Дед Филиппа IV Людовик Святой считал задачей своей жизни следование христианским заповедям при решении государственных дел; мысли же его внука занимало увеличение королевских владений и подчинение всех сторон государственной жизни власти короля.
По мере того как Франция становилась все более централизованной, у нее появлялось все больше поводов для конфликта с папским престолом, который продолжал властно вмешиваться в дела европейских государств, претендовать на господство в Европе и «во всем мире». К моменту царствования Филиппа IV перед Францией встала задача не только освободиться от вмешательства пап во внутренние дела страны, но и подчинить себе церковь и сделать ее орудием своей политики.
Самым значимым событием для укрепления французской государственности в правление Филиппа IV было столкновение с папой Бонифацием VIII. Его избрание произошло в декабре 1294 года, когда ему минуло 76 лет, через несколько дней после того, как под давлением Бонифация предыдущий понтифик Целестин V отрекся. Введение в сан Бонифация было обставлено со всевозможной пышностью, в то время как 80-летнего Целестина заточили в крепость, где он и окончил свои дни. Действительно, знаменательное начало понтификата.
Как бы там ни было, Бонифаций VIII отличался неиссякаемой энергией и упорством, которых не утратил с годами.
Петрарка писал о нем, что он не знал «владыки более неумолимого, которого трудно сокрушить оружием, а склонить смирением или лестью невозможно». На фоне притязаний Бонифация стремления и задачи, которые ставили перед собой и папским престолом Григорий VII и Иннокентий III, кажутся скромными. Но его попытки расширить круг государств, находившихся в вассальной зависимости от пап, его властное вмешательство с этой целью во все международные дела того времени неизменно заканчивались крахом. В лице Бонифация VIII папство померилось силами с окрепшей королевской властью и потерпело в этой борьбе сокрушительное поражение.
Во время войны Филиппа IV с английским королем Эдуардом I Папа предложил решить спор между ними в папском суде, что, вообще говоря, было в обычае того времени. Эдуард, находившийся в затруднительном положении, принял это предложение. Но Филипп, дела которого шли успешно, обиделся на повелительный тон Бонифация и отвечал, что дело не подлежит папскому суду и что французский король в мирских делах вообще никому не подвластен, а потому он может принять Бонифация посредником лишь как частное лицо, а не как Папу. Тогда раздраженный Бонифаций вступился за французское духовенство, жаловавшееся ему на обременительные налоги и на другие притеснения Филиппа , и в феврале 1296 года обнародовал буллу Clericis laicos. В ней он с горечью говорил, что миряне враждебны духовенству, что они, превышая свою власть, берут себе церковные имения и доходы, объявлял, что подвергает отлучению от церкви тех государей, которые без согласия Папы налагают подати на духовенство, и тех духовных сановников, которые будут платить такие налоги. В булле никто не был назван, но было ясно, что угроза обращена против французского короля.
Вскоре, можно сказать, в ответ на буллу Бонифация, Филипп IV запретил вывозить из Франции без королевского разрешения монету, золотые или серебряные вещи и другие драгоценности. Таким образом, папский престол больше не мог получать доходы из Франции без разрешения Филиппа. Папа опубликовал новую буллу, в которой обращался прямо к французскому королю, говоря ему, что если запрещение вывоза распространяется на предметы, посылаемые духовными лицами, то оно нарушает право церкви, и смягчал свою прежнюю буллу примирительным истолкованием ее выражений.
Филипп снова отвечал, что, по примеру своих предков, готов следовать предписаниям Папы во всех духовных делах, но в делах мирского управления не может подчиняться никому. Твердость короля напугала Бонифация, находившегося тогда в ожесточенной ссоре с могущественным итальянским родом Колонна и другими приверженцами свергнутого им Целестина V. Папа понимал, что не найдет поддержки даже у французского духовенства, а потому, формально не отменяя буллу Clericis laicos, обнародовал в июле 1297 года такое ее толкование, что она фактически полностью отменялась относительно французского короля. Кроме того, Бонифаций причислил к лику святых Людовика IX, деда Филиппа, и снова предложил быть посредником между Филиппом и Эдуардом, но уже не по сану папы, а только в качестве человека, уполномоченного на это Филиппом. Французский король согласился, а Эдуард еще раньше принял это посредничество. 27 июня 1298 года Папа решил спор между Эдуардом и Филиппом в пользу последнего. Свое же решение в качестве третейского судьи Бонифаций утвердил уже в качестве Папы и объявил, что тот из королей, который не подчинится ему, навлечет на себя церковное наказание. Угроза, конечно, была направлена против Эдуарда, поскольку Филипп был полностью доволен этим решением и не имел никаких оснований его нарушать.