Ни массачусетский опыт, ни другие неудачные демократические эксперименты не поколебали веры Джефферсона в народный суверенитет. Он не отрицал, что массы могут ошибаться, поддаваться воле демагогов и реакционеров. Но противоядие от заблуждений народа он видел не в ограничении его политических свобод, а единственно в просвещении масс. Сквозная для его идейного наследия мысль о целительных политических следствиях просвещения народа исчерпывающим образом выражена в письме к одному из американских законодателей в 1786 г.: "Взывайте, дорогой сэр, к крестовому походу против невежества, вводите и совершенствуйте закон об образовании простого люда. Пусть наши сограждане знают, что только народ может сопротивляться сохраняющемуся злу и что налоги на нужды просвещения не составят и тысячной доли расходов на содержание королей, знати и священников, которые возьмут верх среди нас, если народ будет пребывать в невежестве" .
Отношение Джефферсона к народу и его воле было диаметрально противоположно отношению умеренно-консервативного руководства революции. Если Гамильтон цинично полагал, что "народ - это огромный зверь", а другой лидер умеренных, Дж. Адамс, призывал передоверить всю полноту власти в стране просвещенной политической элите, то Джефферсон неизменно исходил из того принципа, что, как подчеркивал он в письме Вашингтону в 1785 г., республиканские свободы США могут быть сохранены, лишь "будучи вверенными под стражу самого народа". Просветитель-демократ был готов на жертвоприношение воле народа: подвергнув в 1787 г. критике проект федеральной конституции, Джефферсон вместо с тем отметил, что если ратификационные конвенты штатов, избранные на демократической основе, одобрят его, то он подчинится этому решению .
Были случаи, когда политическая практика молодого американского государства и собственный опыт вынуждали Джефферсона к переосмыслению высказанных однажды убеждений. В начале революции Джефферсон, подобно всем демократам, стремился к пересмотру классического принципа "разделения властей" в направлении максимального расширения полномочий законодательного собрания в ущерб исполнительному органу. В конституционных проектах 1776 г. он передоверил законодательной ассамблее многие традиционные прерогативы исполнительной власти, в том числе и назначение всех должностных лиц. Губернатор лишался права законодательного вето и низводился до положения покорного слуги депутатов законодательных палат.
К концу войны за независимость Джефферсон существенно пересматривает свои взгляды на взаимоотношение исполнительной и законодательной власти. Произошло это не под влиянием умеренных и консерваторов, а в первую очередь под впечатлением собственного, крайне неудачного, опыта пребывания на посту губернатора Виргинии в 1780–1781 гг.
В это время, когда на территорию штата вторглись английские войска, Джефферсон обнаружил, что не может эффективно провести в жизнь ни одного решения; он был скован по рукам и ногам прерогативами законодательного собрания.
В проекте виргинской конституции 1783 г. Джефферсон, стремясь усилить независимость исполнительной власти, предлагал увеличить срок полномочий губернатора с одного года до пяти лет. Губернатор совместно с ревизионным советом наделялся правом ограничительного вето. Он объявлялся главнокомандующим армией и милицией штата, избирался всем законодательным собранием, а не только нижней палатой. Жалованье губернатора оговаривалось особой статьей и не могло быть изменено законодательным органом. Наконец, губернатор в случае чрезвычайного положения мог распустить законодательное собрание или перенести его заседание в другой город .
Во время обсуждения федеральной конституции 1787 г. Джефферсон как бы возвращается к прежним взглядам на исполнительную власть. Просветителя решительно не удовлетворяли две черты проекта конституции: отсутствие билля о правах и утверждение чрезмерно сильного, с его точки зрения, основанного на формуле "единой и неделимой исполнительной власти" института президентства. Джефферсон требовал ограничить прерогативы президента коллегиальной волей исполнительного совета и предлагал исключить возможность его переизбрания в этой должности. Одно лицо, доказывал он, получив по конституции возможность безграничного переизбрания в должности президента, превратит государство в выборную монархию .
Пожалуй, наиболее существенные изменения претерпела трактовка Джефферсоном и другими американскими просветителями права на революцию и ниспровержение неугодного правительства, провозглашенное в Декларации независимости. По мере утверждения в стране республиканского строя они приходят к выводу, что право на революцию исчерпало себя в США и сохраняет значение только в государствах, где еще не установилось господство представительных форм правления. В законченном виде эта точка зрения была впервые выражена не Джефферсоном, а Пейном в 1786 г. в "Исследовании о правительстве, банке и бумажных деньгах". Она основана на отождествлении республиканского строя вообще, а в США в особенности с народовластием. Поскольку, рассуждает Пейн, республиканское устройство означает реализацию принципа народного суверенитета, постольку сохранение в нем права на революцию тождественно закреплению за массами права на свержение народовластия .
Переосмысление доктрины революционного расторжения устаревшего общественного договора Джефферсоном прослеживается впервые в 1783 г. Отстаиваемый им в письме к Э. Рандольфу тезис о том, что никакой общественный договор не может быть аннулирован полностью, что заменяться после тщательного рассмотрения могут только отдельные его части, воспринимается как охранная грамота конституциям независимых североамериканских штатов . В 1787 г. во время выработки федеральной конституции Джефферсон объявляет США единственной страной в мире, которая имеет возможность пересмотреть, обновить свой общественный договор, не прибегая к силе оружия, с помощью исключительно законных средств .
Джефферсон не исключал вообще возможности вооруженного выступления народных масс в США. Более того, после восстания Даниэля Шейса, которое определенным образом стимулировало развитие демократических сторон его мировоззрения, которые начали было ослабевать на исходе революции, Джефферсон обосновывает в конце 1786–1787 г. концепцию целесообразности периодических народных восстаний. Вопреки мнению его наиболее известного биографа Д. Малоне о том, что Джефферсон "никогда не защищал действия бунтовщиков в Массачусетсе" , просветитель более чем в десяти письмах высказал сочувствие восставшим и трудному экономическому положению фермерства вообще. На основе анализа опыта восстания Шейса он приходит к следующим важным обобщениям: возможность вооруженной защиты народом США своих прав является показателем демократизма политической системы, а не ее слабости; в конфликте народ - правители всегда прав народ и его восстания помогают выявить и устранить злоупотребления властей; периодические восстания народа "угодны богу и природе" и должны повторяться каждые 20 лет с тем, чтобы очищать тело государства от скверны злоупотреблений .