Приказано было произвести новые описи монастырским и церковным имуществам; но и новыми описями духовенство было недовольно; против них особенно восстал ростовский митроп. Арсений Мацеевич. В донесении к синоду он выражался резко, произвольно толкуя церковно-исторические факты, даже искажая их и делая оскорбительные для Е. сравнения. Синод представил дело императрице, в надежде (как думает Соловьев), что Е. и на этот раз выкажет свою обычную мягкость. Надежда не оправдалась: донесение Арсения вызвало такое раздражение в Е., какого не замечали в ней ни прежде, ни после. Она не могла простить Арсению сравнение ее с Юлианом и Иудою и желание выставить ее нарушительницей ею своего слова. Арсений был приговорен к ссылке в Архангельскую епархию, в Николаевский Корельский монастырь, а затем, вследствие новых обвинений — к лишению монашеского сана и пожизненному заточению в Ревеле. Характеристичен и для Екатерины следующий случай из начала ее царствования. Докладывалось дело о дозволении евреям въезжать в Россию. Е. сказала, что начать царствование указом о свободном въезде евреев было бы плохим средством успокоить умы; признать въезд вредным — невозможно. Тогда сенатор князь Одоевский предложил взглянуть, что написала императрица Елизавета на полях такого же доклада. Е. потребовала доклад и прочла: «от врагов Христовых не желаю корыстной прибыли». Обратясь к генералпрокурору, она сказала: «Я желаю, чтоб это дело было отложено».
Увеличение числа крепостных крестьян посредством громадных раздач фаворитам и сановникам населенных имений, утверждение крепостного права в Малороссии, всецело ложатся темным пятном на память Е. Не следует, однако, упускать из виду, что малоразвитость русского общества сказывалась в то время на каждом шагу. Так, когда Е. задумала отменить пытку и предложила эту меру Сенату, сенаторы выказали опасение, что в случае отмены пытки никто, ложась спать, не будет уверен, жив ли он встанет поутру. Поэтому Е., не уничтожая пытки гласно, разослала секретное предписание, чтобы в делах, где употреблялась пытка, судьи основывали свои действия на Х главе Наказа, в которой пытка осуждена, как дело жестокое и крайне глупое. В начале царствования Е. II возобновилась попытка создать учреждение, напоминавшее верховный тайный совет или заменивший его Кабинет, в новой форме, под именем постоянного совета императрицы. Сочинителем проекта был граф Панин. Ген.-фельдцейхмейстер Вильбуа написал императрице: «я не знаю, кто составитель этого проекта, но мне кажется, как будто он под видом защиты монархии, тонким образом более склоняется к аристократическому правлению». Вильбуа был прав; но Е. и сама понимала олигархический характер проекта. Она его подписала, но держала под сукном и он никогда не был обнародован. Таким образом идея Панина о совете из шести постоянных членов осталась одною мечтою; частный совет Е. всегда состоял из сменяющихся членов. Зная, как переход Петра III на сторону Пруссии раздражил общественное мнение, Екатерина приказала русским генералам соблюдать нейтралитет и этим способствовала прекращению войны. Внутренние дела государства требовали особенного внимания: более всего поражало отсутствие правосудия. Е. по этому поводу выражалась энергично: «лихоимство возросло до такой степени, что едва ли есть самое малое место правительства, в котором бы суд без заражения сей язвы отправлялся; ищет ли кто место — платит; защищается ли кто от клеветы — обороняется деньгами; клевещет ли кто на кого — все хитрые происки свои подкрепляет дарами». Особенно поражена была Е., узнав, что в пределах нынешней Новгор. губ. брали с крестьян деньгами за приведение их в присяге на верность ей. Такое положение правосудия заставило Е. созвать, в 1766 г., комиссию для издания Уложения. Этой комиссии Е.