактивного распада" она не "позаимствована". Кинетикой первого порядка описываются сотни и тысячи процессов, в том числе и процессы радиоактивного распада, только никаких аналогов "возвратных мутаций" при радиоактивном распаде нет. Они – необратимы. А уж последняя фраза, про "ядерщиков" – верх глупости. Хотя бы потому, что к миграциям народов кинетика первого порядка сама по себе никакого отношения не имеет. В народе это называется "Остапа несло". У Балановского – это "несло" привело к словесному недержанию в острой форме.
Далее – опять Балановский, про меня: "… излагает свой прием проверки того, можно ли рассчитывать возраст данного набора гаплотипов, используя логарифмическую формулу. Подход (сравнение результатов логарифмического и линейного методов) весьма топорен, формально он математически необоснован, но по сути вполне допустим.
Другое дело, что пользы от него немного. Он показывает, в каких случаях можно применять логарифмическую формулу. Но применять ее незачем. Валерий уже описывал подробно, что эта формула ничем не лучше стандартной "линейной".