Само существование подобных организаций, как и общин сюгэндзя, ставила первейшим условием соблюдение секретности во всем, что касалось целей, методов и состава участников. Разглашение подобных сведений властям могло повлечь за собой гибель многих людей, поэтому за такую «провинность» предатель всегда карался смертью. Причем, даже если его предательство и было успешным, то даже один оставшийся в живых участник обязан был отомстить изменнику. Месть ниндзя вошла в народные сказания как нечто страшное и неотвратимое, поэтому и в те времена, и в последствии в кланах, практиковавших нин-дзютсу, практически не было предателей. Впоследствии ниндзя предпочитал вытерпеть все мучения или убить самого себя, но не выдать врагу секретных сведений. Эти качества он впитывал с молоком матери, и они стали одной из отличительных черт "Искусства терпеливых".
Система подготовки и методы, используемые для достижения той или иной цели, варьировалась от клана к клану, однако как в системах Сохэй, так и в "деревенских общинах было много общего. Это объясняется схожестью целого ряда задач и способностей, которые были заложены в эти системы самой жизнью. Это умение молниеносно маскироваться, используя любые подходящие для этой цели средства; мастерски вживаться в образ другого человека для того, чтобы скрыть свои истинные намерения (что впоследствии было развито до совершенства и с упехом использовалось в шпионско-диверсионных операциях); владение подручными средствами и голыми руками для того, чтобы противостоять вооруженным воинам при нападении, что потребовало от мистически настроенных
монахов и мирных крестьян особой изобретательности и изощренности в совершенствовании известных им приемов; умение быстро, долго и далеко бежать, чтобы уйти от погони и развитие всех чувств, чтобы вовремя распознать опасность; владение основами лечения настоями из трав и прижиганиями, а также управление энергией КИ. Практически все основные кланы, т. е. семейно-целевые организации, независимо от размеров (от нескольких десятков до многих сотен членов) сложились на рубеже 1112 веков, совершенствуясь от поколения к поколению. Их селения были разбросаны по всей стране, однако естественными центрами развития искусства ниндзя стали лесистые горные районы ИГА-МОНО и КОГА-МОНО, где развились два основных направления нин-дзютсу ИГА-РЮ и КОГА-РЮ, насчитывавшие десятки ответвлений и сотни участников.
В этот период японской истории в стране шла жестокая борьба между двумя большими феодальными кланами МИНАМОТО и ТАЙРА (1112 в.в.), результатом которой стало падение дана ТАЙРА и установление в 1185 г. Камакурского сёгу-ната, что повлекло за собой то, чта основной политической силой в Японии стали самураи. Приход к власти ЙОРИТОМО МИНАМОТО повлек за собой резкое обострение противоречий между кланами самураев и вся страна оказалась раздираемой мятежами, конфликтами и войнами князей друг против друга. В этот период кланы ниндзя часто пополнялись за счёт ронинов самураев, потерявших своего сюзерена, которые в благодарность за оказанное гостеприимство делились секретами своего боевого мастерства, чем пополнили и без того уже обширные знания теневых воинов. Однако со временем доступ в горные общины был практически прекращен и кланы ниндзя превратились в полностью закрытые организации, построенные на строжайшей дисциплине, скрепленные узами семейного родства и окутанные покровом тайны.
Политическая жизнь в стране не прошла мимо кланов ниндзя. Все острее разгоралась борьба между князьями и их дружинами, что потребовало большого количества разведчиков и диверсантов для успешного ведения военных действий. Поэтому многие из князей и крупных феодалов заключают договоры с различными кланами ниндзя или же нанимают их отдельных членов (конечно, с согласия руководства клана) для выполнения всевозможных заданий: сбора сведений, наблюдения, убийства, диверсии и т. п. Обьясняется это просто от лазутчика или шпиона в те далекие времена требовалось наличие огромного количества различных качеств и способностей, многими из которых владели только принадлежащие к тайным общинам или традициям монахов-воинов сохэй В этот период (1213 вв.) начинают появляться чисто шпионско-диверсионные организации, не имеющие ничего общего с традициями сюгэндзя, или "лесными крестьянами", и готовящие лиц типа современных «коммандос» для выполнения различных тайных поручений своего хозяина, по желанию которого они и создавались. Эти школы нельзя назвать "школами ниндзя" в чистом виде, хотя они и использовали методы и способы ночных воинов.
Дело в том, что постижение истинного учения какого-либо направления нин-дзютсу ("НИН-ХО" по яп.) было возможно лишь в том случае, если адепт принадлежал к клану «ИТИ-МОН» (буквально-"Единому пути" или "Единым вратам"), в котором вся традиция и весь опыт школы были сосредоточены в руках СОКЁ "Носителя традиции", который одновременно являлся и руководителем клана. В самом клане все без исключения (как мужчины, так и женщины) являлись членами организации и выйти из клана можно было лишь в том случае, если провинившегося изгоняли из организации, но чаще преступившего законы ИТИ-МОН попросту убивали.