В первые десятилетия своего существования молодой Орден подобно большинству орденов церкви не был составной частью строгой церковной иерархии, хотя и подчинялся местным епископам и патриархам. Однако в ситуации с Орденом госпитальеров дело обстояло следующим образом.
Возникший в 40-х гг. XI в. в Палестине он первоначально находился в подчинении у местных иерусалимских церковных властей. Получив впервые от лжепапы Гонория II подтверждение на свое существование, Орден в течение полувека пребывал в некотором неведении римского первосвященника. Только в 1113 г. папе Пасхалию II напомнили о нем. 15 февраля 1113 г. папа подписал буллу «Pio Postulatio» («Благочестивые основы»), которой освобождал госпитальеров от местной властной опеки как духовенства, так и короля. Он подтвердил статус возглавляемого Герардом странноприимного братства как самостоятельного учреждения, обладающего правом свободно избирать своего предстоятеля и освобожденного от уплаты церковной десятины. Своей буллой папа также утвердил братство во владении имуществом и владениями, принадлежащими ему в Азии и Европе, и подчинил орден себе14.
По своей правовой природе Орден святого Иоанна Иерусалимского был религиозной корпорацией, которая, тем не менее, отличалась от других орденов, располагаясь не в странах христианской общности, а за их пределами, на территории господства мира ислама. Тем самым Орден в самом начале своего существования оказался в зоне напряжённых международных отношений, хотя его положение в то время и позже было лишь средством, которое нередко умно использовалось для выполнения задач Ордена.
Но уже через несколько десятилетий Орден перерос рамки чисто религиозного объединения. Вооружённая защита церкви от «неверных», прежде всего мусульман, ставила перед Орденом военные и политические задачи, что и обусловило его превращение в XIII в. в духовно-рыцарский Орден, которое было документально оформлено в 1272 г. в Генеральном уставе Великого Магистра Хуго Ревеля. Вооружённая защита Палестины от сарацинов15, которые на протяжении нескольких веков пытались расширить свои границы и выйти в европейское Средиземноморье, обусловила появление особой политической задачи Ордена. Она вкупе с его благотворительной деятельностью предопределила дальнейшее развитие и отношения Ордена с сопредельными орденами и государствами. На наш взгляд, по сравнению с другими орденами, положение Мальтийского Ордена в церковной иерархии стало более свободным и независимым.
После Пасхалия II практический все римские первосвященники не оставляли орден без своего внимания. Так, папа Луций II вывел рыцарей из юрисдикции епископов. Дальнейшие привилегии предоставили Ордену папы Адриан IV, Александр III, Иннокентий III, а папа Климент IV присвоил настоятелю Ордена титул «Великого Магистра Святого Госпиталя Иерусалимского и Настоятеля Рати Христовой»16.
Благодаря своему участию в борьбе крестоносцев за Палестину, Орден приобрёл большое военное и политическое значение. В течение короткого времени вместе с ростом своих владений в государствах христианских князей Орден получает возможность выполнять свои задачи и иметь в Европейских государствах особый статус. Он стал выступать,
скорее, как своего рода наднациональная организация, которая должна была вести войны против сарацинов и охранять Святую Землю вместе с двумя другими военно-рыцарскими орденами: тамплиеров и тевтонских рыцарей. Необходимость решения этой цели решительным образом повлияла как на внешний облик, так и на внутреннее строение Ордена. Для ведения боевых действий, равно как и для управления владениями, разбросанными по всей Европе, была необходима чёткая централизованная организация.
Первая попытка создания орденского государства была предпринята в княжестве Антиохия после завоевания Иерусалима султаном Саладином в 1187 г. Однако сдача крепости Ордена Маргат, военного и организационного центра двенадцати одинаково хорошо укреплённых комменд, положила конец этим попыткам уже в 1285 г. После потери всех владений в Святой Земле и гибели большей части рыцарей в ожесточённых боях Орден стал вассалом короля Кипра и получил от него владение Лимасол (Лемессос) в качестве лена.
В соответствии со средневековым ленным правом Орден сохранял определённую свободу в решении своих собственных дел; но, тем не менее, оставался в зависимости у своего сеньора, в частности, платил дань и исполнял воинскую повинность. Таким образом, уже в это время проявляется дуализм правового лица Ордена, который в качестве духовно-рыцарского Ордена был подчинён папе, а в качестве светского вассала своему сеньору.
Благодаря притоку новых рыцарей из Европы Орден вновь обрёл былое могущество и претерпел то решительное преобразование, которое послужило предпосылкой его дальнейшего развития как в отношении внутренней структуры, так и положения в сообществе народов Запада.
В то время как тамплиеры и тевтонские рыцари после утраты Святой Земли переместились в свои родные страны и, несмотря на свое значение, в конце концов оказались в зависимости от своих сеньоров, рыцари Ордена святого Иоанна и Иерусалимского госпиталя решились на завоевание острова Родос. Этот факт предопределил превращение Ордена, который до этого располагал только сухопутным войском, в морскую державу, ставшую позже одной из самых значительных в Средиземноморье.