Во внутреннем слое кожи находятся нервные окончания, а также клетки, содержащие пигмент. С их помощью карп приспосабливается к окружающей среде, становясь в светлых водах светлым, а в темных темным. Кроме того, темная окраска характерна для рыб с нарушенным обменом веществ, а бледная может свидетельствовать о недостатке кислорода. На окраску влияет и состав пищи. Например, от большого количества кукурузы светлые участки тела карпа могут пожелтеть.
Скелет карпа состоит из скелета головы, туловища и плавников. Число позвонков составляет обычно 3637, однако нередко встречаются отклонения от этого правила. Под первыми позвонками находятся маленькие подвижные косточки, которые соединяют плавательный пузырь с органами слуха и служат для передачи изменений давления. Всем известные опорные кости, то и дело попадающиеся в мясе карпа во время еды, не относятся к настоящему скелету, так как представляют собой измененную соединительную ткань. Их число от 71 до 104, что гораздо больше, чем у окуня, однако меньше, чем у леща. Сравнительно много этих костей около хвоста и спинного плавника, совершенно отсутствуют они на брюхе карпа.
Из трех основных групп мускулов одна расположена у головы карпа, другая на туловище, третья у основания плавников. Сердце карпа, которое находится сразу за жабрами, примерно на уровне грудных плавников, имеет простое строение и сравнительно небольшую массу, причем его относительная масса тем меньше, чем крупнее карп. Сердце перекачивает венозную кровь, насыщенную углекислым газом, к жабрам. От жабер кровь через артерию растекается по мелким кровеносным сосудам, отдает клеткам кислород и насыщается углекислым газом, а затем возвращается в вену.
Рот карпа покрыт беловатой слизистой оболочкой. Слюнные железы отсутствуют, язык развит слабо и не имеет мускулов. Изо рта пища попадает на глоточные зубы, которые размалывают ее, прижимая к жерновку твердому роговому образованию на верхней стенке глотки. Пищевод соединяет глотку с кишкой, ибо желудок у карпа, как и у всех остальных представителей его семейства, отсутствует. Кишка имеет форму двойной, перевернутой буквы S, а ее длина у взрослых карпов равна 2,53 длинам тела. В результате интенсивного подкармливания длина кишки может увеличиваться. Кишка заканчивается
анальным отверстием, находящимся перед анальным плавником.
С кишкой соединены печень и поджелудочная железа, которые вместе с селезенкой занимают значительную часть брюшной полости. В печени происходит очистка крови, накопление резервных веществ, а также вырабатывается желчь, собирающаяся в зеленоватом желчном пузыре.
В верхней части брюшной полости находится плавательный пузырь, состоящий из двух соединенных между собой частей и позволяющий карпу парить в воде, подниматься к поверхности или опускаться на дно. Когда карп роется в иле, большая часть воздуха собирается в задней части пузыря и стабилизирует вертикальное положение тела.
У самого позвоночника расположены парные красно-коричневые почки, а вдоль кишки парные половые органы. Вокруг кишки может накапливаться значительное количество жира.
В процессе дыхания карп, набрав в рот воды, пропускает ее через жабры посредством закрытия рта и одновременного поднятия жаберных крышек. Жаберные лепестки сидят в два ряда на первых четырех дугах. Жаберные дуги имеют шиловидные отростки, которые фильтруют воду и защищают лепестки от загрязнения. Отфильтрованная вода проходит через лепестки, где происходит газообмен: растворенный в воде кислород поглощается, и выделяется углекислота. Одновременно с этим идет выделение значительной части азота, главным образом в виде аммиака.
Некоторое количество кислорода поступает также через кожу. У личинок эта доля весьма высока, но по мере их роста все более и более снижается.
Потребность карпа в кислороде растет вместе с увеличением температуры воды и повышением активности карпа. При температуре воды 2023 °C нормальное содержание в воде кислорода составляет для карпа не менее 4 мг/л. При недостатке растворенного кислорода карп поднимается к поверхности и глотает атмосферный воздух. При этом мокрыми жабрами может усваиваться некоторая часть атмосферного кислорода, но такое дыхание не может поддерживать жизнедеятельность организма в течение длительного времени.
На воздухе жабры карпа высыхают, и он задыхается. Тем не менее, будучи завернут во что-нибудь влажное, карп может жить вне водной среды в течение нескольких часов, особенно если погода не очень теплая.
Внутри черепа карпа находится мозг, от которого отходят десять нервов. Сзади к нему примыкает спинной мозг, проходящий внутри позвоночника через все тело до хвоста.
Органы осязания рассеяны у карпа практически по всей поверхности тела, но особенно много нервных окончаний приходится на верхние усики, края губ, переднюю часть головы и боковую линию. Боковая линия, протянувшаяся от головы до хвостового плавника, представляет собой наполненный слизистой массой канал, содержащий многочисленные нервные окончания и соединяющийся со внешней средой через отверстия в находящихся над ним чешуйках. С помощью боковой линии карп воспринимает малейшие колебания воды и может таким образом избегать опасностей или препятствий, а также встреч с неосторожными рыболовами.