Но даже если и собирался, то не успел, потому что «тотчас после смерти государя [Алексея Михайловича], в тот же вечер, бояре посадили нового царя на отцовский престол, по принятому обычаю пригласили его целовать крест, затем приняли от него распятие и также поцеловали, присягнув на верность». Это отрывок из донесения датского резидента Магнуса Гэ, пребывавшего в плохих отношениях с Матвеевым, который с 1671 по 1676 год был дьяком Посольского приказа (то есть министром иностранных дел). Матвеев не раз порицал датчанина за непристойное поведение и чрезмерное пьянство. Пока он был в фаворе, Гэ ограничивался тем, что всячески хаял дьяка в своих донесениях. Но после воцарения Федора и укрепления позиций рода Милославских стало возможным свести счеты. В середине 1676 года Гэ отбыл из Москвы домой. В Ярославле он оставил местному воеводе жалобу на Матвеева, которого обвинял в оскорблении царского величества и различных должностных злоупотреблениях, в частности в том, что он недоплатил Гэ пятисот рублей за поставленное ко двору рейнское вино. Матвеева отправили служить воеводой в городе Верхотурье, до которого от Москвы было без малого две тысячи верст. Осенью того же года против Матвеева выдвинули новые обвинения, и закончилось дело лишением боярского чина вместе со всем имуществом и заточением в городке Пустозерске, который находился примерно в двадцати километрах от современного Нарьян-Мара.
С удалением Матвеева положение вдовствующей царицы Натальи и всего клана Нарышкиных резко ухудшилось. Главу клана, Ивана Кирилловича, старшего брата Натальи, едва не казнили по ложному обвинению в покушении на цареубийство, но Федор Алексеевич не рискнул пойти на крайние меры и сослал Ивана приставом в Рязань. Дело было не в доброте, а в том, что казнь брата вдовствующей царицы могла настроить против Федора многих бояр: если уж царь с почти родней так обращается, то нам и подавно ничего хорошего ждать не стоит. Впрочем, Милославские не жаждали крови, им было важно отстранить Нарышкиных от ключевых должностей и лишить влияния. Маленький Петр для Милославских никакой опасности не представлял, ведь на случай смерти Федора у них был запасной вариант в лице Ивана Алексеевича.
Можно сказать, что смерть отца не вызвала больших изменений в жизни Петра, ну разве что народу вокруг стало поменьше. Детство царевича было беззаботным много игрушек, есть с кем поиграть. С 1677 года началась учеба. Основным учителем Петра был дьяк Посольского приказа Никита Зотов, грамотей незнатного рода (некоторые историки считают его потомком выкрестившегося еврея). Зотов учил царевича грамоте, читал с ним Евангелие, Псалтырь и Часослов и некоторые светские книги, которых в то время было немного. Милославские попытались сделать Зотова своим соглядатаем при Нарышкиных, но Никита Моисеевич ответил им отказом, за что был удален от двора, но ненадолго царице Наталье удалось вернуть его обратно. Об отношениях между наставником и учеником можно судить хотя бы по тому, что впоследствии Зотов стал одним из ближних советников Петра Первого.
Другой наставник Петра стрелецкий сотник Афанасий Нестеров обучал юного царя основам военного дела. Позже Петр приставил Нестерова к своей матери в качестве начальника ее охраны. Дядькой, то есть главным воспитателем при Петре, состоял боярин Родион Матвеевич Стрешнев. Мелкопоместный род Стрешневых породнился с родом Романовых в 1626 году, когда овдовевший царь Михаил Федорович женился на Евдокии Стрешневой. Родион Матвеевич верно служил престолу, но характер имел независимый, и бывало так, что царь Алексей Михайлович гневался на него, но, остыв, прощал.
Учили Петра плохо выучили азам, и на том дело закончилось. «Ах, если б я в моей молодости был выучен как должно!» скажет Петр много лет спустя. Его старшим братьям, а также сестре Софье, с учебой повезло гораздо больше, поскольку их учил монах Симеон Полоцкий, один из образованнейших людей того времени. За независимый характер и образованность Симеона не любил патриарх Московский Иоаким, который при Милославских пользовался большим влиянием, выходящим далеко за рамки церковных полномочий (впоследствии, во время конфликта между Петром и Софьей, Иоаким встал на сторону молодого царя). Симеон Полоцкий, как несложно догадаться по его «фамилии», был литвином. Иоаким использовал этот факт для того, чтобы начать борьбу с «иноземным влиянием» при дворе, закончившуюся удалением Симеона и его окружения. Другого, «своего» Симеона у Иоакима не было, так что обучение Петра застопорилось, и все свои разносторонние знания ему пришлось приобретать