В судьбе Шемякина самое непосредственное участие принимал переводчик Пэр Йонссон, часто посещавший Россию в составе шведских посольств при Эрике XIV и Юхане III. Возможно, во время одной из таких поездок они и познакомились, и не исключено, что именно Йонссон способствовал бегству Шемякина в Швецию.
Юхан III рассчитывал при содействии Шемякина получить не только Нарву, но и крепости в Ингерманландии. С его помощью он надеялся склонить на свою сторону русских воевод этих крепостей. 23 июля он обратился с открытым письмом к русским князьям, воеводам, наместникам, архиепископам, епископам, игуменам, монахам, дворянам, детям боярским, стрельцам, купцам и простому народу:
«Нам стало известно, что вы живете в большом бесчестье и рабстве под властью вашего господина Великого князя московского. Он называет себя христианским государем, но поступает с вами как нехристианин и подвергает мучениям вас, ваших жен и детей Чтобы прекратить это, вы можете предаться нам, чтобы служить нам, и вы должны сделать это так, чтобы в наши руки перешли такие города, как Нотебург, Кексгольм со всей Карелией, а также Копорье, Ям и вся Ингерманландия, а также Ивангород со всеми владениями царя в Ливонии. А наместники и воеводы, под чьей властью находятся сейчас эти города, получат двойные владения и содержание до конца жизни по сравнению с тем, что они имеют сейчас от великого князя. К тому же они сохранят свои нынешние владения, которые со временем будут увеличены, если они будут верно служить нам.
Если же другие более отдаленные города, такие как Новгород и Псков по собственной воле отрекутся от клятвы и службы, которые они принесли московскому Великому князю, и поклянутся верно и честно служить нам и если они захотят иметь нас своим господином, то все наместники этих городов сохранят за собой эти города до тех пор, пока они живы. После же того, как они перейдут в наше владение, мы будем назначать в них русских наместников, рожденных в России.
Вы ведь знаете доверенного придворного великого князя Афанасия Васильевича Шемякина. Он прибыл сюда, в Швецию, чтобы служить нам, и мы оказали ему наши большие королевские милости, и мы не будем силой отвращать его от его религии, в которой он жил до сих пор. Также и вас, если вы захотите перейти на службу к нам, мы не будем силой обращать в другую веру Так зачем же вам терпеть такую жестокость, нехристианскую тиранию и жалкую смерть? Не лучше ли уйти к нам, христианскому господину, от такой большой жестокости? Вы можете действительно без всяких обиняков не опасаться какого-либо коварства или лжи. И вы можете предаться нам, христианскому господину, вместе с вашими женами и детьми. Тех же, кто не подчинится нам добровольно, мы вместе с нашим войском покараем огнем и мечом самым ужасным образом».
Это письмо, хранящееся в Государственном архиве Швеции, написано на русском языке и скреплено королевской печатью. Очевидно, в его составлении участвовали Пэр Йонссон и Афанасий Шемякин. По приказу короля Афанасий от своего имени написал письма воеводам Нотебурга, Кексгольма, Нарвы и Витгенштейна с призывом перейти на сторону шведов. Шведское правительство использовало русских перебежчиков так же, как литовское, которое с помощью Т. Тетерина, М. Сарыхозина и А. Курбского пыталось призвать к неповиновению и склонить на свою сторону русских бояр и воевод.
Таким образом, Юхан III использовал Афанасия Шемякина не только как источник информации, но и как аргумент в пропаганде, направленной как на шведов, так и на русских. Он рассчитывал также, что письма перебежчика, попав к Ивану Грозному, возбудят его подозрения, следствием чего будет усиление репрессий, что в свою очередь будет способствовать переходу русских людей на его сторону.
В августе 1574 г. Шемякин со своими слугами переехал в Вестерос. В 1575 г. в его отношениях с Юханом III происходит перелом. Очевидно, король начинает подозревать Афанасия в том, что тот прибыл в Швецию по поручению царя, чтобы отравить его вместе с женой и детьми. Весной
1576 г. король в беседе с Йонссоном относительно Шемякина высказал мнение, что подобные слухи имеют под
собой почву, и дал распоряжение усилить надзор за ним.
Подозрения против Шемякина, очевидно, не подтвердились, но и доказать свою невиновность он не мог. До конца 1577 г. он содержался в замке в Вестеросе. Режим его содержания не был особенно строгим: дверь в его помещении не запиралась, так что днем он мог выходить из замка; у него был слуга, который готовил ему пищу, он получал довольно приличное содержание. В 1578 г. он, очевидно, находится в Стокгольме, а в следующем году был переведен в Вадстену.
В ноябре 1580 г. Понтус Делагарди взял Корелу. В своем донесении королю он сообщил, что перешедшие на сторону шведов Иосиф Семенский и Афанасий Сабуров открыли ему, что боярин Афанасий Шемякин послан царем в Швецию для того, чтобы отравить короля. В марте 1581 г. Семенский и Сабуров прибыли в Стокгольм, чтобы лично подтвердить королю измену Шемякина. После беседы с ними Юхан III приказал ужесточить режим содержания Шемякина в Вадстене: лишить его свободы передвижения и перевести на хлеб и воду. Теперь в милости у него были Семенский и Сабуров. Весной 1585 г. они по поручению короля поехали в Кексгольм, чтобы привести население уезда к присяге Шведской короне.