Испытатели и строевые лётчики не раз попадали в режим раскачки на малых скоростях, усугублявшийся слабой управляемостью по крену (рули в поперечном канале становились нейтральными). Дефект стал причиной ряда лётных происшествий, включая катастрофы. МиГ-23 В. Е. Меницкого при взлёте с полной нагрузкой сразу после отрыва от земли вслед за движением ручки потянуло в такой крен, что от коснувшейся бетона законцовки крыла полетели искры, и всё же «на пределе» лётчику удалось преодолеть раскачку и уйти в набор высоты. По опыту эксплуатации первых МиГ-23 новые модификации рекомендовалось оснастить отклоняемыми носками крыла, улучшавшими срывные характеристики.
Новое крыло III редакции получило четырёхсекционные носки, занимавшие по длине две трети передней кромки консоли. Носки крепились к крылу шомпольными соединениями и отклонялись гидроцилиндрами на 20° синхронно с закрылками. Установка носков положительно сказалась не только на устойчивости
и управляемости самолёта на малых скоростях, но и позволила сохранить приемлемые взлётно-посадочные характеристики.
Взлётные и посадочные скорости МиГ-23Б с крылом III редакции были на 2030 км/ч ниже, чем у вдвое более лёгкого МиГ-21бис; новый самолёт стал проще в управлении на этих режимах, позволяя круче планировать по глиссаде. Соответственно меньшими были разбег и пробег: при полной заправке и загрузке в тонну бомб для разбега хватало 700750 м, для пробега 800 м.
В ходе испытаний датчик углов атаки ДУА-3М, смонтированный в самом носу с целью вынесения из возмущённой зоны, перенесли подальше, установив на борту перед козырьком кабины. Здесь он находился ближе к центру тяжести и меньше подвергался динамическим возмущениям, что позволило точнее оценивать полётные углы и расширить их допустимый диапазон.
Самолёт получил оговоренное заданием бронирование кабины лётчика (на первых машинах оно не устанавливалось). Испытывались различные варианты бронезащиты, включая сталь, титан, высокопрочные алюминиевые сплавы и их комбинации, сочетавшие слои различных материалов. В конечном счёте выбрали сталь, технологичную и обеспечивавшую достаточную защиту от пуль стрелкового оружия и осколков. Чтобы не менять сложившуюся компоновку и конструкцию «двадцать третьего», бронеплиты вынесли наружу, «сбив» фаски по краям, придав им тем самым обтекаемую форму. Девятимиллиметровые накладные бронелисты крепились к фюзеляжу на болтах с потайной головкой с помощью специальных коробочек и фитингов. Для защиты от вторичных осколков, при попадании в броню откалывавшихся с её тыльной стороны, бронеплиты устанавливались на борта фюзеляжа с небольшим воздушным зазором с пластиковыми прокладками по контуру.
МиГ-23Б легко разгонялся, выходя на сверхзвук, и на высоте достигал скорости 1800 км/ч. У земли он мог выполнять сверхзвуковой полёт со скоростью до 1350 км/ч (это значение являлось предельным по скоростному напору и нагрузкам), а с 3000 кг бомб до 1000 км/ч. Перегоночная дальность с тремя подвесными баками ПТБ-800 на десятикилометровой высоте, наивыгоднейшей по расходу топлива, составляла 2110 км. При определении дальности полёта на малой «боевой» высоте А. В. Федотов на МиГ-23Б с заправкой только внутренних баков преодолел маршрут Жуковский Ахтубинск, пройдя на высоте 600 м более 1000 км. Практический радиус действия самолёта с тремя ПТБ-800 и тонной бомб (две ФАБ-500М-62) на двухсотметровой высоте составлял 610 км, с трёхтонной бомбовой нагрузкой (шесть ФАБ-500М-62) 400 км.
Унаследованные от истребителя особенности компоновки МиГ-23Б и положение точек подвески обусловили не очень удовлетворительное размещение ракетного вооружения. Снарядить блоки НАР на передних подфюзеляжных узлах мешали стойки шасси, из-за чего пришлось внести изменение в инструкцию, запрещавшую ранее подвешивать уже заряженные блоки. Ракеты С-24 на этих узлах находились в опасной близости от подвесного бака,
который мог быть повреждён мощным факелом ракетного двигателя, и перед стрельбой его следовало сбросить. А Х-23 с соплами, размещёнными по бокам, при пуске вообще могли прожечь тонкостенный бак, из-за чего их приходилось вешать только под крыло. Однако и при пуске с подкрыльевых держателей ракеты сходили всего в полуметре от среза воздухозаборников, оказывавшихся в горячей волне пороховых газов, грозившей помпажем и остановкой двигателя. Для увеличения опасно близкого расстояния и подфюзеляжные, и подкрыльевые держатели пришлось установить с небольшим развалом в стороны, отклонив наружу на 6°. Для предотвращения помпажа была введена автоматика отсечки топлива (АОТ), при нажатии на боевую кнопку на несколько секунд переводившая двигатель на «малый газ», а через 2,45 с после схода ракет с направляющих он снова выходил на режим. При стрельбе из пушки и пуске НАР опасных явлений не возникало, хотя сход тяжёлых С-24 и ощущался «просадкой» оборотов и минутным повышением температуры.