22 июня Политбюро ЦК приняло решение о военном положении. В этот день была издана директива СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О военном положении», согласно которой в районах, объявленных на военном положении, все функции государственной власти в отношении обороны, обеспечения общественного порядка и государственной безопасности передавались военным властям. В этот же день был опубликован Указ Президиума Верховного Совета СССР о мобилизации, которым объявлялась мобилизация военнообязанных 19051918 гг. рождения на территории всех военных округов, кроме Средне-Азиатского, Забайкальского и Дальневосточного. Первым днем мобилизации объявлялось 23 июня, что позволяло сразу же дать необходимое пополнение тем дивизиям, в которых был некомплект в личном составе, и довести их численность до штатов военного времени, а также давало возможность начать формирование новых соединений, необходимых для усиления действующей армии.
В самом начале войны руководство всеми Вооруженными Силами осуществлял Главный военный совет. Однако сложившаяся обстановка настоятельно потребовала создания специального руководящего военного органа, достаточно централизованного и гибкого, чтобы успешно осуществлять стратегическое руководство военными действиями. Таким органом стала Ставка Главного командования, образованная 23 июня в составе народного комиссара обороны маршала С. К. Тимошенко (председатель), начальника Генерального штаба генерала Г. К. Жукова, И. В. Сталина, В. М. Молотова, маршалов К. Е. Ворошилова и С. М. Буденного; наркома Военно-Морского Флота адмирала Н. Г. Кузнецова. При Ставке создавался институт постоянных советников, в качестве которых были утверждены члены и кандидаты в члены Политбюро ЦК партии, руководящие работники Наркомата обороны: Н. Ф. Ватутин, Н. А. Вознесенский, Н. Н. Воронов, А. А. Жданов, П. Ф. Жигарев, К. А. Мерецков, Л. 3. Мехлис, А. И. Микоян, Б. М. Шапошников и др.
На Ставку было возложено не только стратегическое руководство военными действиями Вооруженных Сил, но и подготовка резервов, разработка замыслов и планов важнейших операций, организация дальнейшего развертывания и совершенствования армии и Флота применительно к требованиям войны.
10 июля в целях приближения стратегического руководства к войскам действующей армии были созданы главные командования на трех стратегических направлениях советско-германского фронта: Северо-Западное, Западное и Юго-Западное, главнокомандующими которых были назначены члены Ставки маршалы К. Е. Ворошилов, С. К. Тимошенко, С. М. Буденный, членами военных советов А. А. Жданов, Н. А. Булганин (с 19 июля 1941 г.), Н. С. Хрущев (с 5 августа 1941 г.), начальниками штабов генералы М. В. Захаров, Г. К. Маландин и А. П. Покровский. Одновременно произошли некоторые изменения и в составе Ставки, которая с 10 июля стала называться Ставкой Верховного командования. Председателем Ставки стал И. В. Сталин, который по решению Политбюро,
принятому 19 июля, был назначен народным комиссаром обороны СССР, а с 8 августа одновременно стал и Верховным главнокомандующим.
Одним из наиболее крупных мероприятий в деле централизации политического, государственного и военного руководства, обусловленных требованиями военного времени, явилось создание, на основе решения Президиума Верховного Совета СССР, ЦК ВКЦ(б) и СНК СССР от 30 июня 1941 г., чрезвычайного органа Государственного Комитета Обороны (ГКО) под председательством И. В. Сталина.
В совместном постановлении говорилось: «Президиум Верховного Совета СССР, Центральный Комитет ВКП(б) и Совет Народных Комиссаров СССР ввиду создавшегося чрезвычайного положения и в целях быстрой мобилизации всех сил народов СССР для проведения отпора врагу, вероломно напавшему на нашу Родину, признали необходимым создать Государственный Комитет Обороны под председательством т. Сталина И. В.
В руках Государственного Комитета Обороны сосредоточивается вся полнота власти в государстве. Все граждане и все партийные, советские, комсомольские и военные органы обязаны беспрекословно выполнять решения и распоряжения Государственного Комитета Обороны»
Создавая ГКО, партия в качестве прообраза этого органа имела в виду Совет рабочей и крестьянской обороны, который успешно действовал в годы гражданской войны и иностранной военной интервенции. Но по сравнению с Советом рабочей и крестьянской обороны функции Государственного Комитета Обороны, как это видно из постановления о его создании, были значительно расширены. На него возлагалось все партийное и советское руководство в государстве, в его руках сосредоточивалась вся полнота власти на период военного времени, его постановления имели силу законов. Для оперативного решения ряда вопросов, и прежде всего вопросов, связанных с организацией и развитием военного производства, был учрежден специальный институт уполномоченных ГКО, в качестве которых были утверждены секретари партийных комитетов крупнейших промышленных краев, областей и центров страны.
Помимо Государственного Комитета Обороны во многих городах прифронтовой полосы были образованы местные чрезвычайные органы городские комитеты обороны, объединявшие под своим партийным руководством всю гражданскую и военную власть на местах. Такие комитеты были созданы в Ленинграде, Севастополе, Туле, Ростове, Сталинграде, Курске всего более чем в 50 городах страны.