В феврале 1919 года при Регистрационном управлении был организован уже Морской разведывательный отдел (2-й, морской агентурный разведывательный отдел), а на местах соответственно морские разведывательные отделения.
В марте-апреле 1919 года Регистрационное управление подверглось существенной реорганизации в соответствии с требованиями VIII съезда Российской Коммунистической партии (большевиков) РКП (б) [она же: с 1898 года Российская социал-демократическая рабочая партия, РСДРП, с 1917 до 1918 года Российская социал-демократическая рабочая партия (большевиков), РСДРП(б), с 1925 года Всесоюзная Коммунистическая партия (большевиков), ВКП(б), с 1952 года Коммунистическая партия Советского Союза, КПСС]. Согласно новому штату оно стало включать отделы
сухопутной и морской агентурной разведки, а также военно-цензурный отдел. В то же время Отдел военного контроля (контрразведка) был выведен из состава Регистрационного управления и подчинен Управлению делами Революционного военного совета Республики и Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК).
Ввиду близкого окончания войны и постепенного перехода к миру начальник Полевого штаба РВСР 16 февраля 1920 года дал указание начальнику Регистрационного управления «организовать агентурную разведку в широком масштабе», выходя за рамки сопредельных с Советской Россией стран. Необходимо было начать сбор сведений о политическом, экономическом и военном состоянии таких государств, оказывающих или способных оказать в будущем влияние на внешнюю политику пограничных с Россией стран. В первую очередь сбор разведывательной информации должен был охватить следующие страны: Францию, Великобританию, Германию, Италию, Швецию, Китай, Соединенные Штаты Америки, Балканские страны, государства Ближнего Востока. Кроме этого, особое внимание, как отмечалось в Указании, следовало уделить выяснению состояния вооруженных сил тех государств, вооруженное столкновение с которыми в данный период было наиболее вероятно. К таким в начале 1920 года относились: Польша, Финляндия, Латвия, Эстония, Литва, Румыния, Турция, Азербайджан, Армения, Персия (Иран), Афганистан и Япония.
По планам Регистрационного управления Латвия, Эстония, Литва, Финляндия и Грузия должны были стать агентурными плацдармами для организации разведывательной деятельности в странах Западной Европы. Первым таким плацдармом стала Эстония, подписавшая с Советской Россией мирный договор.
В апреле 1921 года, в целях сосредоточения управления разведкой в одном органе, создается единое Разведывательное управление (Разведупр), подчиненное начальнику штаба Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА). Управление занималось организацией и ведением стратегической и войсковой разведки. Начальник Разведывательного управления назначался председателем РВСР по согласованию с председателем ВЧК Одновременно начальник Разведупра входил в состав коллегии ВЧК. Так завершился процесс централизации разведывательной службы Красной армии.
В октябре 1942 года, с целью повышения эффективности военной разведки в условиях Второй мировой войны (19391945), было принято решение образовать два центральных органа: Главное разведывательное управление (ГРУ), подчиненное народному комиссару обороны (тогдашнему руководителя центрального органа управления РККА) и Управление войсковой разведки (УВР) в составе Генерального штаба Красной армии. В апреле 1943 года УВР было реорганизовано в Разведывательное управление (РУ) Генерального штаба. На ГРУ возлагалось ведение агентурной разведки за рубежом. РУ поручалось руководство войсковой разведкой фронтов, ведение агентурной разведки на временно оккупированной противником территории СССР, проведение диверсий и операций дезинформации противника. Два управления военной разведки функционировали до конца войны с Германией. В июне 1945 года они были объединены в Главное разведывательное управление Генерального штаба Красной армии.
Разведывательное управление Главного морского штаба (центрального органа управления военно-морским флотом, которыми являлись: Морской генеральный штаб (19171921, 19501953), Морской штаб республики (1921923), Управление ВМС РККА (19231937), Главный морской штаб (19381946), Главный штаб ВМС (19461950, 19531955), а с 1955 года Главный штаб ВМФ) Народного комиссариата ВМФ в годы Второй мировой войны было несколько расширено образованием новых отделов.
Некоторые изменения служебных функций и реорганизации структуры военной разведки были и в послевоенный период, когда появились новые виды и направления разведки.
В 1955 году Главное разведывательное управление Генерального штаба Вооруженных сил наконец-то обрело свою нынешнюю организационную структуру и систему управления разведкой.
За восемьдесят лет существования созданной большевиками военной разведки на посту ее руководителя побывало почти тридцать человек В последнее десятилетие, в весьма сложный период бурных политических изменений в Советском Союзе Российской Федерации, ГРУ возглавляли (приведены последние воинские звания на данной должности):