Несмотря на широкие планы правительства, необходимая финансовая и научная база для вновь открываемых университетов по существу не была обеспечена. Университеты имели 4 отделения (факультета): философско-юридический с кафедрой богословия и церковной истории, 2) физических и математических наук, 3) медицинский, 4) словесных наук.
Финансовое обеспечение университетов, в том числе Харьковского, было возложено в значительной степени на местное дворянство. Еще в 1803-1804 годах известный деятель в области просвещения и публицист В. Н. Каразин добился постановления Слободско-Украинского губернского дворянского собрания о пожертвовании на основание университета 400 тыс. рублей из предусмотренного им сбора на нужды просвещения в 1 млн рублей. Но поскольку подписка дворян и купцов носила по существу принудительный характер, сбор пожертвований растянулся на 30 с лишним лет. 33
Не выразило восторга по поводу открытия университета и казанское дворянство. Предвидя последующие пожертвования в пользу «храма науки», казанские дворяне хотели видеть в нем сугубо сословное учебное заведение, подготавливающее не столько к гражданской, сколько к воинской службе. «Учреждение университетов, значилось в заявлении казанских дворян, поданном в Главное управление училищ в 1803 году, должно наиболее клониться к просвещению юношей дворянского сословия, занимающего важнейшие должности в государстве... В университетах необходимо преподавание наук воинских, чтобы отвратить издержки, соединенные с учреждением в некоторых губерниях военных училищ...».
34
Естественно, что с первых же шагов новоиспеченные университеты испытывали большие финансовые трудности не было денег для покупки нужных книг в университетские библиотеки, не было средств на необходимые приборы и организацию опытов на физико-математическом отделении, не хватало даже порой денег на жалование профессорам и адъюнктам. Историк Казанского университета Н. П. Загоскин печально фиксировал:
«Представлялось естественным ожидать, что, создавая Казанский университет, правительство обеспечит ему в самых скромных, эмбриональных размерах наличность учебно-вспомогательных учреждений. На деле этого не было. Только к 40-м годам XIX века, благодаря энергии попечителя округа М. Н. Мусина-Пушкина и ректора университета Н. И. Лобачевского, университет мог быть обеспечен научно». 35
Другая трудность, которую приходилось преодолевать вновь образованным российским университетам, это отсутствие научных кадров. В связи с этим одному профессору приходилось читать разные, часто совсем не связанные друг с другом курсы. К чтению лекций в университетах привлекали преподавателей гимназий и нередко людей, вообще не подготовленных к преподаванию в университете. Дефицит в отечественных научных кадрах побуждал министерство просвещения приглашать значительное число иностранных специалистов для чтения лекций в российских университетах. Так, при открытии Харьковского университета лекции на русском языке читали только пять профессоров, что составляло 25% преподавательского состава. Правда, к 30-м годам XIX века число отечественных ученых в университете возросло до 70%.
Другой трудностью для вновь образуемых университетов было отсутствие студентов. Дворянство, и особенно провинциальное, в начале XIX века относилось настороженно и часто негативно к университетам. Попечитель Харьковского учебного округа Северин Потоцкий доносил по этому поводу министру просвещения: «Не чувствуя благотворного влияния наук или имея о них самое темное понятие, не радели они (харьковские дворяне Н. Я.) о воспитании детей своих, будучи лишены всех нужных к тому средств; они лучше соглашаются записать их в службу, оставя навсегда необразованными, нежели продолжать науки и усовершенствовать их знания». Поэтому университетским преподавателям приходилось не проявлять требовательности при приеме. «Поэтому, заключает попечитель Харьковского учебного округа, если бы университет сохранил в строгом смысле все правила, которыми должен руководствоваться при приеме студентов, то он не имел бы ныне ни одного студента». 36В связи с этим при Харьковском университете были созданы подготовительные курсы, а при Казанском гимназия, где на казенный счет обучалось сорок учеников с обязательством поступления в университет. Несмотря на эти меры уровень знаний поступивших, видимо, был недостаточен, так как преподавателям университета приходилось применять методику средних учебных заведений. Так, например, в Харьковском университете значительная часть преподавателей проводила опрос студентов на каждой лекции в течение 1015 минут; лекцию начинали с обзора предыдущего материала и т. п.
Несмотря на все трудности, которые приходилось преодолевать руководителям и профессорам молодых университетов, деятельность их была высокопродуктивной. Они осуществляли, согласно уставу 1804 года, административное и учебно-методическое руководство государственными учебными заведениями и частными пансионами своего учебного округа, изучали и проверяли работу учителей, помогали открытию новых школ, вели большую краеведческую работу: исследовали естественные богатства края, лечебные свойства вод, залежи полезных ископаемых. Профессора и студенты медицинского факультета участвовали в борьбе с эпидемиями. Преподаватели университетов вели большую просветительную работу участвовали в местных периодических изданиях, литературных и научных обществах. Так, преподаватели Харьковского университета способствовали возникновению и деятельности первой украинской газеты «Харьковский еженедельник» (1812) и последующих изданий «Харьковский демократ» (1816), «Украинский вестник» (1816-1819), «Украинский журнал» (1824-1825) и др. Профессора Казанского университета, проводя историко-археологическое, этнографическое и лингвистическое изучение края, составляли словари местных наречий, описания обрядов. На этой основе в Казанском университете стала успешно развиваться ориенталистика, а в отделении (факультете) словесных наук образована кафедра восточных языков.