Когда стало очевидным, что карликовые лодки не могут быть эффективными при атаке хорошо охраняемых объектов, МГШ решил использовать их для обороны побережья и портов. Для этой цели в начале 1943 г. на о. Кыска перевезли три корабля типа А, но до момента оккупации о-ва противником они в строй введены не были. Как показали испытания во Внутреннем японском море, лодки данного типа имели недостаточную автономность, что привело к созданию серии С с увеличенными размерами и дизель-генератором для подзарядки АБ. Эти корабли располагались на специальных площадках у побережья, спускались на воду при помощи рельсовой системы и лебедок. Из 15 лодок данного типа четыре японцы потеряли в Цебу, две в Замбоанге и две в Давао. Известно, что две из них (На-69 и Ha-76) были потоплены при атаке американского конвоя у о-ва Миндоро.
Во время боев за Филиппины также использовались лодки типа D. В отличие от предшественниц, они имели большие радиус действия и глубину noгружения, довольно совершенную конструкцию, высокую скорость подводного хода. Они несколько раз выходили в атаку на хорошо охраняемые конвои противника. Ha-84, например, трижды участвовала в операциях подобного рода. 25.01.1945 г. она вместе с Ha-76 и Ha-81 попыталась потопить американские десантные суда у Миндоро. Эта, равно как и другие групповые атаки карликовых ПЛ, была плохо скоординирована и не согласовывалась с другими силами флота. Сознавая недостатки кораблей типов А, В, C и D, японцы пришли к идеи создания лодки истребителей Кайрю. В начале 1944 г. инженер Асако в Школе механиков флота сформировал проектную группу, которая начала работы над "металлическим объектом S". В мае 1944 г. были построены два прототипа. После их испытаний проект несколько переработали с целью создать многоцелевой корабль, предназначенный для нападения и защиты. Задача нападения заключалась в ожидании на путях перехода конвоев противника. Однако, основной задачей считалась оборона территории Метрополии от артиллерийского обстрела и высадки десанта. В январе 1945 г. MГШ заказал 560 Кайрю.
Японские карликовые лодки за время войны на Тихом океане не смогли добиться существенных результатов. Прежде всего это объясняется их техническим несовершенством и плохой организацией боевого использования. Корабли не имели радиотехнического вооружения (за исключением средств связи), обладали сравнительно большими размерами, высоким уровнем первичных физических полей и слабым торпедным вооружением. Им приходилось npopывaть сильную противолодочную оборону противника и оперировать в районах, где было ограничено маневрирование по курсу и глубине. Кроме того, японцам так и не удалось организовать массированное использование этого вида оружия. Экипажи лодок были слабо подготовлены и не представляли себе обстановку в районе боевых действий. С момента спуска на воду (или отрыва от носителя) им приходилось действовать абсолютно автономно. Судя по всему, MГШ понимал эти проблемы. В результате появились кайрю карликовые лодки небольших размеров с большой глубиной погружения, оснащенные примитивными шумопеленгаторами. Кроме того, флот пополнился множеством носителей, среди которых выдeлялся крейсер Китаками. Идея использования этих кораблей была проста. Они выходили навстречу авианосным соединениям противника, по мере возможности сближались с ним и затем спускали на воду свои лодки. При этом судьбой
носителя не интересовались. Разрабатывался вариант использования того же Китаками, при котором карликовые ПЛ могли бы использоваться после гибели крейсера.
Лодки воюющих сторон часто попадали в дуэльную ситуацию, и сравнение их боевых возможностей весьма интересно. Так, "американцы" при водоизмещении в надводном положении 1526 т и подводном 2424 т имели корпус длиной 95,6 м и шириной 8,35 м, два дизеля, суммарной мощностью 5400 л. с., обеспечивавших скорость надводного хода 20,25 узла, а подводная достигала 8,75 узла. Торпедное вооружение состояло из 10 533-мм ТА и 24 торпед, а артиллерийское из высокоскорострельных 102-мм и 76,2-мм орудий. Корабли были оснащены радиолакационными станциями обнаружения надводных и воздушных целей, станцией радиотехнической разведки и гидроакустическими приборами. Все механизмы имели двухкаскадную амортизацию, значительно снижавшую уровень шумов. Сравнительно небольшой запас плавучести делал американские лодки малозаметными, что выгодно отличало их от японских аналогов. Среди японских кораблей противостоять им могли лишь патрульные и лодки атаки, которые имели слишком большие размеры, малую маневренность, высокий уровень первичных физических полей, хорошо заметный силуэт и сравнительно небольшое число 5ЗЗ-мм ТА без устройств быстрой перезарядки, но самое главное у них отсутствовало радиотехническое вооружение, а то, которое появилось в середине 1944 г., по своим характеристикам значительно уступало американским образцам. Кроме того, долгое время отсутствовали правила его боевого использования. В результате атак со стороны лодок японцы потеряли 20 своих кораблей или 15,3 % от общего числа потерь. Противник, как правило, обнаруживал их в надводном положении при помощи оптических приборов или радиотехнических средств. Как утверждают американцы, экипажи японских лодок даже не успевали среагировать на атаку. Судя по всему, организация службы на мостиках японских кораблей была недостаточно хорошей, особенно в конце войны. Среди американских лодок лучших результатов добилась Batfish, потопившая три японских корабля (Ro-55, Ro-112 и Ro-113).