Освобождение Украины, западных и южных районов Белоруссии от оккупации германских войск позволило использовать для улучшения технической оснащенности частей Железнодорожных войск имущество железнодорожных парков русской армии, находившихся в Новобелицах, Гомеле, Киеве, Харькове, Одессе и Савелове. В результате войска получили около 900 вагонов различного железнодорожного имущества. Для его подготовки, сортировки и передачи на укомплектование частей, отправляющихся на фронт, на основании приказа Реввоенсовета Республики от 18 декабря 1918 года 899 на станции Узловая Сызрано-Вяземской железной дороги 27 июля 1919 года сформирован 2-й коренной парк .
Но и в дальнейшем с обеспечением железнодорожных частей необходимым имуществом и материалом оставались трудности. В связи с этим бывший командир железнодорожного дивизиона Н. Опацкий отмечал, что «недостаточность снабжения техническим имуществом была обычным явлением, а более сложное техническое имущество, как, например, гидравлические домкраты, паровые котлы, хорошо оборудованные мастерские, были редким явлением» .
Все же благодаря проведенной работе к 1 января 1919 года удалось сформировать 8 отдельных железнодорожных рот, которые в соответствии с
документами, направленными на решение проблемы комплектования железнодорожных частей, были приказ РВСР от 6 марта 1919 года 516, которым вводился резерв командного состава Железнодорожных войск и постановление Совнаркома от 30 апреля 1919 года «О призыве военнообязанных, служивших ранее в сухопутной и морской артиллерии, в инженерных, технических и железнодорожных войсках ...для укомплектования специальных частей Красной Армии...» .
И наконец, повышения эффективности транспортного обеспечения оперативно-стратегических действий РККА можно было добиться путем проведения последовательной централизации управления всеми воинскими частями, выполняющими задачи, отнесенные к компетенции Железнодорожных войск. Для этого, в соответствии с требованиями ранее изданных приказов Реввоенсовета Республики и Положения о начальнике Железнодорожных войск Республики, следовало на деле осуществить подчинение ему всех железнодорожных частей.
С этой целью начальнику Железнодорожных войск Республики приказом РВСР от 23 мая 1919 года 896 сначала подчиняются созданные НКПС Украины 3 отдельные железнодорожные роты и 1-й Николаевский советский железнодорожный батальон, который в это время переформировывался в 4-ю отдельную Украинскую железнодорожную роту, а затем приказом РВСР от 8 августа 1919 года 1253/240 сформированные местным командованием 1-й Уральский коммунистический и 1-й технический железнодорожные батальоны Восточного фронта .
Следующим важным шагом должен был явиться переход данных частей на единые, принятые в Железнодорожных войсках Республики, штаты. У бывших украинских подразделений он завершился 24 июля 1919 года.
Сложнее дело обстояло с подразделениями Восточного фронта. Из них предполагалось сформировать 35, 36, 37 и 38-ю отдельные железнодорожные роты. Однако в связи с обстановкой, сложившейся на фронте, по ходатайству командующего 3-й армией переформирование не состоялось.
Итак, комплекс мер, осуществленных Реввоенсоветом, ЦУП ВОСО и командованием Железнодорожных войск, позволил оценить реальные потребности фронтов в силах и средствах, добиться большей централизации управления частями, несколько улучшить комплектование военно-железнодорожных подразделений командным составом и специалистами.
В то же время в войсках продолжал ощущаться недостаток специалистов высокой квалификации. Насколько остра была эта проблема, можно судить по такому факту: в марте 1919 года НКПО рекомендовало подчинить железнодорожные роты в техническом отношении управлениям тех дорог, на которых они действовали, мотивируя свое предложение низким качеством инженерно-технического руководства выполняемыми войсками работами.