Рукопись вызвала категорические возражения редакции. Возник серьезный конфликт. По словам Бенуа, Философов «из «тактических соображений» не пожелал поместить приготовленную мною статью, в которой я касался темы, не утратившей своей актуальности и поныне. Под предлогом восторженного описания одной картины Питера Брейгеля я вздумал выступить в защиту «сюжетной» живописи и даже того самого «жанрового анекдота», против засилия которого в русской школе я же до того ратовал во имя «чистой» живописи. Наша размолвка приняла довольно острый характер не только с ним, но и с Нувелем и с Бакстом, и, в конце концов, я даже объявил им о своем полном нежелании участвовать в журнале».
Однако, возвратившись весной 1899 года в Петербург, Бенуа стал одним из активнейших членов редакции. Видимо, поддавшись увещаниям Дягилева, решительно и властно проводившего в журнале свою тактическую линию, он капитулировал. Неустойчивость характера привела его к сдаче позиций в одном из самых центральных вопросов развертывающейся борьбы. Несмотря на то что его собственное творчество, как и творчество его друзей, строилось на «повествовательном принципе», к последовательной защите сюжетной живописи Бенуа вернулся лишь спустя десятилетие.
С приездом Бенуа в Петербург структура журнала меняется. В Главное управление по делам печати поступает заявление Дягилева с просьбой разрешить выделить из отдела «Художественной хроники» самостоятельный отдел, посвященный вопросам художественной и литературной критики. Принципам графического оформления журнала придается еще
большее значение. Наряду с Бакстом его оформителем стал Е. Лансере. По настоянию Бенуа был уменьшен формат издания, оформление выдерживалось в ажурной черно-белой манере, текст набирался шрифтом времен Елизаветы, найденным на складах Академии наук, тщательно обсуждалась каждая иллюстрация, заставка, виньетка, инициальная буква, их размер и расположение на журнальной странице. Ведь сам журнал, по убеждению его издателей, должен был выглядеть как произведение искусства.
Влияние Бенуа на молодых мастеров, с ним соприкасавшихся, трудно переоценить. Среди художников нередко встречаются нелюдимы, творящие в тиши мастерской. Бенуа не любил оставаться один. Его грандиозный архив содержит тысячи писем, документов, фотографий, свидетельствует о необычайной активности художника, о почти неимоверном количестве людей и дел, с которыми он близко связан. Веселый и всегда оживленный, Бенуа испытывал непрестанную потребность в общении, в обмене мыслями и знаниями. Характер его оставлял желать лучшего: он горд и самолюбив, вспыльчив и чуток к малейшей обиде. Но ему многое прощали. Ценили за острый ум, энциклопедическую начитанность, фантазию, казавшуюся неисчерпаемой, и, конечно, за способность воспламеняться, вдохновляться каждым новым начинанием. Он, как никто, умел создать вокруг себя атмосферу творческого горения. Не потому ли у него было достаточно не только противников, но также друзей и почитателей, находившихся под обаяниям его эрудиции, страстного отношения к своему делу и тонкого «чувствования» произведений искусства? Не удивительно, что творчество многих художников «Мира искусства» оказывается непонятным без знакомства с идеями, работой и жизнью Бенуа. Пожалуй, все они одни в большей, другие в меньшей степени проходили ту «школу», о которой потом благодарно вспоминала Остроумова-Лебедева:
«У него был огромный педагогический дар. Чаще всего, когда я бывала у него, он открывал большой сундук, наполненный папками с увражами Это были огромные фолианты с великолепными изображениями архитектурных памятников всех стран, со снимками бессмертных произведений живописи и скульптуры, всевозможные эстампы и бесчисленные фотографии. Обыкновенно он усаживал меня за стол в своем кабинете, клал передо мною какой-либо фолиант и предлагал мне переворачивать страницы. Стоя около, он объяснял мне и собравшимся вокруг своим друзьям достоинства, характер и особенности изображений, причем возникал живой обмен мнений.
При этом я поняла, что мало «смотреть» на снимок, это всякий умеет, а надо уметь «видеть» и рассматривать его. В это умение входят восприятие и оценка форм и линий данного изображения до мельчайших его подробностей, необходимость понять смысл этого произведения, замысел художника и уловить то неуловимое, что не поддается анализу и что составляет самое существенное в настоящем произведении искусства я проходила у него, незаметно для себя, школу художественного вкуса, культуры и знания».
Свои статьи в журнале, в которых впервые в русской художественной критике выдвинуты задачи глубокого стилистического анализа, Бенуа посвящает по преимуществу отечественному искусству. Он регулярно выступает как художественный критик, отстаивает от нападок Врубеля, защищает Сомова (заметим, что в статье о Сомове чрезвычайно интересен разговор о рисунке, впервые в русской критике рассматриваемом как особый и важный вид графики), рецензирует выставки, театральные премьеры и новые книги. В ряде статей анализирует творчество живописцев прошлого Брюллова, Бруни, Федотова.