В монографии Н. Б. Голиковой, посвященной привилегированным купеческим корпорациям допетровской России, Федор Иванович Андронов упоминается среди купцов, пополнивших Гостиную сотню в царствование Бориса Годунова, а в итоговой таблице пребывание Андронова в составе этой второй по значению служилой купеческой корпорации датируется 16061611 гг. Вместе с тем Андронов ни от одного из правителей России не получал звания гостя.
Еще до 1605 г. Андронов близко сошелся с подьячим Посольского
приказа Марком Поздеевым («пивали с ним и едали, и вино, и хлеб он у него имывал»). Такое знакомство, видимо, позволяло ему ускорить оформление в Посольском приказе проезжих грамот для поездок в соседние страны. Он продолжал снабжать Поздеева вином и продуктами и после воцарения В. И. Шуйского. При Лжедмитрии I, остро нуждавшемся в финансовых средствах, Андронов подрядился на продажу казенной пушнины по записи с порукой. В роли его поручителей выступили несколько московских гостей.
Ошибочно полагая, что «уже в 1608 г., при царе В. Шуйском, Андронов был печатником и думным дьяком Посольского приказа», В. О. Ключевский не считал его появление в 1610 г. в составе Боярской думы «необычайным актом королевского произвола, как это казалось после большим боярам». При этом историк сослался не на документ эпохи Смуты, а на сочинение Г. Ф. Миллера «Московские и другие старинные приказы», опубликованное в 1791 г. в «Древней российской вивлиофике». В нем Ф. Андронов почему-то упоминается в 1608 г. как «печатник и думной дьяк». По столь же ошибочному утверждению Н. Б. Голиковой, Андронов при В. И. Шуйском стал царским казначеем. В действительности с мая 1606 по июль 1610 г. на этой важнейшей финансовой должности находились другие лица В. П. Головин, В. Тараканов, Д. И. Мезецкий, М. Булгаков, М. Коробейников. Наоборот, в правление В. И. Шуйского положение Андронова, попавшего под подозрение в обогащении за счет казны и злоупотреблениях при сбыте пушнины, пошатнулось. Не дожидаясь окончания разбирательства и вынесения решения, нечистый на руку купец в конце 1608 либо в начале 1609 г. перебрался из Москвы в Тушинский лагерь и стал служить самозванцу Лжедмитрию II, который назначил его думным дьяком и казначеем.
Наряду с Андроновым дьяками в Смутное время стали еще несколько выходцев из торговой среды: гости Меньшой Булгаков, Кирилл Скоробовицкий, члены Гостиной сотни Булгак Милованов и Ждан Шипов. Если для первых это было повышение на одну ступень на чиновной лестнице, то для вторых сразу на две. В декабре 1609 г., когда Тушинский лагерь в связи с успехами войска М. В. Скопина-Шуйского и Я. Делагарди, бегством Лжедмитрия II в Калугу и уходом части его сподвижников к польскому королю Сигизмунду III распался, Андронову пришлось себе искать нового покровителя. В самом начале 1610 г. в составе делегации русских тушинцев он также отправился под Смоленск, в лагерь Сигизмунда III. Вероятно, Андронов был причастен к составлению той из статей тушинского посольства (4 февраля 1610 г.), в которой речь шла об условиях международной торговли России, в том числе с Польшей. Польский король Сигизмунд III, не будучи коронованным правителем России, действуя в соответствии с законодательством Речи Посполитой, возвел Андронова в чин думного дворянина.
Своей последующей деятельностью Андронов оправдал королевское доверие. По информации польского гетмана С. Жол-кевского, 29 августа 1610 г. под Москву приехал из Смоленска «некто москвитянин Федор Андронов, который доставил гетману письмо от е. в. короля, заключавшее в себе то, чтобы гетман принимал власть не на имя королевича, а на имя самого е. в. короля». Как предположил Б. Н. Флоря, в сентябре 1610 г. Андроновым был составлен список приверженцев («ушников») царя Василия Шуйского. Он же в другом документе перечислил русских людей, верно служивших и продолжающих служить Сигизмунду и его сыну королевичу Владиславу, назвав кандидатуры руководителей приказов, в большинстве своем прошедших через Тушинский лагерь. Сам Андронов хотел стать во главе Челобитного приказа, но не получил тогда от короля этот пост. В конце августа 1610 г. Андронов в письме литовскому канцлеру Льву Сапеге, извещая его о событиях в Москве, советовал принять меры к обеспечению власти поляков в столице («да и в Приказы б потреба инших приказных людей посажать, которые бы его королевскому величеству прямили, а не Шуйского похлебцы») и просил ходатайствовать перед польским королем о пожаловании себе поместья: «в Зубцовском уезде селцо Раменье да селцо Шубино с деревнями».
С 7 ноября 1610 г. Андронов вместе с окольничим В. П. Головиным
возглавил Казенный двор в Москве. А 25 февраля следующего года во главе Казенного двора указаны думный дворянин Андронов, дьяки М. Булгаков и М. Коробейников. Как повествуется в Новом летописце, гетман С. Жолкевский, «егда бысть на Москве, государевою казною всею нача владети и литовским людем давати, а король приела в казначеи московского изменника, торгового мужика гостиной сотни, Федьку Андронникова», который «ноипаче московским людем пакость делаше».