Столь поспешное сворачивание подготовки разведдиверсантов РОН было вызвано важными причинами. Обстановка была более чем напряженной. 8 сентября 1941 года нацисты овладели Шлиссельбургом (Петрокрепость), отрезав Ленинград с суши. Началась трагическая и героическая оборона блокадного Ленинграда. Наступление нацистов продолжалось, сил для обороны не хватало. И сохранить отряд, как вспоминал Прохватилов, было непросто:
Один в телефонную трубку требует «Немедля построить бойцов и форсированным ходом отправить на пополнение в стрелковый полк За неисполнение расстрел». А кто он, этот крикун, я не вижу. Флотским звоню. А оттуда голос еще грозней: «Не сметь! Сохранить водолазов для флота!» И тоже расстрелом грозится. Потом звонок, из третьего места. Всем мои хлопцы нужны. Вижу, так и так расстрела не избежать, вызываю
связиста и по секрету приказываю: оборвать телефонные провода и сделать вид, что не можете найти обрыв. Только такой хитростью и удалось сохранить отряд.
В таких условиях РОН в соответствии с приказом начальника Управления ЭПРОН от 7 сентября 1941 года за 051 полностью передавалась в распоряжение Разведывательного отдела штаба Краснознаменного Балтийского флота с непосредственным подчинением заместителю начальника отдела по агентурной разведке.
Тем временем на Ленинградском фронте верные союзники гитлеровской Германии финские войска перешли в наступление, форсировали реку Вуоксу и заняли стратегически важную дорогу южнее города Выборга. В то же время они, захватив остров в заливе перед Выборгом, перекрыли и морской путь. Таким образом, все дороги к отступлению 23-й армии к Ленинграду были отрезаны. Командиру РОН была поставлена задача: в трехдневный срок подготовить личный состав к скрытной высадке на остров и ликвидировать противника.
К этому времени структура Роты особого назначения выглядела следующим образом:
Командир роты: лейтенант Иван Васильевич Прохватилов;
Заместитель командира роты по политической части: политрук (лицо военно-политического состава, руководящее политической работой, сокращение от слов политический руководитель в подразделениях войсковых частей Красной армии воинское звание с 1935 по 1942 год, соответствовало старшему лейтенанту) Анатолий Федорович Маценко;
Командир первого взвода: главный старшина Федор Тимофеевич Андреев;
Командир второго взвода: главный старшина Федор Петрович Кириллов;
Командир третьего взвода: мичман Николай Карпович Никитин;
Командир четвертого взвода: старшина 1-й статьи Константин Георгиевич Пьянков;
Командир пятого взвода: старшина 1-й статьи Николай Кузьмич Лукин;
Командир шестого взвода (учебного): главный старшина Петр Иванович Радченко.
Инструкторы водолазной подготовки: Иван Трофимович Губенко, Иван Павлович Никитин, Николай Иванович Никифоров, Сергей Семенович Осипов, Леонид Дмитриевич Федоров.
Кроме вышеназванных командиров и инструкторов в РОН входило 103 рядовых военнослужащих.
Для помощи в разработке подводной части специальных операций, руководства и консультаций по легководолазной и медицинской подготовке к РОН был прикомандирован военврач 1-го ранга Илья Ильич Савичев крестный отец советских боевых пловцов.
Готовясь к первой боевой операции, лейтенант Прохватилов с группой разведчиков своей роты двое суток вел пристальное наблюдение за островом, нанося на карту выявленные позиции и огневые точки противника. Наконец, ночью, одетые в легководолазное снаряжение, старшина 1-й статьи Никитин и краснофлотец Сванишвили с большой катушкой телефонного провода ушли под воду. Через некоторое время они тихо вышли на остров, осмотрелись и сообщили: «мы на острове в условленном месте, можно начинать». Держась за проложенный по дну провод, на остров перешли еще 50 вооруженных разведчиков. Командир и политрук с остальной частью роты ждали атаки, но на острове стояла гробовая тишина. Прождав еще немного, Прохватилов сел в небольшую шлюпку и быстро направился к острову. Когда он уже подходил к берегу, раздалось мощное «Ура!», однако выстрелов не последовало. Иван Никитин доложил командиру: «Приказ выполнен, но на острове противника нет, в окопах и траншеях обнаружены пулеметы без замков и взорванная пушка».
Вначале Прохватилов думал, что финны заметили, как за островом ведется интенсивное наблюдение и идет подготовка к его захвату, и поэтому они поспешили убраться. Однако, как потом выяснилось, в ряды РОН удалось проникнуть финскому разведчику, который по рации передавал своим о готовящихся действиях, но, в конце концов, был разоблачен. После этого весьма неприятного случая все, что касалось намечаемой операции, знали только командир роты, его заместитель и представитель разведотдела. Непосредственные исполнители с планом предстоящей операции знакомились в последние часы в исходном для движения пункте.
22 сентября 1941 года в Смольный (здание бывшего Смольного института благородных девиц первого в России женского общеобразовательного учебного заведения, основанного в 1764 году, где в 1917 году располагался штаб большевиков, руководивший государственным переворотом), где располагался штаб Ленинградского фронта, к командующему войсками фронта генералу армии Георгию Константиновичу Жукову был вызван начальник разведотдела Краснознаменного Балтийского флота подполковник Наум Соломонович Фрумкин. Жуков приказал во что бы то ни стало срочно, в эту же ночь,