27 сентября в Пекин прибыл германский фельдмаршал Вальдерзее, назначенный кайзером командующим всеми немецкими войсками в Китае. Судя по всему, фельдмаршал не отличался большим умом он сразу же потребовал себе поста главнокомандующего объединенными союзными силами как представитель наиболее «пострадавшей» державы. Представители остальных стран с радостью согласились передать немцу всю грязную работу по руководству карательными экспедициями. В этом Вальдерзее преуспел между 12 декабря 1900-го и концом апреля 1901 года им было организовано 45 экспедиций, в 35 из которых участвовали только немецкие солдаты.
Россия, формально находящаяся с Китаем в союзнических отношениях, предпочла уклониться от участия в этих акциях. Русские войска покинули Пекин вскоре после захвата китайской столицы интервентами, еще до прибытия сюда Вальдерзее. Позднее Россия настаивала на выводе иностранных войск из Китая но в то же время ее войска продолжали оккупировать Маньчжурию, что обостряло противоречия между Россией и другими державами. Вдобавок в октябре ноябре 1900 года русские войска без противодействия китайцев заняли строящийся на английские деньги порт Нючжуан и участок железной дороги Шанхайгуань Пекин, а также всю южную Маньчжурию до границы провинции Чжили. Идя еще дальше, командующий Приамурским военным округом генерал Гродеков предлагал не возвращать Китаю правый берег Амура, ибо «китайцы очень скоро войдут в силу, будут в состоянии со своего берега разгромить наши поселения и сделают для нас невозможным всякое сообщение по названной реке» .
Лишь 7 сентября 1901 года китайское правительство подписало так называемый «Заключительный протокол», предусматривавший уплату Китаем контрибуции в 450 млн лян (а с процентами до 1940 года 980 млн лян, или 15 млрд рублей золотом), уничтожение укреплений Дагу, запрещение на два года ввоза оружия в Китай и предоставление иностранным государствам права держать войска для постоянной охраны посольств.
8 апреля 1902 года наконец-то было подписано русско-китайское соглашение о выводе русских войск из Маньчжурии. По нему Россия обязалась вернуть Китаю железную дорогу Шанхайгуань Инкоу Синьминьтун, а Китай в свою очередь не должен был «приглашать другие державы участвовать в охране, постройке и эксплуатации» дороги и позволять «иностранным державам занимать возвращаемую русскими территорию». Россия должна была в течение шести месяцев вывести свои войска из юго-западной части Мукденской провинции, в следующие шесть месяцев из остальной части Мукденской провинции, а еще в следующие шесть месяцев (то есть с 8 апреля по 8 октября 1903 года) все войска из провинции Хэйлунцзян, «буде не возникнет смут, и образ действий других держав тому не воспрепятствует» .
Однако 18 апреля 1903 года китайскому правительству были предъявлены дополнительные условия выполнения Россией соглашения не допускать экономической деятельности иностранцев на очищаемых от русских войск территориях и не отчуждать их в пользу иностранных держав. Китай отказался выполнять эти условия, а 12 августа 1903 года через японского посланника в Петербурге был передан японский проект соглашения по Корее и Маньчжурии. Он предусматривал признания Россией исключительных прав Японии в Корее и одновременно равных с Россией экономических прав в Маньчжурии (за Россией признавались лишь преимущественные права в железнодорожном строительстве). В ответ российское правительство 5 октября предъявило Японии свой проект соглашения, который оставлял Маньчжурию целиком в русской сфере влияния,
признавая лишь японские интересы в Корее причем без права вводить туда войска без консультаций с Россией и вообще использовать территорию Кореи в стратегических целях. Вся территория севернее 39-й параллели объявлялась нейтральной, ни одна из сторон не могла держать там какие-либо вооруженные силы (5-й и 6-й пункты проекта).
21 декабря последовал японский ответ, выражавший несогласие с нейтрализацией Кореи и запрещением Японии использовать ее в военных целях. 6 января 1904 года Япония получила ответ России. Она продолжала настаивать на 5-м и 6-м пунктах октябрьского проекта, предлагая в обмен отказ от исключительных прав в Маньчжурии: Россия «не будет чинить препятствий Японии и другим державам в пользовании правами и преимуществами, приобретенными в силу существующих договоров с Китаем, за исключением устройства сеттльментов» .
В ответ на это предложение 13 января 1904 года Япония фактически выдвинула ультиматум России: ее окончательными условиями были полная свобода рук в Корее и признание равных прав всех государств в Маньчжурии.
Российский ответ на этот ультиматум был сформулирован в самом конце января и выдержан в примирительных тонах: Россия соглашалась на равенство прав всех держав в Маньчжурии при условии сохранения территориальной целостности Китая, отказывалась от требования нейтральной зоны в Корее, но продолжала настаивать на неиспользовании территории Кореи в стратегических целях.