Росла численность зубрового стада накапливались проблемы, многие из которых не решались десятилетиями. В деятельности Центрального зубрового питомника, взвалившего на себя, кроме конкретной работы по разведению, еще и координацию аналогичных мероприятий в СССР, как в фокусе сконцентрировались прошлые и современные достижения и ошибки в решении всей проблемы сохранения и восстановления зубра. Если не решался какой-то отдельный, казалось бы, частный вопрос, то как снежный ком нарастали новые, отражаясь на состоянии дел не только в питомнике, но и далеко за его пределами.
Начало работы Центрального зубрового питомника совпало с разгулом в биологической науке лысенковщины. К большому сожалению, этот ложный подход активно насаждался в племенной работе с зубрами, став определяющим на многие годы. «Для придания работе по восстановлению зубра производственного масштаба, писал в 1949 году М. А. Заблоцкий, один из первых заведующих Центральным зубровым питомником, необходимо параллельно и одновременно с разведением зубров расширять масштабы работы по формированию породы нового зубра путем поглотительного скрещивания зубра с бизоном». Основанием для проведения подобного мероприятия служили следующие аргументы того же автора: «Всестороннее изучение каждого из животных, полученных в результате поглотительного скрещивания зубра с бизоном (I, II, III поколений) и в результате спаривания животных различных поколений между собой, убедительно показывают, что зубр не укладывается в рамки «гороховых законов» Менделя, «расщепления» признаков зубра и бизона не наступает». Вот почему более тридцати лет в Центральном зубровом питомнике существовала многочисленная группа гибридов (зубробизонов, зубробизонокоров), дававшая ежегодно по несколько телят. В 1950-1960-х годах они были выпущены в природную среду, создав ряд проблем, не разрешимых и до сегодняшнего дня. В последующем всех гибридных зверей просто отстреливали.
Непроизводительная трата материальных ресурсов на разведение не нужных для восстановления вида животных ограничивало темпы воспроизводства чистокровных зубров. Не будь гибридов, число животных, вывезенных из Центрального зубрового заповедника для расселения, увеличилось бы на четверть. Но самое главное это потенциальная угроза смешения чистокровных зубров с гибридными, что могло уничтожить труд нескольких поколений зуброводов, сохранявших чистоту генофонда вида в невероятно трудных исторических условиях.
Иногда можно слышать, что в послевоенное время оставалось слишком мало чистокровных животных и для страховки разводили гибридов. Это оправдание несостоятельно,
так как еще в 1947 году в первом послевоенном издании Международной родословной книги зубров «Pedigree book of the European bison» ее редактор профессор Ян Жабински писал: « сейчас, когда мы имеем в нашем распоряжении на 1 января 1947 года 93 чистокровных зубра (из них 50 коров), совершенно нет никакой необходимости рассматривать гибридов как потенциальный резерв для размножения». Лишь в 1982 году Центральный зубровый питомник удалось освободить от гибридов.
И все же, преодолевая объективные и субъективные трудности, встречавшиеся на более чем сорокалетием пути, коллектив ЦЗП, да и всего Приокско-Террасного заповедника, внес весомый вклад в дело восстановления зубра. Достаточно привести некоторые показатели его деятельности. За эти годы родилось около четырехсот чистокровных животных, из которых сохранено и выращено 80 % особей; во многие пункты вольного обитания, зоопарки и другие питомники отправлено двести животных. На базе ЦЗП проводилась и продолжает вестись большая научная работа как по совершенствованию технологии содержания и разведения, так и по изучению особенностей поведения. Особый интерес этим исследованиям придают сложившиеся в зуброводстве традиции. В те далекие годы, когда в Европе по крупицам собирали чудом сохранившихся в зоосадах и частных парках зубров, была продумана оригинальная система учета и заведена Международная родословная книга. Все животные получали соответствующие клички, в основе которых были первые буквы наименования резервата, где они появились на свет. Так, в польском питомнике, расположенном в Беловежской Пуще, имена зубров начинались на «По» и «Пу», а в Пшинском питомнике на «Пл». Первый советский зубровый питомник, организованный в 1946 году в Белоруссии, именовал своих питомцев кличками, начинавшимися со слогов «Ба» и «Бе». Получили свои метки «Мо» и «Му» и звери Центрального зубрового питомника, расположенного в Московской области.
Наличие кличек не только упорядочивало ведение племенного дела с зубрами. Я считаю, что благодаря имени каждый зверь навсегда оставлял свой след в истории борьбы за сохранение вида. Имя позволяло нам, людям, вместо безликого «зубр», «самец», «корова» видеть конкретных зверей с их особыми чертами характера, поведения. По именам при желании читатель сам сможет проследить судьбу каждого героя моего повествования, для чего достаточно обратиться к Родословным книгам, издаваемым каждые два года в Польше. Конечно, трудно представить все перипетии их жизни по скупым фактам, изложенным в реестрах: пол, номер, кличка, дата рождения, отец и мать, их номера, места рождения и пребывания, даты перемещения с одного места жительства на другое, те же данные о его потомстве и, наконец, дата смерти. Но для меня эти животные часть жизни: со многими я долгие годы работал в питомнике, кто-то появился на свет на моей памяти, кого-то уже нет. Судьба зубра, по-моему, как и судьба человека: в ней, конечно, много обыденного, на первый взгляд неприметного, однако и немало удивительного, яркого. При общении с зубрами я получил необычайно много впечатлений, которыми и хочу поделиться с читателями.