В феврале 1961 г. В. М. Глушкова вводят в состав Комитета по Ленинским премиям в области науки и техники при Совете Министров СССР. В мае того же года его избирают академиком АН УССР по специальности «вычислительная техника», а в 1962 г. он становится вице-президентом АН УССР и председателем Научного Совета по проблеме «Кибернетика» при Президиуме АН УССР. В 1963 году В. М. Глушков утверждается председателем Межведомственного научного совета по внедрению вычислительной техники и экономикоматематических методов в народное хозяйство СССР при Государственном комитете Совета Министров по науке и технике.
Начало 60-х годов один из самых плодотворных периодов в научной деятельности В. М. Глушкова. Помимо вышеупомянутой монографии «Синтез цифровых автоматов» с 1960 по 1963 он написал следующие книги: «Теория алгоритмов», «Введение в теорию самосовершенствующихся систем». «Вычислительная машина «Киев»».
В 1961 году В. М. Глушков был избран академиком АН Украинской ССР, а в 1964 г. академиком АН СССР и вице-президентом АН УССР.
В 1961 г. Президиум АН УССР издает постановление о преобразовании Вычислительного центра АН УССР в Институт кибернетики АН УССР. Постановление было реализовано на практике в следующем 1962 году. Директором института и заведующим отделом цифровых автоматов назначается В. М. Глушков.
В 1963 г. на Конгрессе Международной Федерации по переработке информации (ИФИП) в Нью-Йорке (США), а потом и на Конгрессе в Эдинбурге (Великобритания) Глушков избирается членом Программного комитета этой организации. Здесь он возглавил направление «Применение ЭВМ в естественных науках, технике, лингвистике и библиотечных науках. Искусственный интеллект». А на Конгрессе, проходившем в Любляне (СФРЮ), Виктор Михайлович был избран председателем Программного комитета ИФИП.
В. М. Глушков выступал с лекциями в Польше, Венгрии, ГДР, Болгарии, Чехословакии, Румынии, на Кубе, в ФРГ, США, Англии, Франции, Мексике, Индии, Испании, Италии, Австралии, Японии, Канаде, Норвегии, Финляндии.
На Международной выставке «Интероргтехника-66» в Москве детища Института Кибернетики АН УССР: ЭЦВМ «МИР-1», «Про-минь», «Проминь-М», цифроаналоговый
комплекс «Днепр-МН-10М» и ряд других были отмечены дипломами.
Очень насыщенным оказался следующий 1967 год. Сдана в эксплуатацию первая в стране автоматизированная система управления предприятием с массовым характером производства «Львов». Она была установлена на львовском телевизионном заводе. АСУ «Львов» была рекомендована к массовому тиражированию. Была продемонстрирована работа удаленного терминала Львов Москва в режиме «вопрос ответ» по производственной ситуации в системе «Львов». При разработке этой системы были отработаны многие принципы, положенные в основу АСУ других типов. Внедрение этой системы обеспечило увеличение выпуска продукции на 7 %, снижение уровня запасов на 20 %, ускорение оборачиваемости оборотных средств на 10 %, произошло существенное сокращение инженерно-технического и административного персонала.
Виктор Михайлович первым взялся за переоценку принципов Дж. фон Неймана, на основе которых разрабатывалась вся вычислительная техника с момента своего зарождения. В. М. Глушков предложил принципиальные изменения в устройстве вычислительных машин, выдвинул новые идеи по созданию систем обработки информации новых поколений, сформулировал принцип макроконвейерной обработки данных. Суть его заключалась в том, что процессоры выполняли команды не последовательно, а параллельно, автономно, без взаимодействия с другими процессорами. Внедрение этого принципа позволило бы неограниченно увеличивать производительность машины по мере наращивания аппаратных средств. Первые советские машины с использованием этого принципа были построены уже после смерти Глушкова и по оценке государственной комиссии по их приемке, не имели аналогов в мире. Одна из них ЕС-1766 имела производительность в два миллиарда операций в секунду.
В 1967 г. был создан комплекс функциональных элементов МИР-1 и МИР-10, положивших начало развитию электронно-клавишных машин. Разработана и рекомендована в серийное производство ЭКВМ «Искра».
В 1967 г. В. М. Глушков был удостоен высшей советской награды ордена Ленина. При вручении ордена указывалось, что эту награду он получил «за достигнутые успехи в развитии советской науки и внедрения результатов исследований в народное хозяйство». В этом же году В. М. Глушкову присуждена премия им. Н. Н. Крылова за цикл работ по теоретической кибернетике.
В следующем 1968 г. за разработку принципов построения структур малых машин для инженерных расчетов и математического обеспечения для них, внедренных в вычислительных машинах серии «МИР», В. М. Глушкову с группой сотрудников Института Кибернетики была присуждена Государственная премия СССР.
Достижения отечественной научной школы получили признание и на Западе. В этом же году журнал «Автоматика» начал переиздаваться в США.
В 1969 г. Глушкову присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ему ордена Ленина и Золотой медали «Серп и молот».