В составе абверштелле, созданных Абвером на оккупированных территориях, одну ведущих ролей играли рефераты контрразведки 3Ф (борьба с агентурой противника) и 3С (Ц) (контрразведывательная работа среди местного населения).
Но прежде всего контрразведывательной деятельностью по линии Абвера занимались отдельные подвижные команды и группы. Они действовали в тылах армейских группировок и армий, которым были приданы, вели активную агентурную работу по выявлению советской разведки, партизан и подпольщиков, осуществляли сбор и обработку трофейной документации. Контрразведывательные абверкоманды и группы действовали в тесном контакте с местными органами СД и ГФП на оккупированных советских территориях.
Как и его оперативные части, стационарные организации Абвера имели такие же функции, но с учетом того, что они действовали в глубоком тылу немецких войск. В целом, эти функции заключались в следующем: ведение разведки в глубоком тылу советских войск, организация на своей территории борьбы с разведкой Красной армии, советскими парашютистами, радистами и подпольщиками, разведывательное и контрразведывательное обеспечение антипартизанских операций
В отличии от политической разведки гитлеровской Германии, Абвер в своей разведывательной деятельности против СССР начиная с 1940 года, отводил важную роль русской белой эмиграции и особенно военной белой эмиграции.
Сотрудничество русских белоэмигрантов с Абвером до начала военных действий против СССР проходило в основном на уровне абверштелле (ACT) и подчиненных им абвернебештелле (АНСТ) региональных звеньев немецкой военной спецслужбы, а также так называемых Кригсорганизацьон (КО) военных
организаций, действовавших под прикрытием дипломатических представительств Германии за рубежом. То есть аппараты военных атташе при германских посольствах.
Основной средой для вербовки агентуры были русские эмигрантские колонии и особенно участники различных антисоветских организаций, особенно РОВС (Российский общевоинский союз) и НТС (Национально трудовой союз). Кроме использования отдельных эмигрантов, Абвер при необходимости объединял таких лиц в резидентуры.
Так, АСТ-Вена, действовавший на всем Юго-Востоке Европы, имел три крупных резидентуры в Софии и Будапеште (Бюро Клатта) и Варне (Бюро Келлера).
После начала военных действий на Восточном фронте все русские сотрудники Абвера из числа эмигрантских резидентур были включены в состав фронтовых органов Абвера и работали на захваченной немцами советской территории.
Наибольшее число русских белоэмигрантов было сосредоточено в Абверштелле «Юг Украины», проводившей разведывательную и контрразведывательную работу на территориях Херсонской, Сталинской, Запорожской, Кировоградской, Одесской областей, а с 1942 года в Крыму. Эмигранты возглавляли штатные контрразведывательные резидентуры, состоявшие из 23 штатных резидентов, самостоятельно вербовавших агентуру. привлечению в ряды РОВС и НТС
Весной 1941 года, то есть, перед нападением на СССР, всем группам армий (фронтам) немецких вооруженных сил были приданы по одной разведывательной, диверсионной и контрразведывательной абверкоманде, а армиям подчиненные этим командам абвергруппы.
После начала войны с СССР, число абверкоманд, и входивших в их состав абвергрупп существенно выросло.
Согласно своим функциональным обязанностям, каждая из абверкоманд (и абвергрупп) должна была заниматься разведывательной, диверсионной или контрразведывательной деятельностью. Поэтому в своей номенклатуре они имели, соответственно, цифру «1», «2» или «3», которые обозначали номер соответствующего отдела в Абвере
Абверкоманды и абвергруппы 1 и 2-го отделов Абвера свою работу по переброске и вербовке агентуры ни с кем не контактировали, за исключением того, что технически переброска осуществляется через отдел 1C дивизий. Причем начальники отделов 1C дивизий о необходимости содействовать абверкомандам в переброске агентуры, заранее информируются начальником отдела 1С армии или группы армий.
Переброска агентуры, как правило, производилась на одних и тех же участках фронта в каждой армии. Делалось это потому, что на том участке фронта, где уже однажды агентура была переброшена, командир соответствующей пехотной роты и начальник отдела 1C дивизии знали, как эту переброску производить, и таким образом следующая переброска с этой стороны никаких затруднений представлять из себя не могла.
В первые месяцы после начала войны Германии против СССР, Абвер имел на Восточном фронте 13 разведывательных школ, в которых одновременно получали подготовку порядка 2 тысяч будущих агентов. В этот же период времени Абвером в расположение советских фронтовых соединений и частей, а так же в прифронтовую полосу было заброшено около 5 тысяч агентов. (журнал «Родина» 2013 4 с.8.)
К концу 1943 года у руководства нацисткой Германии накапливалось всё больше и больше недовольства по отношению к Абверу и ещё больше претензий к его начальнику адмиралу Канарису, которого начали подозревать в сотрудничестве с англо-американским блоком. Удар по Канарису последовал в марте 1944, после того когда в феврале 1944 бежали к англичанам в Каир 11 офицеров Стамбульской резедентуры Абвера. В том числе к англичанам тогда перешли Гамбургер, Клетниковски, Фермерен, графиня Плеттенберг и еще семь человек. Вскоре после этого Канарис был отстранён от занимаемой должности, а на его место был назначен полковник Ханзен.