Не принимая во внимание, что тексту Декрета предшествовало обращение Совета Народных Комиссаров, в котором введение новой формы управления достаточно убедительно мотивировалось «чрезвычайной необходимостью положить предел дальнейшему разрушению железных дорог, особенно грозному по своим последствиям именно теперь, в момент повсеместного передвижения воинских эшелонов и наличия голода в ряде областей и ввиду того, что ряд местных областных и центральных организаций, пытаясь улучшить положение, вмешиваются в техническое железнодорожное управление и окончательно добивают его» , оппозиция реагировала на Декрет весьма резко.
Противники большевиков считали, что его следует рассматривать как исходную точку и юридическое основание эволюции власти в новом направлении: ставка на самодеятельность народа заменяется ориентацией на «единоличное самодержавное управление» .
Крайне негативно к Декрету СНК отнеслось и руководство Всероссийского исполнительного комитета союза железнодорожных рабочих и служащих (Викжель). На проходивших в мае июне 1918 года делегатских съездах Московско-Курской, Нижерогодской, Муромской и Окружной железных дорог представители Викжеля выступили против усиления единоначалия в управлении железнодорожным транспортом.
В начале июня 1918 года руководство Викжеля, используя тяжелое положение с продовольственным снабжением на Северо-Западной железной дороге, призвало железнодорожников к забастовке. Остановка железнодорожного транспорта в этих условиях, несомненно, привела бы к усилению разрухи и голода в промышленных центрах страны. Однако проведение забастовки не было поддержано железнодорожниками Московского и Петроградского узлов, коллективами участков Московско-Виндаво-Рыбинской и Северной железных дорог.
В результате принятых властями мер Викжель через некоторое время прекратил свое существование.
16 октября Президиумом ВЦИК было утверждено Положение о выборных
железнодорожных советских организациях и об управлении дорогами, которое предусматривало дальнейшее укрепление единоначалия на железнодорожном транспорте при передаче ряда управленческих функций «выборным железнодорожным советским организациям».
На основании этого Положения «железнодорожными советскими организациями» объявлялись исполнительные (главные и районные) комитеты дорог, дорожные и районные советы (съезды) депутатов дороги.
Непосредственное управление дорогами в административно-техническом и финансовом отношении должно было осуществляться комиссаром совместно с коллегией по управлению дороги через отделы управления дороги.
Кандидатов на должность комиссара выдвигал Исполнительный комитет дороги, но народному комиссару путей сообщения предоставлялось право их отвода и назначения комиссаров по своему выбору.
Разрастающаяся гражданская война, ухудшение снабжения топливом и продовольствием крупных городов и промышленных центров потребовали от советского правительства принятия особых мер по наведению порядка и повышению эффективности работы железнодорожного транспорта. Для достижения этих целей в ночь на 30 ноября 1918 года на железных дорогах было введено военное положение (см. приложение 6).
Все работники железнодорожного транспорта считались призванными на военную службу и несли ответственность по законам военного времени. Была введена военизированная охрана железных дорог. Для рассмотрения дел о преступлениях железнодорожников учреждались революционные военные железнодорожные трибуналы.
В то же время работа по созданию правовой основы централизации управления железнодорожным транспортом продолжалась и была в основном завершена с вступлением в силу Положения ВЦИК от 11 февраля 1919 года об управлении железнодорожными путями сообщения .
В соответствии с ним народный комиссар путей сообщения утверждался ВЦИК по представлению СНК, а члены коллегии и заместители наркома Советом Народных Комиссаров по представлению наркома. Управления в аппарате НКПС возглавлялись управляющим и политическим комиссаром, которые назначались наркомом и были ответственны перед ним.
Разработку крупных вопросов, связанных с железнодорожными путями сообщения, осуществляли состоявшие при НКПС:
Центральный комитет по перевозкам в составе представителей от наркоматов по военным делам, продовольствия, ВСНХ и НКПС;
Высшая железнодорожная инспекция;
Финансовый комитет, и
Высший технический совет.
На местах также была создана довольно стройная система управления железнодорожным транспортом. Все железнодорожные пути сообщения республики делились на округа путей сообщения, а округа на линейные отделы, которые в зависимости от технических условий могли быть разделены на участки. Однако в связи с условиями гражданской войны В ЦИК в апреле 1919 года предоставил наркому путей сообщения право приостанавливать проведение в жизнь отдельных частей Положения.
Итак, лишь в 1919 году управление железными дорогами начинает строиться на жестком соблюдении принципов централизации и единоначалия. Но даже тогда еще «имелись дороги, управление которыми оставалось без видимых изменений, наряду с ними были дороги, на которых были введены новые схемы управления и, наконец, были такие дороги, на которых управление было совершенно разрушено и его приходилось организовывать заново» .