Вновь образованный аппарат получил наименование Особый отдел, а дату состоявшегося по этому поводу решения принято считать днем рождения советской военной контрразведки.
Сам объединительный процесс не назовешь спокойным и гладким. Между военными и чекистами имели место острые споры. Каждое ведомство стремилось сохранить за собой военную контрразведку как мощное средство управления и важнейший инструмент контроля над вооруженными силами. В споре победила Всероссийская ЧК.
Военная контрразведка, будучи меньшей величиной в общей системе контрразведывательной службы государства, а также в силу рамок своих полномочий, никогда статуса самостоятельного ведомства не имела. Всегда входила составной частью главным образом в систему ВЧК-НКГБ-МГБ-КГБ, иногда в НКВД-МВД и реже в структуру Народного комиссариата обороны. В советские годы органы военной контрразведки шесть раз подвергались различной степени реорганизации. Хотя этим решениям сопутствовали важные перемены в международной, внутренней и военной жизни страны, они не всегда благоприятно сказывались на оперативно-разыскной деятельности военной контрразведки.
Реорганизация и переподчиненность органов военной контрразведки влекли за собой смену их наименований: с 1918 по 1941 год и в послевоенный период контрразведку в армии и на флоте представляли особые отделы ВЧК-НКВД-КГБ, а накануне и в годы Великой Отечественной войны третьи отделы и органы Смерш НКО.
В нынешнее время военная контрразведка, органы безопасности в войсках, входит в состав Федеральной службы безопасности Российской Федерации (ФСБ), находится в ее прямом подчинении и именуется 3-м управлением. К объектам оперативного обслуживания военной контрразведки в центре и на местах относятся Вооруженные силы Российской Федерации, пограничная охрана, внутренние войска МВД, войска железнодорожные и гражданской обороны, инженерно-технические и дорожно-строительные воинские части, а также другие федеральные органы и воинские формирования.
Задачи органов военной контрразведки корректировались и уточнялись в зависимости от внутриполитической и международной
обстановки. В них вносились изменения и дополнения с учетом условий гражданской войны, периода мирного строительства, ожесточенной борьбы с немецко-фашистскими захватчиками в 19411945 годах и последующего развала Советского Союза. Однако главными задачами всегда оставались: ограждение вооруженных сил от всех видов разведки иностранных спецслужб; надежная защита сведений, составляющих государственную и военную тайну; выявление и пресечение террористической и диверсионной деятельности в войсках; оказание содействия командованию в обеспечении боевой и мобилизационной готовности частей и соединений армии и флота.
В современной ситуации среди задач обеспечения безопасности Вооруженных сил России и других военных формирований и объектов все большую актуальность обретают предотвращение военной контрразведкой в пределах своих полномочий террора, несанкционированных действий с оружием массового поражения, борьба с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом боеприпасов, взрывчатых, отравляющих веществ и наркотических средств, имеющих свой военный аспект.
Вместе с тем опыт подтверждает, что военная контрразведка всегда решала вопросы более широкого плана, чем это предусмотрено ее задачами и функциональными обязанностями. Некоторые из задач, относящихся к прошлому, с позиций сегодняшнего дня могут показаться парадоксальными. Советская внешняя разведка, например, впервые возникла в апреле 1920 года в составе Особого отдела ВЧК в виде Иностранного отдела, а при особых отделах фронтов, армий, флотов и в некоторых губерниях иностранных отделений. В декабре того же года Иностранный отдел был выведен из состава особых отделов и стал самостоятельным подразделением ВЧК. В 1921 году при Особом отделе ВЧК действовал спецотдел по руководству борьбой с политическим бандитизмом. С 1921 по 1926 год в ведении Особого отдела находилась организация пограничной службы Советского государства.
Несмотря на то что военная контрразведка входит составной частью в систему органов безопасности страны и действует с ними на единой правовой и административной базе, ей все же присуща некоторая специфика.
Если подразделения органов безопасности специализируются главным образом по соответствующим линиям, направлениям оперативной работы борьба с террором, шпионажем, диверсией, коррупцией, то военная контрразведка строит свою деятельность с учетом армейской и флотской структуры, строго по военным объектам: полк, бригада, дивизия, армия, военный округ, испытательный полигон, научно-исследовательский институт, военная академия и т. п. Оперативный сотрудник, обслуживающий военный объект, практически организует контрразведывательную работу по всем линиям совокупно.
Сам объект контрразведывательной защиты Вооруженные силы России, будучи постоянной разведывательной целью иностранных спецслужб, по своей организации являются сложным и динамичным организмом, живущим по суровым армейским и флотским порядкам, уставам и наставлениям. Организация армейской службы и быта строго регламентирована, вплоть до мелочей. Вписаться военному контрразведчику со своими служебными обязанностями, особенно негласными, в столь специфическую жизнь дело нелегкое.