При выполнении боевых задач ПрНК-23К совместно с входящей в его состав ЛТПС работал в одном из трёх режимов:
«ПМС» (прицеливание манёвром самолёта) для бомбометания и стрельбы из пушек и НАР. Линия визирования «Кайры» при этом оставалась неподвижной относительно самолёта;
«ПКС» (программно-корректируемое слежение) для сброса бомб по вынесенной точке, навигационного бомбометания и пуска управляемых ракет. При этом управление положением прицельного перекрестия, а, соответственно и линией визирования «Кайры» осуществлялось по сигналам от ЦВМ, сравнивающей реальные углы визирования с расчётными;
«АК» (автономная коррекция) для пуска УР с лазерным наведением при отказе ЦВМ. При этом ЛТПС самостоятельно удерживала лазерный луч на цели при помощи коррелятора 26Е1. В процессе наведения изображение местности и цели, полученное с помощью телевизионного канала «Кайры», преобразовывалось из аналогового в двухуровневое цифровое, запоминалось в памяти коррелятора как опорное и далее с ним сравнивалось изображение последующего полученного кадра. С помощью блока интегратора определялось смещение текущего изображения (вернее, точек его контура) относительно исходного и вырабатывались сигналы рассогласования, передаваемые на гиростабилизатор, который удерживал линию визирования на цели. Следует отметить, что коррекция осуществлялась не по самой цели, а по смещению всего изображения в поле зрения ТВ-камеры, позволяя наводить средства поражения на неконтрастные малоразмерные и трудноразличимые объекты.
Ещё один режим «АКС» (автоматическое корректируемое слежение) применялся при сбросе корректируемых авиабомб и пусках управляемых ракет с совместным использованием коррелятора «Кайры» и ЦВМ в условиях хорошей освещённости и высокого контраста цели. ЛТПС в этом случае, как и в режиме «АК», автоматически
удерживала линию визирования на цели, но не отключалась от управляющих сигналов ЦВМ, благодаря чему обеспечивалось более надёжное автоматическое сопровождение, чем в режиме ПКС. Как и при программно-корректируемом слежении или автономной коррекции, у лётчика сохранялась возможность при необходимости «подправлять» положение линии визирования кнюппелем аппаратуры «Метка». В режиме слежения «АКС» сразу после пуска управляемых ракет с лазерной системой наведения лётчик «Кайры» мог выполнять манёвр (вираж, горку, боевой разворот, выход из пикирования) с перегрузкой до 3 единиц, креном до 90° и угловой скоростью крена до 30 град/с в сторону цели. Такое маневрирование после пуска позволило значительно повысить выживаемость самолёта над полем боя, избавив лётчика от практически прямолинейного полёта до попадания ракеты в цель, как это было в случае применения наводимой по радиокомандной линии ракеты Х-23.
Комплекс обеспечивал прицельное бомбометание с горизонтального полёта, пикирования или кабрирования, стрельбу из встроенной пушки и СППУ, пуск НАР или управляемых ракет по наземным и воздушным целям, а также применение двух видов оружия по наземной цели в одной атаке. На прицельно-пилотажном индикаторе в зависимости от задачи информация воспроизводились в режимах «Ручное управление» («Поиск»), «Лидер», «Линия разрывов» («Шпага»), «Кольцо», а при отказе ЦВМ «Коллиматор».
Первый режим («Ручное управление») применялся как при самолётовождении и поиске цели, так и при сбросе бомб и пуске ракет. Режим «Лидер» использовался при директорном управлении самолётом, бомбометании с кабрирования или навигационном бомбометании, для чего индекс на ИПП показывал лётчику направление полёта. При сбросе бомб с горизонтального полёта, пикирования или выходе из него в режиме «Линия разрывов» прицеливание выполнялось таким образом, чтобы линия прицельной марки (так называемая «шпага») проходила через цель. Режим «Кольцо», как и неподвижная сетка прицела, использовался для стрельбы из пушки и пуска НАР по воздушным целям (марка прицела действительно выводилась в виде светового кольца, которым следовало обрамить цель).
На МиГ-23БК устанавливалась новая РСБН «Коралл-И», а позднее и система дальней навигации (РСДН) А-720 «СКИП-2», радиостанции Р-832М «Эвкалипт-СМУ» и Р-864Б, радиокомпас АРК-19М «Оленёк» и радиовысотомер РВ-15 (А-031) «Репер-М». Ответчик СРО-2М в ходе серийного выпуска уступил место новому СРО-1П системы «Пароль-2Д», а станция Р-832М более совершенной Р-862. Бортовой регистратор параметров полёта САРПП-12ГМ заменили на бортовую записывающую аппаратуру «Тестер-УЗ». Датчик угла скольжения ДУС-3М под носовой частью фюзеляжа сняли как недостаточно надёжный, а его функции стал выполнять ДИСС-7, дававший лучшую точность измерения.
В связи с установкой новых систем и аппаратуры, перекомпоновали размещение приборов и оборудование в кабине лётчика. Ряд из них был заменён на более совершенные. Так, вместо УАП-1А на приборной доске установили комбинированный указатель углов атаки и перегрузок УАП-4, новый навигационно-плановый прибор ПНП-72-6М (взамен НПП), индикатор станции «Берёза», изменили размещение некоторых приборов и пультов управления. Самолёт комплектовался системой автоматического управления САУ-23БИ, инерциальной курсовертикалью ИКВ-8 и системой управления вооружением СУВ-2-26.