В конце мая 1940 года в подчинение командующего Забайкальским военным округом передается 17-я армия, дислоцирующаяся в Монголии.
И. С. Конев немедленно выехал в Улан-Батор, познакомился с руководящим составом армии: ее командующим генерал-лейтенантом П. А. Курочкиным, начальником штаба генерал-майором А. И. Гастиловичем, начальником политотдела бригадным комиссаром В. К. Цебенко, начальником артиллерии генерал-майором Ф. Г. Корзиным и другими. Затем он провел серию учений с мотострелковыми и танковыми дивизиями, бронебригадами и отдельным мотоциклетным полком, которую завершило командно-штабное учение полевого управления армии со средствами связи. Подводя итоги, Иван Степанович отметил неплохую сколоченность и оперативного и разведывательного отделов штаба, вместе с тем отметил серьезные недостатки в работе отдела тыла, высказал ряд рекомендаций по организации управления, в том числе с использованием подвижных средств связи.
Командующий округом отдал указания по дальнейшей организации оперативной и боевой подготовки в армии, бытового устройства войск. Он приказал уточнить план прикрытия государственной границы, согласовать его с командованием Монгольской народно-революционной армии и не позднее 1 августа представить ему на утверждение. В воскресенье И. С. Конев вместе с командующим армией и маршалом X. Чойбалсаном присутствовал на «надоме» национальном празднике Монголии. На следующий день он вылетел в Читу, где ждали его неотложные дела.
Осенью 1940 года решался вопрос перестройки местных органов военного управления. К этому времени почти в три с половиной раза расширилась сеть районных военных комиссариатов. На территории округа создаются Бурят-Монгольский и Якутский республиканские, Читинский и Иркутский областные военные комиссариаты. Совершенствовалась организационная структура войск. Летом 1940 года начинает формироваться 5-й механизированный корпус. Создается Забайкальская зона ПВО. Улучшается система авиационного тыла частей округа.
В начале 1941 года по предложению И. С. Конева Военный совет активизировал работу с командным составом. К этому времени были разработаны и введены новые уставы Боевой устав пехоты, Боевой устав танковых войск, Устав тыла, Строевой устав, Устав гарнизонной и караульной служб. В феврале Иван Степанович был вновь вызван в Москву. Он получил назначение на должность командующего войсками Северо-Кавказского военного округа. В Генеральном штабе Конев ознакомился с материалами, свидетельствующими о подготовке Германии к нападению на Советский Союз, узнал о разработке постановления СНК «Об усилении противовоздушной обороны СССР», о ближайших мероприятиях по реорганизации бронетанковых и механизированных войск. Вернувшись в Читу, Конев передал дела своему преемнику Павлу Алексеевичу Курочкину, распрощался с сослуживцами и убыл в Ростов-на-Дону. Спустя неделю экспресс Владивосток Москва увозил на Северный Кавказ и семью Ивана Степановича: жену Анну Ефимовну, дочь Майю и сына Гелия.
Северо-Кавказский военный округ был одним из старейших в стране. Его история начинается 4 мая 1918 года. И. С. Конев вступил в командование округом в дни, когда в стадии формирования находились стрелковые в кавалерийские дивизии, танковые бригады, артиллерийские части и авиационные дивизии, переходившие на новый штат. Войска округа получали лучшую по тому времени технику. Все это требовало напряженной организаторской работы Военного совета округа, его штаба. Основное внимание было уделено боевой и политической подготовке войск. Делалось это с учетом опыта, полученного советскими войсками на реке Халхин-Гол и во время вооруженного конфликта с Финляндией. Анализировалась также работа по изучению опыта начавшейся Второй мировой войны.
Обстановка в мире становилась все более угрожающей. В июле 1940 года главное командование сухопутных войск Германии приступило к разработке плана войны с Советским Союзом. С 29 ноября по 7 декабря в штабе германского главнокомандования проводится оперативно-стратегическая военная игра по одному из его вариантов, а 18 декабря Гитлер подписал директиву 21, так называемый план «Барбаросса» план нападения на Советский Союз.
Зимой 1940/41 года в войсках округа проводится ряд командно-штабных и войсковых учений, оперативных игр, полевых поездок. Иван Степанович стремился применить на практике основные положения теории глубокой наступательной операции, требования приказа Наркома обороны «учить войска тому, что необходимо на войне».
«Мы, вспоминал генерал Н. М. Хлебников, в то время начальник артиллерии округа, тотчас почувствовали твердый характер и целевую направленность нашего нового командующего».
Проводилось первое окружное учение
с выходом в поле. Наглядно, в обстановке, максимально приближенной к боевой, отрабатывалось взаимодействие войск, проверялось умение всех звеньев командного состава действовать в обороне и наступлении.
Учение предполагалось завершить прорывом заранее подготовленной обороны условного противника. Ему, как старшему артиллерийскому начальнику наступающей стороны, командующий приказал обеспечить атаку пехоты и танков огневым валом.