До февраля 1942 года "Хьюга"стоял на рейде Хасирадзимы в полной боевой готовности изредка выходя на учения и стрельбы. На линкоре начались возмущения моряки не понимали, почему "Хьюга" не принимает участия в боях. Для успокоения команды недавно назначенному командиру капитану 1 ранга Матсуде пришлось выступить перед экипажем с лекцией о военно-морской стратегии и роли линкоров в войне.
С 11 по 16 марта вся 2-я дивизия линейных кораблей выходит в море на поиск авианосцев адмирала Хэлси, которые атаковали объекты на острове Маркус. Поиск результатов не дал, и 16 марта корабли прибыли в бухту Исе и 20-21 марта перешли к месту постоянного базирования.
18 апреля американские армейские бомбардировщики, взлетевшие с авианосца "Хорнет" (CV 8), бомбили Токио. На перехват было отправлено мощное соединение императорского флота, в одном из которых был "Хьюга". Единственным результатом стало задержание советского торгового судна "Ангарстрой". 22 апреля корабли вернулись в базу. 5 мая прошли совместные стрельбы 1-й и 2-й дивизий линейных кораблей в районе Йо-Надо. Во время одного из залпов в левом орудии 5-й башни главного калибра "Хьюги" произошел затяжной выстрел, начался пожар, который угрожал погребам главного калибра. Оба кормовых погреба пришлось затопить. Во время катастрофы погиб 51 человек. Поврежденный корабль, сопровождаемый линкором "Фусо", пошел в Куре, остальные линкоры вернулись в Хасирадзиму.
С 6 по 26 мая линкор проходил ремонт в Куре. С корабля сняли 5-ю башню, на барбете устроили площадку, на которой установили 12 25-мм зенитных автомата (4 трехствольные установки). В это же время на линкоре установили радиолокационную станцию "Тип 22". Во время последующих испытаний ее работу признали неудовлетворительной и командир корабля попросил, чтобы ее сняли. Чуть позднее станцию с линкора убрали.
С 29 мая по 14 июня 1942 г. "Хьюга" принимал участие в операции "MI", захвате Мидуэя и Алеутских островов. 2-я дивизия линкоров прикрывала высадку на Алеутские острова, но операцию быстро прервали после разгрома авианосного соединения.
В июле командование приняло решение, чтобы хоть как-то восполнить потери авианосцев, перестроить в них оба линкора типа "Исе". Но этот план требовал слишком много времени и для военных условий был слишком сложным, отчего пришлось ограничиться перестройкой кораблей в линкоро-авианосцы. 14 июля "Хыогу" исключили из списков 2-й дивизии и передали в непосредственное подчинение командующего Объединенным флотом. Вторая половина 1942 года прошла для корабля спокойно. С 26 октября по 1 ноября линкор прошел докование в Куре. 10 декабря командира "Хьюги" капитана 1 ранга Матсуда назначили командиром суперлинкора "Ямато".
До 30 июня 1943 года "Хьюга" простоял на рейде Хасирадзимы в полной боевой готовности, изредка выходя в море на учения и стрельбы. В апреле 1943 года с линкора сняли 140-мм казематные орудия. 28-29 апреля состоялся переход из Куре в Сасебо. По прибытии линкор становится к стенке военно-морской верфи, при этом он был выведен в резерв самой низшей 4-й категории. На корабле началось переоборудование. 1 июля командиром корабля назначается капитан 1 ранга А. Тсутай, при этом он командует еще одним кораблем и занимает высокий пост в портовой иерархии.
Корпус линкора "Хьюга" на стапеле. Конец 1916 г. (вверху) "Хьюга" в конце 1930-х гг. (в центре) и в годы Второй мировой войны
Тем временем "Хьюгу" поставили в док, где с него сняли 6-ю башню главного калибра и начали сооружение полетной палубы. 1 сентября командиром линкора назначили капитана 1 ранга Накагава. 1 ноября корабль вывели из дока, к 18 ноября работы были завершены, и начались испытания. Они заняли менее двух недель. По их завершении, 30 ноября "Хьюга" был зачислен в состав 2-й дивизии линейных кораблей 2-го флота. Началась планомерная боевая подготовка, правда, в основном на якоре, в империи начался топливный кризис. 5 декабря пслучивший звание контр-адмирала Накагава отбыл к новому месту службы, позднее он погибнет на Сайпане. Его преемником стал капитан 1 ранга Томекеша.
С декабря 1943 года по июнь 1944 года корабль занимался боевой подготовкой и временами привлекался к выполнению обязанностей учебного корабля. На "Хьюге" в этот период было усилено зенитное вооружение, появились новые 127-мм орудия и 25-мм зенитные автоматы. Так, в июле 1944 года линкор-авианосец нес 104 25-мм автомата.
25 февраля 1944 года была проведена очередная реорганизация императорского флота. 2-ю дивизию линейных кораблей передали из состава 2-го флота в непосредственное подчинение командующему Объединенным флотом. 1 мая 1944 года из линкоро-авианосцев типа "Исе" была сформирована 4-я дивизия авианосцев Третьего флота. К ней была приписана 634-я авиагруппа. Командиром вновь сформированной дивизии назначили контр-адмирала Мутсуда.
В конце мая "Хьюга" проходит докование в Куре. Помимо работ по корпусу, было выполнено усиление зенитного и радиоэлектронного вооружения. На "Хьюге" появились радиолокационные станции "Тип 22", вероятно, в это время на борту корабля установили радары "Тип 13" и станцию радиоразведки "Е 27".