В 1919 году Силин руководил политотделом дороги, боролся с саботажниками из числа чиновников-железнодорожников, мобилизовал людей на восстановление транспорта.
С конца 1919 года топливный кризис в стране принял угрожающий характер. Советом обороны вывоз топлива был приравнен к выполнению военно-оперативных заданий. По постановлению Совета Народных Комиссаров в начале 1920 года Александра Филипповича направляют на этот ответственный участок работы.
«Для руководства всеми операциями по экстренной вывозке дров из района Самаро-Златоустовской железной дороги»,
Где бы ни работал Силин, он лично брался за самое трудное, самое опасное.
«Пользуется большим авторитетом у железнодорожников, имеет на них сильное влияние»,
В мае 1920 года партия направляет испытанного большевика в органы ЧК. Он получил должность начальника транспортной ЧК трех железных дорог: Самаро-Златоустовской, Троицкой и Волго-Бугульминской.
С первых дней работы в органах госбезопасности Александр Филиппович много раз возглавлял отряды, участвовавшие в подавлении банд, орудовавших в районе железных дорог. Наиболее серьезными были операции против банд зеленых, напавших на Златоуст и пытавшихся толкнуть на преступный путь железнодорожников. Смелость, решительность, внезапность действий Силина обеспечивали успех подобных операций. Транспортная ЧК так же успешно боролась с другими врагами республики: ворами, крупными спекулянтами и антисоветскими группами, беспощадно разоблачала саботажников.
У Силина проявились замечательные организаторские способности и качества, необходимые большому руководителю. Он за короткое время разобрался в работе всех подразделений руководимого отдела и периферийных органов, выявлял недостатки и мастерски устранял их. Александра Филипповича возмущало, что в отделе нет строгого учета дел, нельзя сразу узнать, за кем из сотрудников числится тот или иной арестованный, кто ответствен за ведение дела. Не было должного порядка в обращении с деловыми бумагами, подчас очень важными, что создавало безответственность и оставляло возможность для злоупотреблений.
Сотрудники работали напряженно и с большой нагрузкой. За четыре месяца с начала работы Силина в отделе возникло более 1200 дел, и только четко поставленный учет мог обеспечить наблюдение за их прохождением, избежать волокиты и нарушений законности. Вчерашний слесарь, затем боевой командир в годы революции стал умелым руководителем сложного аппарата.
Чекист понимал, что борьба с врагами молодой Республики Советов это не только операции с маузером в руках. Он много сделал, чтобы организовать и наладить кропотливую планомерную работу по выявлению и разоблачению скрытых врагов наймитов российской и иностранной буржуазии. Занимался разработкой служебных инструкций по чекистской работе и настойчиво добивался применения их на практике. Старался быть деловым и принципиальным во взаимоотношениях с руководством дорог. Однако некоторые чиновники от руководства дали понять Силину, что его благополучие зависит от того, будет ли он с ними ладить. Большевик заявил интриганам:
«Я должен работать в контакте с вами, но как чекист и коммунист от контакта в личных целях отказываюсь, если надо будет пойду против всей Самары».
Стремительный, вечно занятый делами, участник всех серьезных операций, он был исключительно скромен в личной жизни. Несмотря на высокий пост, большие полномочия и широкие возможности, Силин при жизни даже не успел получить квартиру и жил с семьей при отделе. Заявление чекиста на квартиру осело где-то у волокитчиков жилищно-коммунальных
инстанций, а других путей для получения квартиры он не искал. Квартиру предоставили семье уже после гибели Александра Филипповича.
Гражданская война заканчивалась, но по просторам Поволжья все еще рыскали недобитые банды. Они врывались в села, убивали коммунистов, отбирали у крестьян хлеб, терроризировали население.
Бандит Серов для привлечения на свою сторону крестьян всячески пропагандировал эсеровскую программу и лозунги. При своем штабе создал политический отдел, даже «реввоенсовет» и «следственную комиссию», состоявшие из отъявленных головорезов. Часть награбленного хлеба главарь раздавал голодающим, обещал райскую жизнь и уводил обманутых мужиков в другие села для новых погромов и грабежей.
Сарафанкин одно время примыкал к банде Серова, был у него членом «реввоенсовета», но лотом, вкусив власть, начал орудовать самостоятельно.
Особенно ощутимый урон несли от бандитских налетов станции Самаро-Златоустовской и Ташкентской железных дорог этих важных транспортных магистралей, соединяющих столицу с Сибирью, Уралом и Средней Азией. Обнаглевшие бандиты появлялись даже в районе Падовки, под самой Самарой. Неоднократно совершали набеги на села в районе Большой Глушицы и Большой Черниговки.
В июне 1921 года около разъезда 9, повредив полотно железной дороги, они устроили крушение поезда и захватили ценные грузы. Отягощенные добычей мародеры ушли в степные районы Оренбуржья. В начале августа бандиты в красных шароварах появились в Бузулукском уезде. В селе Александровском они напали на сельскохозяйственную школу. Небольшой отряд коммунистов, находившийся в ней, оказал налетчикам отчаянное сопротивление, однако в неравном бою все двадцать человек были перебиты. Бандиты забрали племенной скот и 500 пудов хлеба.