Дважды пришлось прерывать учебу в связи с отправкой слушателей первого и второго курсов на фронт. В первый раз это случилось в мае 1919 года. Колчак, перейдя в наступление, начал теснить наши войска. Часть слушателей была направлена на Восточный фронт. Мерецкова направили на Южный фронт в 9-ю армию, которая вела тяжелые бои против белогвардейских войск Деникина. В 14-й стрелковой дивизии, которой командовал известный большевик-латыш А. К. Степинь (Стенин), Мерецкова назначили помощником начальника штаба. Ему поручили вести карту обстановки. В условиях, когда дивизия отступала, а телефонная и телеграфная связь отсутствовала, пользы от этого было немного: информация в штаб поступала с опозданием. Мерецков вскоре понял бессмысленность своей работы: сведения, которые он наносил на карту, не отражали действительного положения войск, от ставали от времени. В своих воспоминаниях Мерецков рассказал о том, как Степинь пришел к нему на помощь.
«Увидев меня, начдив спросил, как идут дела.
— Неважно! Я не справляюсь с канцелярской работой, да и толку от нее при такой постановке дела не вижу. Штаб опаздывает с регистрацией изменений. Поэтому в жизни обстановка одна, а на карте другая.
— А вы умеете сидеть на лошади?
— Умею. И вообще люблю лошадей.
— Ну так вот тебе кобыла, — перешел начдив сразу на «ты» (на «вы» он обращался подчеркнуто вежливо к штабным работникам, предпочитавшим седлу стул), — поступай в мое распоряжение, скачи в войска и узнавай, что нужно.
Я поблагодарил за лошадь, тут же оседлал ее и отправился в бригады. Дело сразу изменилось. Приеду, узнаю, что произошло, и нанесу на карту».
С самого начала Степинь с интересом и вниманием отнесся к командиру, прибывшему из академии. Много расспрашивал о прошлой работе, об обучении в академии и характере занятий, о профессорах, многие из которых были ему знакомы по совместной службе в старой армии. Приглядевшись к тому, что и как делает Мерецков, и убедившись, что работа пошла, начдив поручил ему помогать командованию 1-й стрелковой бригады, в состав которой входили, в частности, подразделения интернационалистов. В дальнейшем Кирилл Афанасьевич временно исполнял обязанности начальника штаба этой бригады. В одном из боев в районе станции Серебряково он был контужен: разрывом снаряда его выбросило из седла, на какое-то время он даже оглох.
Между тем под давлением превосходящих сил деникинцев войска 9-й армии отступали. Свирепствовал тиф. Не хватало боеприпасов. И без того тяжелое положение армии, в состав которой входила 14-я стрелковая дивизия, усугубилось еще более в результате измены ее командующего, бывшего царского полковника Н. Д. Всеволодова. Новым командующим был назначен А. К. Степинь. К этому времени белоказаки перехватили дорогу на Поворино, по которой отходила 14-я дивизия. В бою создалось критическое положение. И тогда молодой красный командир Мерецков, видя, что казаки с гиком и свистом, выставив пики вперед, бросились в атаку на залегших вдоль дороги бойцов 1-й стрелковой бригады, вскочил на коня и новел за собой в контратаку кавалерийский полк, приданный бригаде.
В этом бою он получил новое серьезное ранение в ногу. Казачья пуля, пущенная почти в упор, пробила кость. Однако белые отступили, а 14-я дивизия вышла в Поворино. Товарищи вынесли Мерецкова с поля боя. Перед отправкой в госпиталь на операцию его навестил командарм Степинь. Прощаясь, выразил пожелание поскорее поправляться и возвратиться в 9-ю армию. Того же хотел и сам Мерецков. Но сразу не смог вернуться в строй, до осени пролежал в госпитале. А когда подлечился, уехал в Москву, ибо пришло указание: оставшихся в живых слушателей первого набора академии Генерального штаба откомандировать для прохождения второго курса.
Прошел очередной год учебы, и вновь бои.